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- PDB-3hw5: crystal structure of avian influenza virus PA_N in complex with AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hw5
タイトルcrystal structure of avian influenza virus PA_N in complex with AMP
要素Polymerase acidic protein
キーワードHYDROLASE / avian influenza virus / PA_N / AMP / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus ...cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Restriction Endonuclease / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Zhao, C. / Lou, Z. / Guo, Y. / Ma, M. / Chen, Y. / Liang, S. / Rao, Z.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2009
タイトル: Nucleoside monophosphate complex structures of the endonuclease domain from the influenza virus polymerase PA subunit reveal the substrate binding site inside the catalytic center
著者: Zhao, C. / Lou, Z. / Guo, Y. / Ma, M. / Chen, Y. / Liang, S. / Zhang, L. / Chen, S. / Li, X. / Liu, Y. / Bartlam, M. / Rao, Z.
履歴
登録2009年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
B: Polymerase acidic protein
C: Polymerase acidic protein
D: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,7429
ポリマ－121,2974
非ポリマー4445
水11,385632
1
A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6963
ポリマ－30,3241
非ポリマー3722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3492
ポリマ－30,3241
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3492
ポリマ－30,3241
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3492
ポリマ－30,3241
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.617, 60.029, 67.177
Angle α, β, γ (deg.)96.02, 96.22, 109.35
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 30324.307 Da / 分子数: 4 / 断片: residues in UNP 1- 256 / 変異: V201I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PA / プラスミド: pGEX-6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Q0U9
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS BELIEVE THAT ILE 201 IS CORRECT AND IT IS NATURAL MUTANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 17.5% PEG3350(w/v), 100mM MgAc, 100mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 63099 / Num. obs: 65112 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Rmerge(I) obs: 0.054
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.128 / Num. unique all: 7817 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EBJ

3ebj


解像度: 1.81→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 3.261 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2627 3187 5.1 %RANDOM
Rwork0.20622 ---
obs0.20908 59908 91.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.176 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.27 Å22.07 Å21.1 Å2
2--0.08 Å20.55 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5864 0 27 632 6523
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0226008
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1861.9498064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6895701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.45923.161310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.128151127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.2791556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1890.2857
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4521.53524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.53625706
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.05132484
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.464.52358
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.805→1.852 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 166 -
Rwork0.256 3040 -
obs--62.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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