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万見
- PDB-3hqj: Structure-function analysis of Mycobacterium tuberculosis acyl ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hqj
タイトルStructure-function analysis of Mycobacterium tuberculosis acyl carrier protein synthase (AcpS).
要素Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
キーワードTRANSFERASE / an/fold / Structural Genomics / Israel Structural Proteomics Center / ISPC / Cytoplasm / Fatty acid biosynthesis / Lipid synthesis / Magnesium / Metal-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4'-phosphopantetheinyl transferase domain / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Ribosomal Protein L22; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Holo-[acyl-carrier-protein] synthase / Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Dym, O. / Albeck, S. / Peleg, Y. / Schwarz, A. / Shakked, Z. / Burstein, Y. / Zimhony, O. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure-function analysis of the acyl carrier protein synthase (AcpS) from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Dym, O. / Albeck, S. / Peleg, Y. / Schwarz, A. / Shakked, Z. / Burstein, Y. / Zimhony, O.
履歴
登録2009年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_related ...database_2 / pdbx_database_related / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9525
ポリマ－14,1121
非ポリマー8404
水79344
1
A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子

A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子

A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,85715
ポリマ－42,3363
非ポリマー2,52112
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.443, 77.443, 77.443
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number195
Space group name H-MP23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-143-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Holo-[acyl-carrier-protein] synthase / Holo-ACP synthase / 4'-phosphopantetheinyl transferase acpS


分子量: 14111.939 Da / 分子数: 1 / 変異: A28M,V74M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: acpS, Rv2523c, MT2599, MTV009.08c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A4W8, UniProt: P9WQD3*PLUS, holo-[acyl-carrier-protein] synthase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.15 %
結晶化温度: 294 K / pH: 6.5
詳細: 100mM MgCl2, 50mM Na cacodylate pH=6.5, and 25% polyethylene glycol 200, Microbatch under oil, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月5日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 11556 / Num. obs: 11568 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F7T

1f7t


解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 2.846 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25167 553 4.8 %RANDOM
Rwork0.20906 ---
all0.211 11012 --
obs0.211 10999 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.946 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数860 0 30 44 934
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.021904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6991.971232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0655109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.92821.84238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.43515135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7091510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.2611
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1970.245
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.180.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3270.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0640.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0561.5573
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7242891
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4613386
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5224.5341
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 35 -
Rwork0.211 790 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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