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- PDB-3hqb: Crystal structure of human desarg-C5A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hqb
タイトルCrystal structure of human desarg-C5A
要素Complement C5
キーワードIMMUNE SYSTEM / COMPLEMENT / C5A / ANAPHYLATOXIN / Cleavage on pair of basic residues / Complement alternate pathway / Complement pathway / Cytolysis / Disulfide bond / Glycoprotein / Immune response / Inflammatory response / Innate immunity / Membrane attack complex / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production ...Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / chemotaxis / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / cell surface receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Anaphylotoxins (complement system) / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / : / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin ...Anaphylotoxins (complement system) / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / : / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.299 Å
データ登録者Cook, W.J. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2010
タイトル: Structure of human desArg-C5a.
著者: Cook, W.J. / Galakatos, N. / Boyar, W.C. / Walter, R.L. / Ealick, S.E.
履歴
登録2009年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Complement C5
B: Complement C5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3232
ポリマ－16,3232
非ポリマー00
水00
1
A: Complement C5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1621
ポリマ－8,1621
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Complement C5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1621
ポリマ－8,1621
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1650 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.720, 54.720, 96.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
14
24
15
25
16
26
17
27

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 20:29 )
211chain B and (resseq 20:29 )
112chain A and (resseq 31:34 )
212chain B and (resseq 31:34 )
113chain A and (resseq 36:41 )
213chain B and (resseq 36:41 )
114chain A and (resseq 43:45 )
214chain B and (resseq 43:45 )
115chain A and (resseq 47:52 )
215chain B and (resseq 47:52 )
116chain A and (resseq 54:61 )
216chain B and (resseq 54:61 )
117chain A and (resseq 63:63 )
217chain B and (resseq 63:63 )

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

#1: タンパク質 Complement C5 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 4 / Complement C5 beta chain / ...C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 4 / Complement C5 beta chain / Complement C5 alpha chain / C5a anaphylatoxin / Complement C5 alpha' chain


分子量: 8161.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: THE SYNTHETIC C5A GENE OF PB-6 REPLACES THE N-TERMINAL THREONINE RESIDUE OF HUMAN C5A WITH METHIONINE.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C5, CPAMD4 / プラスミド: pB-6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LCIQ / 参照: UniProt: P01031
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 2.4 M sodium chloride, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1991年6月19日
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.299→26.3 Å / Num. all: 2760 / Num. obs: 2707 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.5_2精密化
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HQA

3hqa


解像度: 3.299→23.799 Å / SU ML: 0.51 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2 / 位相誤差: 30.2 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3069 217 9.49 %
Rwork0.2099 --
obs0.2191 2287 83.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.606 Å2 / ksol: 0.334 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.14 Å20 Å20 Å2
2--4.14 Å20 Å2
3----8.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.38 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.299→23.799 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数957 0 0 0 957
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5161295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.347369
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008167
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A71X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B71X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.091
21A30X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22B30X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.039
31A49X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B49X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.047
41A19X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42B19X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.047
51A46X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52B46X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.052
61A54X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62B54X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.059
71A6X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
72B6X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.042
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2986-4.15230.3449880.209871X-RAY DIFFRACTION72
4.1523-23.79930.29111290.21041199X-RAY DIFFRACTION94
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param / Topol file: protein.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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