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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hs3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of periplasmic binding ribose operon repressor protein from Lactobacillus acidophilus | ||||||
要素 | Ribose operon repressor | ||||||
キーワード | transcription regulator / PSI-II / NYSGXRC / 11235h / periplasmic binding protein / ribose operon repressor / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / DNA-binding / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lactobacillus acidophilus (乳酸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Agarwal, R. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of periplasmic binding ribose operon repressor protein from Lactobacillus acidophilus 著者: Agarwal, R. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hs3.cif.gz | 119.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hs3.ent.gz | 93.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hs3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/3hs3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hs/3hs3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | Dimer |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31265.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus acidophilus (乳酸菌) 株: NCFM / 遺伝子: rbsR, LBA1472 / プラスミド: pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)RIPL / 参照: UniProt: Q5FJ32 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.28 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris, 2M Ammonium sulfate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月8日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si-III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 77464 / Num. obs: 77464 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.6 % / Biso Wilson estimate: 22.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 6 / Num. unique all: 3813 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: None 解像度: 1.6→43.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 164239.67 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: selenomet protein was used in structure determination.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.4381 Å2 / ksol: 0.37994 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→43.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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