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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ht3 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of fragment DNA polymerase I from Bacillus stearothermophilus V713P mutant bound to G:dCTP | |||||||||
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![]() | TRANSFERASE/DNA / protein-DNA complex / DNA polymerase I / DNA replication / DNA-binding / DNA-directed DNA polymerase / Hydrolase / Nuclease / Nucleotidyltransferase / Transferase / TRANSFERASE-DNA COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wu, E.Y. / Beese, L.S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: The structure of a high fidelity DNA polymerase bound to a mismatched nucleotide reveals an "ajar" intermediate conformation in the nucleotide selection mechanism. 著者: Wu, E.Y. / Beese, L.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 296.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 230.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 53.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 80.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is a complex of enzyme and DNA. There are two biological units in the asymmetric unit (chains A,B,C and chains D,E,F). |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF
#2: DNA鎖 | 分子量: 2684.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: Synthetic oligonucleotide with 2',3'-dideoxy terminus #3: DNA鎖 | 分子量: 3703.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic oligonucleotide |
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-タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AD
#1: タンパク質 | 分子量: 66055.734 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 298-876 / 変異: D598A, V713P / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Isolate from Idaho hot spring 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DPO1 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: ![]() ![]() #4: 多糖 | |
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-非ポリマー , 4種, 1004分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/DCP.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DCP.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.76 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 50% Saturated ammonium sulfate, 0.1M MES, 2.5% v/v Methylpentanediol, 10mM Magnesium sulfate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97121 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→46.98 Å / Num. all: 169954 / Num. obs: 169685 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 26.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.38 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.561 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 2HVI 解像度: 1.7→46.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.309 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.552 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→46.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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