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- PDB-3hq5: Progesterone Receptor bound to an Alkylpyrrolidine ligand. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hq5
タイトルProgesterone Receptor bound to an Alkylpyrrolidine ligand.
要素Progesterone receptorプロゲステロン受容体
キーワードhormone binding protein / nuclear receptor (核内受容体) / Progesterone Receptor (プロゲステロン受容体) / PR / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Cytoplasm (細胞質) / DNA-binding / Isopeptide bond / Lipid-binding / Metal-binding / Nucleus (Nucleus) / Phosphoprotein / Polymorphism / Receptor / Steroid-binding / Transcription (転写 (生物学)) / Transcription regulation / Ubl conjugation / Zinc (亜鉛) / Zinc-finger (ジンクフィンガー)
機能・相同性
機能・相同性情報


glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / negative regulation of phosphorylation / 傍分泌 / maintenance of protein location in nucleus / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway ...glandular epithelial cell maturation / tertiary branching involved in mammary gland duct morphogenesis / ovulation from ovarian follicle / negative regulation of phosphorylation / 傍分泌 / maintenance of protein location in nucleus / regulation of epithelial cell proliferation / nuclear steroid receptor activity / lung alveolus development / progesterone receptor signaling pathway / estrogen response element binding / intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / steroid binding / G protein-coupled receptor activity / SUMOylation of intracellular receptors / transcription coactivator binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / cell-cell signaling / ATPase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / mitochondrial outer membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / signaling receptor binding / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
プロゲステロン受容体 / プロゲステロン受容体 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...プロゲステロン受容体 / プロゲステロン受容体 / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GKK / プロゲステロン受容体
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Madauss, K.P. / Williams, S.P. / Washburn, D.G.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2009
タイトル: Rational design of orally-active, pyrrolidine-based progesterone receptor partial agonists.
著者: Thompson, S.K. / Washburn, D.G. / Frazee, J.S. / Madauss, K.P. / Hoang, T.H. / Lapinski, L. / Grygielko, E.T. / Glace, L.E. / Trizna, W. / Williams, S.P. / Duraiswami, C. / Bray, J.D. / Laping, N.J.
履歴
登録2009年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Progesterone receptor
B: Progesterone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,46510
ポリマ－59,1092
非ポリマー1,3568
水8,071448
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2410 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area22270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.701, 64.441, 70.380
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.510, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Progesterone receptor / プロゲステロン受容体 / PR / Nuclear receptor subfamily 3 group C member 3


分子量: 29554.633 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 678-933 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGR, NR3C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06401
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GKK / 2-chloro-4-{[(3S)-1-methylpyrrolidin-3-yl][2-(trifluoromethyl)benzyl]amino}benzonitrile


分子量: 393.833 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H19ClF3N3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20 % Peg 3350, 0.2M LiSO4, 0.1M Hepes 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 32216 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 14.594
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / % possible all: 96.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.99 Å
Translation2.5 Å19.99 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.3.2位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.604 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23678 2114 7 %RANDOM
Rwork0.1976 ---
obs0.20036 27875 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.557 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20.09 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4009 0 86 448 4543
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224184
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1162.0015669
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09636951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4125498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.23924.32169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.70615768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4661519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.2971
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1730.22948
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.22041
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21937
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1510.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1570.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2680.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5331.52765
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0851.5997
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.80824058
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.04731855
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4714.51611
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 150 -
Rwork0.318 1997 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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