PDB-3hr0: Crystal structure of Homo sapiens Conserved Oligomeric Golgi subunit 4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hr0

タイトル

Crystal structure of Homo sapiens Conserved Oligomeric Golgi subunit 4

要素

CoG4

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Conserved oligomeric Golgi complex / intracellular trafficking / vesicle tethering / multisubunit tethering complex / exocyst / Alternative splicing / Golgi apparatus / Membrane / Phosphoprotein / Protein transport / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

retrograde transport, vesicle recycling within Golgi / glycosylation / Golgi transport complex / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Intra-Golgi traffic / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / Golgi organization / COPI-mediated anterograde transport / trans-Golgi network membrane / protein transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Richardson, B.C. / Ungar, D. / Nakamura, A. / Jeffrey, P.D. / Hughson, F.M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structural basis for a human glycosylation disorder caused by mutation of the COG4 gene.
著者: Richardson, B.C. / Smith, R.D. / Ungar, D. / Nakamura, A. / Jeffrey, P.D. / Lupashin, V.V. / Hughson, F.M.

履歴

登録	2009年6月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hr0.cif.gz	117.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hr0.ent.gz	91.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hr0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/3hr0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hr/3hr0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2qx5-1 2qx5-2 4nk8-2 4ozy-2 4nk6-2 2pyh-d 4ozz-2 3c5x-d 5v6h-d 3c6e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #14 - 2001年2月インスリン (Insulin) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CoG4

B: CoG4

59.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.114, 87.114, 214.773
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	THR	THR	A	A	537 - 719	15 - 197
2	1	THR	THR	THR	THR	B	B	537 - 719	15 - 197
1	2	TRP	TRP	LEU	LEU	A	A	758 - 785	236 - 263
2	2	TRP	TRP	LEU	LEU	B	B	758 - 785	236 - 263
1	3	ILE	ILE	TRP	TRP	A	A	723 - 749	201 - 227
2	3	ILE	ILE	TRP	TRP	B	B	723 - 749	201 - 227

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	CoG4 / Conserved oligomeric Golgi complex subunit 4 / Component of oligomeric Golgi complex 4 分子量: 29788.740 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 525-785 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COG4, COG4 / プラスミド: pDU01 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H9E3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

CoG4 / Conserved oligomeric Golgi complex subunit 4 / Component of oligomeric Golgi complex 4

分子量: 29788.740 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 525-785 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COG4, COG4 / プラスミド: pDU01 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H9E3

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.85 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5% PEG-4000, 10 mM ammonium nitrate, 2.5% glycerol, 12 mM DTT, 10 mM Tris, 150 mM potassium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X29A	1	1.0809
シンクロトロン	NSLS	X29A	2	0.9792,0.9794,0.9611

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2007年4月24日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2007年4月24日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Si(111)	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0809	1
2	0.9792	1
3	0.9794	1
4	0.9611	1

Reflection

冗長度: 5.2 % / Av σ(I) over netI: 26.48 / 数: 479448 / R_merge(I) obs: 0.068 / Χ²: 1.01 / D res high: 2.2 Å / D res low: 100 Å / Num. obs: 92524 / % possible obs: 99.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.74	100	99.7	1	0.032	0.767	5.6
3.76	4.74	100	1	0.049	1.254	5.6
3.29	3.76	100	1	0.058	1.068	5.7
2.99	3.29	100	1	0.079	0.972	5.7
2.77	2.99	100	1	0.135	1.013	5.7
2.61	2.77	100	1	0.216	1.026	5.7
2.48	2.61	100	1	0.311	1.043	5.6
2.37	2.48	100	1	0.428	1.014	5.1
2.28	2.37	99.4	1	0.532	0.989	4.1
2.2	2.28	93.5	1	0.656	0.935	2.9

反射

解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 74854 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.077 / Χ²: 1.374 / Net I/σ(I): 26.485

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.9-1.97	5.1	0.357	7279	0.765	98.2
1.97-2.05	5	0.238	7337	0.841	98.5
2.05-2.14	5	0.174	7341	0.94	98.8
2.14-2.25	5	0.135	7414	1.038	99.4
2.25-2.39	5	0.108	7451	1.119	99.7
2.39-2.58	5.1	0.089	7492	1.188	99.9
2.58-2.84	5.4	0.079	7505	1.355	99.8
2.84-3.25	5.7	0.079	7561	1.968	99.9
3.25-4.09	6.2	0.075	7630	2.221	99.9
4.09-100	6.6	0.061	7844	1.734	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→30.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 2.343 / SU ML: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.222	3753	5 %	RANDOM
R_work	0.194	-	-	-
obs	0.196	74786	99.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.01 Å² / B_iso mean: 29.464 Å² / B_iso min: 13.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3990	0	0	385	4375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4019
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.191	1.965	5453
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	732	MEDIUM POSITIONAL	0.63	0.5
1	690	LOOSE POSITIONAL	0.79	5
1	732	MEDIUM THERMAL	1.43	2
1	690	LOOSE THERMAL	2.67	10
2	112	MEDIUM POSITIONAL	0.18	0.5
2	124	LOOSE POSITIONAL	0.7	5
2	112	MEDIUM THERMAL	1	2
2	124	LOOSE THERMAL	3.44	10
3	108	MEDIUM POSITIONAL	0.13	0.5
3	117	LOOSE POSITIONAL	0.61	5
3	108	MEDIUM THERMAL	1.88	2
3	117	LOOSE THERMAL	3.71	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.278	269	-
R_work	0.237	5102	-
all	-	5371	-
obs	-	-	98.01 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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