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- PDB-3hps: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis LeuA complexed wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hps
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis LeuA complexed with ketoisocaproate (KIC)
要素2-isopropylmalate synthase
キーワードTRANSFERASE / 2-isopropylmalate synthase / LeuA / Mycobacterium tuberculosis / leucine biosynthesis / enzyme / TIM barrel / regulatory domain / substrate / Amino-acid biosynthesis / Branched-chain amino acid biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


2-isopropylmalate synthase / 2-isopropylmalate synthase activity / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity / L-leucine biosynthetic process / potassium ion binding / manganese ion binding / magnesium ion binding / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant - #20 / Alpha-isopropylmalate synthase LeuA, regulatory domain / Helix Hairpins - #1400 / 2-isopropylmalate synthase / LeuA, N-terminal catalytic TIM barrel domain / : / Alpha-isopropylmalate synthase, post-catalytic domain-like / 2-isopropylmalate synthase LeuA, allosteric (dimerisation) domain / 2-isopropylmalate synthase LeuA, allosteric (dimerisation) domain superfamily / LeuA allosteric (dimerisation) domain ...Arc Repressor Mutant - #20 / Alpha-isopropylmalate synthase LeuA, regulatory domain / Helix Hairpins - #1400 / 2-isopropylmalate synthase / LeuA, N-terminal catalytic TIM barrel domain / : / Alpha-isopropylmalate synthase, post-catalytic domain-like / 2-isopropylmalate synthase LeuA, allosteric (dimerisation) domain / 2-isopropylmalate synthase LeuA, allosteric (dimerisation) domain superfamily / LeuA allosteric (dimerisation) domain / LeuA allosteric (dimerisation) domain / Alpha-isopropylmalate and homocitrate synthases signature 2. / Alpha-isopropylmalate and homocitrate synthases signature 1. / Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site / Arc Repressor Mutant / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Double Stranded RNA Binding Domain / Aldolase class I / Helix Hairpins / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXO-4-METHYLPENTANOIC ACID / LEUCINE / 2-isopropylmalate synthase / 2-isopropylmalate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Koon, N. / Squire, C.J. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Probing the active site of M. tuberculosis LeuA
著者: Koon, N. / Squire, C.J. / Baker, E.N.
履歴
登録2009年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22013年6月5日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-isopropylmalate synthase
B: 2-isopropylmalate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,21210
ポリマ－140,3752
非ポリマー8388
水18,9341051
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15730 Å2
ΔGint-50.2 kcal/mol
Surface area40180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.411, 154.848, 68.882
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 2-isopropylmalate synthase / Alpha-isopropylmalate synthase / Alpha-IPM synthetase


分子量: 70187.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: leuA, MT3813, MTV025.058, Rv3710 / プラスミド: pPROEXHTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P96420, UniProt: P9WQB3*PLUS, 2-isopropylmalate synthase

-
非ポリマー , 5種, 1059分子

#2: 化合物 ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-COI / 2-OXO-4-METHYLPENTANOIC ACID / alpha-ketoisocaproic acid / α-ケトイソカプロン酸


分子量: 130.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1051 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: Sodium citrate, PEG MME 2000, pH 6.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月25日 / 詳細: Osmic
放射モノクロメーター: Osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 89717 / Num. obs: 89717 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / % possible all: 49

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1SR9

1sr9


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.582 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20476 4754 5 %RANDOM
Rwork0.15761 ---
all0.15998 89717 --
obs0.15998 89717 90.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.415 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20.24 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8720 0 50 1051 9821
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0229008
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5061.95312308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.89851163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.7423.723411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.012151330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6691574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.21393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8321.55787
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.48829307
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5633221
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1624.52991
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 188 -
Rwork0.265 3575 -
obs--48.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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