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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hr7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the shikimate kinase-sulfate complex from Helicobacter pylori | ||||||
![]() | Shikimate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / three-layer alpha/beta fold / nucleoside monophosphate (NMP) kinase family / Amino-acid biosynthesis / Aromatic amino acid biosynthesis / ATP-binding / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() shikimate kinase / shikimate kinase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / phosphorylation / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cheng, W.C. / Wang, W.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Helicobacter pylori shikimate kinase reveal a selective inhibitor-induced-fit mechanism 著者: Cheng, W.C. / Chen, Y.F. / Wang, H.J. / Hsu, K.C. / Lin, S.C. / Chen, T.J. / Yang, J.M. / Wang, W.C. #1: ![]() タイトル: Structural basis for shikimate-binding specificity of Helicobacter pylori shikimate kinase 著者: Cheng, W.C. / Chang, Y.N. / Wang, W.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 79.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 449.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 453.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19265.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% PEG 8000, 0.2M lithium sulphate, 0.1M sodium acetate buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 123 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→74.33 Å / Num. obs: 49284 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.068 |
反射 シェル | 最高解像度: 1.8 Å / % possible all: 98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1ZUH 解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.453 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.804→1.851 Å / Total num. of bins used: 20
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