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- PDB-3hrs: Crystal Structure of the Manganese-activated Repressor ScaR: apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hrs
タイトルCrystal Structure of the Manganese-activated Repressor ScaR: apo form
要素Metalloregulator ScaR
キーワードTRANSCRIPTION / DtxR/MntR family member
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FeoA domain / Ferrous iron transport protein A (FeoA) / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain ...FeoA domain / Ferrous iron transport protein A (FeoA) / Ferrous iron transporter, core domain / Ferrous iron transporter FeoA domain / FeoA / : / DtxR-type HTH domain profile. / DTXR-type HTH domain / Iron dependent repressor, N-terminal DNA binding domain / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Iron dependent repressor / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain superfamily / Iron dependent repressor, metal binding and dimerisation domain / Helix-turn-helix diphteria tox regulatory element / Transcriptional repressor, C-terminal / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / SH3 type barrels. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Manganese transport regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus gordonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / SAD/SIR / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Stoll, K.E. / Draper, W.E. / Kliegman, J.I. / Golynskiy, M.V. / Brew-Appiah, R.A.T. / Brown, H.K. / Breyer, W.A. / Jakubovics, N.S. / Jenkinson, H.F. / Brennan, R.B. ...Stoll, K.E. / Draper, W.E. / Kliegman, J.I. / Golynskiy, M.V. / Brew-Appiah, R.A.T. / Brown, H.K. / Breyer, W.A. / Jakubovics, N.S. / Jenkinson, H.F. / Brennan, R.B. / Cohen, S.M. / Glasfeld, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Characterization and structure of the manganese-responsive transcriptional regulator ScaR.
著者: Stoll, K.E. / Draper, W.E. / Kliegman, J.I. / Golynskiy, M.V. / Brew-Appiah, R.A. / Phillips, R.K. / Brown, H.K. / Breyer, W.A. / Jakubovics, N.S. / Jenkinson, H.F. / Brennan, R.G. / Cohen, S.M. / Glasfeld, A.
履歴
登録2009年6月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metalloregulator ScaR
B: Metalloregulator ScaR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7876
ポリマ－49,4032
非ポリマー3844
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2320 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area23580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.600, 70.600, 301.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Metalloregulator ScaR


分子量: 24701.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus gordonii (バクテリア)
遺伝子: scaR / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RFN3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.6 M lithium sulfate, 0.05 M sodium cacodylate in the presence of 1 mM MnCl2 and 1 mM duplex DNA containing operator sequence, pH 6.0, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1
検出器検出器: CCD / 日付: 2006年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.7→45.852 Å / Num. obs: 21511 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 7.674
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.7-2.853.50.3172.4982827710.31790.7
2.85-3.024.10.2293.21189128800.22998.2
3.02-3.234.60.1624.41268127820.16299
3.23-3.494.50.11161163225720.11199.5
3.49-3.824.50.0886.91092624140.08899.2
3.82-4.274.40.0688.9971221960.06899.5
4.27-4.934.40.05710.7856319680.05799.6
4.93-6.044.30.05211727916830.05299.2
6.04-8.544.20.04312.8559613440.04399.1
8.54-45.853.40.03816.424167020.03886.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
SCALA3.1.20データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: SAD/SIR / 解像度: 2.7→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 2063 -
Rwork0.227 --
obs-21434 97.7 %
原子変位パラメータBiso max: 246.67 Å2 / Biso mean: 108.445 Å2 / Biso min: 29.89 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3447 0 20 14 3481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.22
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.92470.16380.6180.89524.3472.73180.3406-0.0421-0.1731-0.1359-0.50440.57230.67-0.29520.00030.9448-0.1488-0.04120.11610.00210.585240.551977.656328.5465
20.7466-0.0842-0.2117-1.7101-0.50650.90970.2926-0.08360.3319-0.089-0.2852-0.0532-0.7462-0.2655-0.28830.74-0.09680.1114-0.9689-0.06440.408850.608360.816639.2986
36.81941.70631.2983.06620.74111.78520.95961.6836-0.53030.07380.01760.38620.65560.2341-0.72511.08260.2032-0.26370.5964-0.17570.463545.974452.554916.7733
40.7221-0.47670.773-0.6728-1.2270.55620.2174-0.05760.6951-0.3096-0.2104-0.1914-0.58510.03440.19682.3319-0.03720.64950.5472-0.15230.974433.95160.16469.8128
53.52050.2862-0.4138-1.07770.0630.68841.2130.06792.43610.5939-1.1494-0.1205-0.41330.2518-0.08252.47780.06790.2471.04460.04291.798628.100364.678374.4642
60.5182-0.20020.6233-0.42760.37551.9918-0.0684-0.0332-0.0313-0.6821.02650.0514-1.4589-0.5417-0.89361.5032-0.27560.39181.18620.25640.816227.694452.461771.9501
73.37150.4232-0.5870.64830.27043.78310.3373-0.52370.41570.97310.0333-0.26540.0797-0.1563-0.26921.2318-0.22230.12630.1821-0.03440.493347.205555.036258.7057
80.4491-0.8760.34342.8362-1.23411.00010.0341-0.64820.33720.51270.18470.00650.14540.0547-0.23771.4584-0.21510.13071.1791-0.28910.541356.432160.577881.2195
90.67060.07910.91974.558-0.35292.0826-0.0359-0.35470.38040.435-0.5058-0.37991.604-1.07630.63341.7986-0.26350.15130.9239-0.24250.883852.029557.951580.9221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:69)A2 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 70:140)A70 - 140
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 141:215)A141 - 215
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 6:15)B6 - 15
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 16:46)B16 - 46
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 47:71)B47 - 71
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 72:138)B72 - 138
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 139:202)B139 - 202
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 203:215)B203 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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