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万見
- PDB-3htz: Crystal Structure of the catalytic fragment of alanyl-tRNA synthe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3htz
タイトルCrystal Structure of the catalytic fragment of alanyl-tRNA synthetase in complex with L-serine: Re-refined
要素Alanyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / Adenosine Triphosphate / Alanine-tRNA Ligase / Binding Sites / Genetic Code / Protein Conformation / Aminoacyl-tRNA synthetase / ATP-binding / Cytoplasm / Nucleotide-binding / Protein biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


alanine-tRNA ligase / alanine-tRNA ligase activity / alanyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA deacylase activity / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD ...Alanine-tRNA ligase, eukaryota/bacteria / Alanine-tRNA ligase, class IIc / Alanine-tRNA ligase, class IIc, anti-codon-binding domain superfamily / : / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, N-terminal / Alanyl-tRNA synthetase, class IIc, core domain / tRNA synthetases class II (A) / Alanyl-transfer RNA synthetases family profile. / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, SAD / Threonyl and Alanyl tRNA synthetase second additional domain / DHHA1 domain / DHHA1 domain / Threonyl/alanyl tRNA synthetase, class II-like, putative editing domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alanine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Guo, M. / Swairjo, M.A. / Schimmel, P.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Serine Paradox
著者: Guo, M. / Schimmel, P.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2005
タイトル: Breaking sieve for steric exclusion of a noncognate amino acid from active site of a tRNA synthetase
著者: Swairjo, M.A. / Schimmel, P.
履歴
登録2009年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alanyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6411
ポリマ－53,6411
非ポリマー00
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Alanyl-tRNA synthetase

A: Alanyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,2822
ポリマ－107,2822
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area36910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.091, 74.091, 173.595
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Alanyl-tRNA synthetase / Alanine--tRNA ligase / AlaRS


分子量: 53641.051 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal Catalytic fragment, UNP residues 2-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: alaS, aq_1293 / プラスミド: pET20b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(de3) / 参照: UniProt: O67323, alanine-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: PEG 5000 mme, NaCl, Tris-Cl, Tris-base, L-serine, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月15日
放射モノクロメーター: curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.48→50 Å / Num. all: 17907 / Num. obs: 17674 / % possible obs: 98.7 %
反射 シェル最高解像度: 2.48 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1YFS

1yfs


解像度: 2.5→37.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.847 / SU B: 13.933 / SU ML: 0.311 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.969 / ESU R Free: 0.383 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31531 882 5.1 %RANDOM
Rwork0.24999 ---
obs0.25327 16377 98.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.038 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.28 Å20 Å20 Å2
2--1.28 Å20 Å2
3----2.56 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.391 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3631 0 0 59 3690
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0223714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7631.9665001
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4595445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.70423.743187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.37415670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.11528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2524
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022837
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.31832
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3250.52569
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2270.5241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.364
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.220.514
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.60922259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9933565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.45921624
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.67831436
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 64 -
Rwork0.316 1202 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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