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万見
- PDB-3hse: Crystal structure of Staphylococcus aureus protein SarZ in reduce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hse
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus protein SarZ in reduced form
要素HTH-type transcriptional regulator sarZ
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / helix-turn-helix / MarR-family transcriptional regulator / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator SarA/Rot / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MarR family regulatory protein / MarR family regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Poor, C.B. / Duguid, E. / Rice, P.A. / He, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Crystal structures of the reduced, sulfenic acid, and mixed disulfide forms of SarZ, a redox active global regulator in Staphylococcus aureus.
著者: Poor, C.B. / Chen, P.R. / Duguid, E. / Rice, P.A. / He, C.
履歴
登録2009年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator sarZ
B: HTH-type transcriptional regulator sarZ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8222
ポリマ－32,8222
非ポリマー00
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-49.1 kcal/mol
Surface area12890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.830, 60.830, 192.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-145-

HOH

詳細The biological assembly is the dimer found in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator sarZ


分子量: 16410.908 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 7-142 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: Newman / 遺伝子: NWMN_2286 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6QJM6, UniProt: A0A0H3KA72*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3
詳細: 3.2 M ammonium sulfate, 0.1 M citric acid , pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月6日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→28.71 Å / Num. obs: 8051 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 25.2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.496

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å23.88 Å
Translation4 Å23.88 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER1.3.2位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SBC-CollectSBCCOLLECTデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HRM

3hrm


解像度: 2.9→28.71 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.722 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.317 468 4.4 %Random
Rwork0.286 ---
obs-7721 89.4 %-
溶媒の処理Bsol: 63.289 Å2
原子変位パラメータBiso max: 122.22 Å2 / Biso mean: 77.593 Å2 / Biso min: 39.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.028 Å20 Å20 Å2
2---8.028 Å20 Å2
3---16.056 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→28.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1933 0 0 10 1943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.299
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3 Å
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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