PDB-3hpm: Oxidized dimeric PICK1 PDZ C46G mutant in complex with the carbox...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hpm

タイトル

Oxidized dimeric PICK1 PDZ C46G mutant in complex with the carboxyl tail peptide of GluR2

要素

PRKCA-binding protein,9-mer peptide of THE GLUR2 SUBUNIT

キーワード

PROTEIN BINDING / oxidized / PDZ domain

機能・相同性

機能・相同性情報

G protein-coupled glutamate receptor binding / membrane curvature sensor activity / glial cell development / Arp2/3 complex binding / postsynaptic endocytic zone / cellular response to decreased oxygen levels / postsynaptic specialization / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / SNAP receptor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Yu, J. / Shi, Y. / Zhang, M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Redox-Regulated Lipid Membrane Binding of the PICK1 PDZ Domain.
著者: Shi, Y. / Yu, J. / Jia, Y. / Pan, L. / Shen, C. / Xia, J. / Zhang, M.

履歴

登録	2009年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年6月21日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity_name_com.name ..._entity.pdbx_description / _entity_name_com.name / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hpm.cif.gz	92.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hpm.ent.gz	70.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hpm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hpm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hpm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hpkC 2pkuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6r11-3 4qsy-d 1gsv-d 6qjf-3 3ve4-d 6r0s-3 2ws0-1 6q0m-2 5i2l-d 5hdc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PRKCA-binding protein,9-mer peptide of THE GLUR2 SUBUNIT

B: PRKCA-binding protein,9-mer peptide of THE GLUR2 SUBUNIT

23.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PRKCA-binding protein,9-mer peptide of THE GLUR2 SUBUNIT

登録者が定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PRKCA-binding protein,9-mer peptide of THE GLUR2 SUBUNIT

登録者が定義した集合体
11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.450, 54.000, 92.380
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	GLY	GLY	A	A	19 - 38	5 - 24
2	1	VAL	VAL	GLY	GLY	B	B	19 - 38	5 - 24
1	2	GLY	GLY	ASP	ASP	A	A	46 - 107	32 - 93
2	2	GLY	GLY	ASP	ASP	B	B	46 - 107	32 - 93
1	3	GLY	GLY	ILE	ILE	A	A	117 - 125	103 - 111
2	3	GLY	GLY	ILE	ILE	B	B	117 - 125	103 - 111

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	PRKCA-binding protein,9-mer peptide of THE GLUR2 SUBUNIT / Protein interacting with C kinase 1 / isoform CRA_b / Protein interacting with PRKCA 1 分子量: 11533.163 Da / 分子数: 2 / 断片: PICK1 PDZ domain / 変異: C46G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ), (組換発現) synthetic construct (人工物) 遺伝子: Pick1, rCG_60080 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6GQQ2, UniProt: Q9EP80*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THIS SEQUENCE IS FUSED WITH PROTEASE 3C CLEAVAGE SITE AND THE C-TERMINAL TAIL 9 AMINO ACID RESIDUES ...THIS SEQUENCE IS FUSED WITH PROTEASE 3C CLEAVAGE SITE AND THE C-TERMINAL TAIL 9 AMINO ACID RESIDUES OF THE GLUR2 SUBUNIT.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.25 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% (w/v) PEG4000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射	モノクロメーター: confocal optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→46.62 Å / Num. all: 4797 / Num. obs: 4797 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 77.041 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.377 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 683 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PKU

2pku

解像度: 2.8→46.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.919 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.891 / SU B: 46.451 / SU ML: 0.417 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.519 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29504	465	9.7 %	RANDOM
R_work	0.24305	-	-	-
obs	0.24807	4307	96 %	-
all	-	4797	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.494 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.83 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.96 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1545	0	0	1	1546

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.31	1.982	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.932	5	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.168	26.923	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.094	15	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	3.566	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.2	713
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.185	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.286	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.132	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.281	1.5	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.481	2	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.675	3	517
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.072	4.5	421
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	80	tight positional	0.12	0.05
2	248	tight positional	0.05	0.05
3	36	tight positional	0.05	0.05
1	55	medium positional	0.83	0.5
2	193	medium positional	0.68	0.5
3	27	medium positional	0.71	0.5
1	80	tight thermal	0.06	0.5
2	248	tight thermal	0.05	0.5
3	36	tight thermal	0.07	0.5
1	55	medium thermal	0.29	2
2	193	medium thermal	0.38	2
3	27	medium thermal	0.32	2

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.388	35	-
R_work	0.301	321	-
obs	-	-	96.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8078	-0.3556	-0.6904	8.6197	3.5554	12.1137	-0.1052	0.3176	0.0763	0.224	0.1913	-0.4456	0.1105	0.3258	-0.0861	-0.2597	-0.0066	0.0084	-0.1686	0.0213	-0.149	5.2764	-8.5111	10.3793
2	4.6582	-2.2242	1.2542	10.107	0.5746	10.3948	0.1686	0.2161	-0.0902	-0.0542	0.0237	0.949	-0.2507	-0.348	-0.1923	-0.0873	0.032	-0.0229	-0.0591	-0.0093	0.0449	-8.8031	12.1329	13.4846

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 125
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	15 - 125

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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