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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hp8 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a designed Cyanovirin-N homolog lectin; LKAMG, bound to sucrose | |||||||||
![]() | Cyanovirin-N-like protein | |||||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / Cyanovirin-N / CVNH / lectin / carbohydrate / sucrose | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Koharudin, L.M.I. / Furey, W. / Gronenborn, A.M. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A designed chimeric cyanovirin-N homolog lectin: Structure and molecular basis of sucrose binding. 著者: Koharudin, L.M. / Furey, W. / Gronenborn, A.M. #1: ![]() タイトル: The Evolutionarily Conserved Family of Cyanovirin-N Homologs: Structures and Carbohydrate Specificity 著者: Koharudin, L.M.I. / Viscomi, A.R. / Jee, J.G. / Ottonello, S. / Gronenborn, A.M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12386.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET15B / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.18 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / pH: 8 詳細: protein solutions (~40 mg/ml) were incubated overnight with sucrose at a molar ratio of 1:40 (protein:disaccharide) and crystallization were carried out using 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH ...詳細: protein solutions (~40 mg/ml) were incubated overnight with sucrose at a molar ratio of 1:40 (protein:disaccharide) and crystallization were carried out using 0.2 M Li2SO4, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), and 30% PEG 4000 with protein to mother liquor ratio of 8 to 1 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月10日 |
放射 | モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.88→35.7 Å / Num. obs: 23572 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.08 % / Rmerge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 3.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 2.92 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 76.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3HNU 解像度: 2→35.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 4.761 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.47 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→35.7 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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