PDB-3hph: Closed tetramer of Visna virus integrase (residues 1-219) in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hph

タイトル

Closed tetramer of Visna virus integrase (residues 1-219) in complex with LEDGF IBD

要素

Integraseインテグラーゼ
PC4 and SFRS1-interacting protein

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX /

TETRAMER (四量体) / DNA INTEGRATION /

ENDONUCLEASE (エンドヌクレアーゼ) /

MAGNESIUM (マグネシウム) / METAL-BINDING / MULTIFUNCTIONAL ENZYME /

NUCLEASE (ヌクレアーゼ) /

NUCLEOTIDYLTRANSFERASE /

NUCLEUS (細胞核) / VIRAL NUCLEOPROTEIN /

VIRION (ウイルス) / DNA-BINDING / HOST-VIRUS INTERACTION /

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) /

TRANSCRIPTION REGULATION /

ZINC BINDING (亜鉛) / HHCC MOTIF /

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

RECOMBINATION (遺伝的組換え)

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP diphosphatase /

dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process /

supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles /

加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ /

リボヌクレアーゼH / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes ...
類似検索 - 分子機能

Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70 /

Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / TFIIS/LEDGF domain superfamily /

dUTPase-like /

dUTPase /

dUTPase, trimeric ...Conserved domain common to transcription factors TFIIS, elongin A, CRSP70 /

Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / TFIIS/LEDGF domain superfamily /

dUTPase-like /

dUTPase /

dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / gag protein p24 N-terminal domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal /

Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral /

Integrase, N-terminal zinc-binding domain /

Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. /

リボヌクレアーゼH / Integrase core domain /

Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain /

Ribonuclease H domain / RNase H type-1 domain profile. / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) /

Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins /

Retroviral aspartyl protease /

Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal /

ジンクフィンガー / Zinc knuckle /

Zinc finger, CCHC-type superfamily /

Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. /

Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Maedi visna virus (ビスナウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Hare, S. / Wang, J. / Cherepanov, P.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for functional tetramerization of lentiviral integrase
著者: Hare, S. / Di Nunzio, F. / Labeja, A. / Wang, J. / Engelman, A. / Cherepanov, P.

履歴

登録	2009年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hph.cif.gz	228.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hph.ent.gz	182.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hph.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hph	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hpgSC 2b4jS 1k6y 3f9k S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6uja-d 6at7-d 5agc-d 6at7-3 3f8u-2 6ujb-d 2470 4v2r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (7) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #33 - 2002年9月 HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase) 類似性 (6) #6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (6) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (7)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (6)
#6 - 2000年6月
HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
類似性 (6)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Integrase

B: Integrase

C: Integrase

D: Integrase

E: PC4 and SFRS1-interacting protein

F: PC4 and SFRS1-interacting protein

G: PC4 and SFRS1-interacting protein

H: PC4 and SFRS1-interacting protein

ヘテロ分子

145 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.870, 83.150, 115.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.960, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	F	1 - 426
2	1	1	2	G	1 - 420
1	1	2	2	A	55 - 213
2	1	2	2	D	55 - 214
1	1	3	2	B	1 - 50
2	1	3	2	C	1 - 50
1	1	4	2	B	55 - 215
2	1	4	2	C	55 - 216
1	1	5	2	A	1 - 50
2	1	5	2	D	1 - 50
1	1	6	2	H	1 - 440
2	1	6	2	E	1 - 440
1	1	7	5	A	1 - 50
2	1	7	5	B	1 - 50
1	1	8	5	D	1 - 50
2	1	8	5	C	1 - 50
1	1	9	5	F	350 - 426
2	1	9	5	E	350 - 440
1	1	10	5	G	350 - 420
2	1	10	5	H	350 - 440

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	Integrase / インテグラーゼ / IN 分子量: 25090.455 Da / 分子数: 4 断片: N-terminal and catalytic domains, UNP residues 923-1039 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Maedi visna virus (ビスナウイルス) 株: KV1772 / 遺伝子: pol / プラスミド: pCDF-duet1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PC2 / 参照: UniProt: P35956
#2: タンパク質	PC4 and SFRS1-interacting protein / Lens epithelium-derived growth factor / Transcriptional coactivator p75/p52 / Dense fine speckles ...Lens epithelium-derived growth factor / Transcriptional coactivator p75/p52 / Dense fine speckles 70 kDa protein / DFS 70 / CLL-associated antigen KW-7 分子量: 10988.893 Da / 分子数: 4 / 断片: Integrase binding domain, UNP residues 348-435 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DFS70, LEDGF, PSIP1, PSIP2 / プラスミド: pES / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PC2 / 参照: UniProt: O75475

#1: タンパク質

Integrase /

インテグラーゼ / IN

分子量: 25090.455 Da / 分子数: 4
断片: N-terminal and catalytic domains, UNP residues 923-1039
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Maedi visna virus (ビスナウイルス)
株: KV1772 / 遺伝子: pol / プラスミド: pCDF-duet1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PC2 / 参照: UniProt: P35956

#2: タンパク質

PC4 and SFRS1-interacting protein / Lens epithelium-derived growth factor / Transcriptional coactivator p75/p52 / Dense fine speckles ...

分子量: 10988.893 Da / 分子数: 4 / 断片: Integrase binding domain, UNP residues 348-435 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DFS70, LEDGF, PSIP1, PSIP2 / プラスミド: pES / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PC2 / 参照: UniProt: O75475

-
非ポリマー , 4種, 121分子

#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.2 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.7-0.9M (NH4)2HPO4, 2.5% Jeffamine M600,100mM Bis-Tris propane-HCl, pH7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月16日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→40 Å / Num. all: 56209 / Num. obs: 55918 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 50.579 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.64→2.71 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured obs: 13611 / Num. unique all: 4115 / Num. unique obs: 4092 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HPG and 2B4J

3hpg

2b4j

解像度: 2.64→39.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / WR_factor R_free: 0.252 / WR_factor R_work: 0.224 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.81 / SU B: 23.978 / SU ML: 0.225 / SU R Cruickshank DPI: 0.425 / SU R_free: 0.277 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.425 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	2827	5.1 %	RANDOM
R_work	0.226	-	-	-
obs	0.228	55918	99.55 %	-
all	-	56171	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.01 Å² / B_iso mean: 26.532 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.99 Å²	0 Å²	2.19 Å²
2-	-	-1.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.64→39.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8625	0	43	110	8778

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	8804
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.406	1.949	11879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.308	5	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.431	25.086	409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.727	15	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.003	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	6462
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.801	1.5	5393
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.564	2	8684
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.135	3	3411
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.794	4.5	3195

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	F	212	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	F	212	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
1	F	212	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
1	F	212	MEDIUM THERMAL	0.03	2
2	A	616	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	A	612	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
2	A	616	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
2	A	612	MEDIUM THERMAL	0.08	2
3	B	176	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
3	B	155	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
3	B	176	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
3	B	155	MEDIUM THERMAL	0.08	2
4	B	624	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
4	B	614	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
4	B	624	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
4	B	614	MEDIUM THERMAL	0.1	2
5	A	160	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
5	A	151	MEDIUM POSITIONAL	0.02	0.5
5	A	160	TIGHT THERMAL	0.03	0.5
5	A	151	MEDIUM THERMAL	0.04	2
6	H	356	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
6	H	374	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
6	H	356	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
6	H	374	MEDIUM THERMAL	0.07	2
7	A	160	MEDIUM POSITIONAL	0.2	0.5
7	A	151	LOOSE POSITIONAL	0.78	5
7	A	160	MEDIUM THERMAL	2.42	2
7	A	151	LOOSE THERMAL	2.53
8	D	164	MEDIUM POSITIONAL	0.22	0.5
8	D	152	LOOSE POSITIONAL	0.79	5
8	D	164	MEDIUM THERMAL	2.39	2
8	D	152	LOOSE THERMAL	2.53
9	F	240	MEDIUM POSITIONAL	0.27	0.5
9	F	242	LOOSE POSITIONAL	0.48	5
9	F	240	MEDIUM THERMAL	4.44	2
9	F	242	LOOSE THERMAL	4.25
10	G	216	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
10	G	213	LOOSE POSITIONAL	0.49	5
10	G	216	MEDIUM THERMAL	4.64	2
10	G	213	LOOSE THERMAL	4.49

LS精密化シェル

解像度: 2.64→2.708 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	207	-
R_work	0.304	3860	-
all	-	4067	-
obs	-	-	99.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4472	0.0416	-0.2039	1.3559	0.6639	1.3538	0.0422	0.1121	-0.1195	-0.0522	-0.0141	-0.0732	-0.1315	0.0233	-0.0281	0.1723	-0.0292	0.0054	0.3475	-0.0004	0.2335	28.899	-0.966	4.624
2	1.6231	-0.585	-0.0955	1.2231	-0.1153	1.231	-0.049	-0.1096	-0.2012	0.137	0	0.0682	-0.047	-0.0183	0.0489	0.2443	-0.014	0.0274	0.3515	0.044	0.1987	-4.715	0.912	34.682
3	8.1797	-4.4717	-0.0442	9.7311	-0.0563	5.8262	-0.8323	-0.1622	-1.1394	0.752	0.3272	-0.4839	0.6916	0.2105	0.5051	0.4408	0.2017	0.0547	0.3785	-0.0697	0.7656	40.704	-25.058	5.371
4	5.8343	0.4378	1.7326	6.328	0.7815	6.3424	-0.0863	0.4765	-1.024	0.2291	-0.0982	0.313	0.9787	0.3349	0.1845	0.3042	0.1671	0.1187	0.232	-0.0089	0.3775	10.531	-19.253	24.923
5	5.3425	-1.853	-1.4329	7.4166	0.243	8.0983	0.1879	-0.2599	0.8502	-0.2484	-0.0621	-0.0416	-0.6585	-0.4736	-0.1258	0.2009	-0.0017	0.0179	0.2197	-0.1401	0.274	17.061	19.095	18.612
6	2.3517	1.4659	-1.8977	11.2487	4.3187	7.531	0.3323	-0.1721	0.5806	0.5935	0.2446	-0.6693	-0.9671	0.0551	-0.577	0.6736	0.0834	0.0399	0.3947	-0.2019	0.4296	-5.272	25.099	46.257
7	6.6147	-3.7996	0.3645	4.8445	0.2652	8.2581	0.2877	0.1748	-0.3142	-0.006	-0.1323	-0.209	0.5016	0.3676	-0.1554	0.0512	0.0169	-0.0533	0.1822	-0.0045	0.1226	36.469	-33.214	-17.87
8	8.4648	-5.6215	5.4655	17.222	-0.6005	6.1946	-0.3313	-0.1643	0.3572	0.0576	0.0903	0.7604	-1.2066	-0.3187	0.241	0.8068	0.0196	0.0549	0.0733	0.0959	0.4569	24.37	33.962	4.316
9	7.3297	4.5365	2.931	14.685	4.6615	6.4395	0.3718	0.205	-1.2216	-0.512	0.1872	-0.5956	0.6191	0.0576	-0.559	0.6142	-0.0582	0.0685	0.1002	0.0292	0.8907	-5.037	-33.096	31.589
10	6.5932	-0.7944	-0.0318	8.4464	5.5865	8.2098	-0.0487	-0.3642	0.2997	-0.2709	-0.3168	0.3491	-0.8703	-0.5068	0.3655	0.2051	0.0541	-0.0515	0.2654	-0.0795	0.0459	-28.115	33.213	39.53

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	60 - 213
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	55 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	1	E	364 - 368
4	X-RAY DIFFRACTION	1	F	364 - 368
5	X-RAY DIFFRACTION	2	C	55 - 216
6	X-RAY DIFFRACTION	2	D	60 - 214
7	X-RAY DIFFRACTION	2	G	364 - 368
8	X-RAY DIFFRACTION	2	H	364 - 368
9	X-RAY DIFFRACTION	3	A	4 - 43
10	X-RAY DIFFRACTION	3	A	220
11	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 44
12	X-RAY DIFFRACTION	4	B	220
13	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1 - 44
14	X-RAY DIFFRACTION	5	C	220
15	X-RAY DIFFRACTION	6	D	3 - 43
16	X-RAY DIFFRACTION	6	D	220
17	X-RAY DIFFRACTION	7	E	348 - 363
18	X-RAY DIFFRACTION	7	E	369 - 440
19	X-RAY DIFFRACTION	8	F	352 - 363
20	X-RAY DIFFRACTION	8	F	369 - 426
21	X-RAY DIFFRACTION	9	G	353 - 363
22	X-RAY DIFFRACTION	9	G	369 - 420
23	X-RAY DIFFRACTION	10	H	348 - 363
24	X-RAY DIFFRACTION	10	H	369 - 440

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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