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万見
- PDB-3htx: Crystal structure of small RNA methyltransferase HEN1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3htx
タイトルCrystal structure of small RNA methyltransferase HEN1
要素
  • 5'-R(*GP*AP*UP*UP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*G)-3'
  • 5'-R(P*UP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*AP*C)-3'
  • HEN1
キーワードTRANSFERASE/RNA / HEN1 / small RNA methyltransferase / protein-RNA complex / SAM binding protein / TRANSFERASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


small RNA 2'-O-methyltransferase activity / specification of floral organ identity / small RNA 2'-O-methyltransferase / leaf proximal/distal pattern formation / ta-siRNA processing / leaf vascular tissue pattern formation / regulation of flower development / RNAi-mediated antiviral immune response / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / RNA methylation ...small RNA 2'-O-methyltransferase activity / specification of floral organ identity / small RNA 2'-O-methyltransferase / leaf proximal/distal pattern formation / ta-siRNA processing / leaf vascular tissue pattern formation / regulation of flower development / RNAi-mediated antiviral immune response / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / RNA methylation / RNA methyltransferase activity / miRNA processing / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Small RNA 2'-O-methyltransferase Hen1, La-motif C-terminal domain / HEN1, double-stranded RNA binding domain 2 / Double-stranded RNA binding domain 2 / Hen1 La-motif C-terminal domain / Small RNA 2'-O-methyltransferase-like, La-motif-containing domain / 3'-RNA ribose 2'-O-methyltransferase, Hen1 / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / Methyltransferase domain / Methyltransferase domain ...Small RNA 2'-O-methyltransferase Hen1, La-motif C-terminal domain / HEN1, double-stranded RNA binding domain 2 / Double-stranded RNA binding domain 2 / Hen1 La-motif C-terminal domain / Small RNA 2'-O-methyltransferase-like, La-motif-containing domain / 3'-RNA ribose 2'-O-methyltransferase, Hen1 / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / Methyltransferase domain / Methyltransferase domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double Stranded RNA Binding Domain / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10) / Small RNA 2'-O-methyltransferase / Small RNA 2'-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Huang, Y. / Ji, L.-J. / Huang, Q.-C. / Vassylyev, D.G. / Chen, X.-M. / Ma, J.-B.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Structural insights into mechanisms of the small RNA methyltransferase HEN1.
著者: Huang, Y. / Ji, L. / Huang, Q. / Vassylyev, D.G. / Chen, X. / Ma, J.B.
履歴
登録2009年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEN1
B: 5'-R(*GP*AP*UP*UP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*G)-3'
C: 5'-R(P*UP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*AP*C)-3'
D: HEN1
E: 5'-R(*GP*AP*UP*UP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*G)-3'
F: 5'-R(P*UP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,02510
ポリマ－239,2086
非ポリマー8174
水66737
1
A: HEN1
B: 5'-R(*GP*AP*UP*UP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*G)-3'
C: 5'-R(P*UP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,0135
ポリマ－119,6043
非ポリマー4092
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-51.3 kcal/mol
Surface area43330 Å2
手法PISA
2
D: HEN1
E: 5'-R(*GP*AP*UP*UP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*G)-3'
F: 5'-R(P*UP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,0135
ポリマ－119,6043
非ポリマー4092
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-54.5 kcal/mol
Surface area44090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.995, 124.347, 101.376
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 HEN1


分子量: 105542.500 Da / 分子数: 2 / 変異: L604P, R640K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HEN1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q945R3, UniProt: Q9C5Q8*PLUS

-
RNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: RNA鎖 5'-R(*GP*AP*UP*UP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*UP*GP*CP*AP*AP*GP*CP*GP*AP*AP*AP*G)-3'


分子量: 7019.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖 5'-R(P*UP*UP*CP*GP*CP*UP*UP*GP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*AP*UP*CP*AP*C)-3'


分子量: 7042.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 41分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1 M Phosphate-citrate pH 4.8, 15% PEG 3350, 0.2 M NaCl, 0.01M NaBr, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1Phosphate-citrate11
2PEG 335011
3NaCl11
4NaBr11
5Phosphate-citrate12
6PEG 335012
7NaCl12
8NaBr12

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM10.9793
シンクロトロンAPS 23-ID-B20.97950, 0.97967, 0.94950
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2008年11月17日
ADSC QUANTUM 210r2CCD2008年6月6日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97951
30.979671
40.94951
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. all: 40959 / Num. obs: 40959 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3559 / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.1→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 2023 4.6 %
Rwork0.26 --
obs0.26 40394 92.8 %
溶媒の処理Bsol: 15.34 Å2
原子変位パラメータBiso max: 199.86 Å2 / Biso mean: 106.353 Å2 / Biso min: 15.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.426 Å20 Å23.371 Å2
2--4.743 Å20 Å2
3---6.683 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12310 1868 54 37 14269
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.6981.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.8382
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.1262
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.6612.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3sah_par.txt
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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