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- PDB-3hp4: Crystal structure of psychrotrophic esterase EstA from Pseudoalte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hp4
タイトルCrystal structure of psychrotrophic esterase EstA from Pseudoalteromonas sp. 643A inhibited by monoethylphosphonate
要素GDSL-esterase
キーワードHYDROLASE / esterase / psychrotrophic / monoethylphosphonate
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylcholine lysophospholipase activity
類似検索 - 分子機能
: / SGNH hydrolase / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / SGNH hydrolase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudoalteromonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Brzuszkiewicz, A. / Nowak, E. / Dauter, Z. / Dauter, M. / Cieslinski, H. / Kur, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: Structure of EstA esterase from psychrotrophic Pseudoalteromonas sp. 643A covalently inhibited by monoethylphosphonate.
著者: Brzuszkiewicz, A. / Nowak, E. / Dauter, Z. / Dauter, M. / Cieslinski, H. / Dlugolecka, A. / Kur, J.
履歴
登録2009年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDSL-esterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8041
ポリマ－20,8041
非ポリマー00
水4,630257
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.820, 83.820, 130.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 GDSL-esterase


分子量: 20803.572 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 24-207 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudoalteromonas sp. (バクテリア)
株: 643A / 遺伝子: estA / プラスミド: pRCS69 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q1G1I7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 15 mg/ml Protein, 20 mM HEPES pH 7.5, 250 mM NaCl, 5 % Glycerol. Well solution: 1.6 M Na/K phosphate, 100 mM HEPES pH 7.5. Both solutions mixed 1:1 in drops, VAPOR ...詳細: Protein solution: 15 mg/ml Protein, 20 mM HEPES pH 7.5, 250 mM NaCl, 5 % Glycerol. Well solution: 1.6 M Na/K phosphate, 100 mM HEPES pH 7.5. Both solutions mixed 1:1 in drops, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→30 Å / Num. obs: 60202 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 38.751
反射 シェル解像度: 1.35→1.4 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1IVN

1ivn


解像度: 1.35→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 1.338 / SU ML: 0.025 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18867 3052 5.1 %RANDOM
Rwork0.17228 ---
obs0.1731 60116 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.984 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å2-0.06 Å20 Å2
2---0.11 Å20 Å2
3---0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1440 0 0 257 1697
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221592
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8561.9782181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8535218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.55925.76978
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.51315300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.165157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2242
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0931.5970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8721580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0353622
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5514.5583
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 204 -
Rwork0.205 4141 -
obs--99.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.60210.93780.23982.21050.74851.81120.03620.0195-0.0658-0.0558-0.1090.0311-0.0938-0.06440.07280.05510.0149-0.04910.0660.02060.062344.292840.279-1.9292
22.45581.9087-0.01786.88631.04921.1931-0.12650.440.1138-0.51490.0908-0.016-0.13950.01410.03570.11780.0064-0.03790.16860.01420.040747.703838.4898-12.4977
31.0749-0.05880.47840.4590.35541.4553-0.0342-0.07750.1178-0.0616-0.04530.05-0.1947-0.14070.07940.05670.0017-0.0330.0781-0.0020.086944.720644.06666.7039
42.49731.46030.14462.3350.2880.9477-0.0959-0.0639-0.00060.04410.132-0.0996-0.06420.0481-0.03620.0489-0.0133-0.01690.0724-0.00470.048957.729440.575514.561
51.22910.08420.20470.8959-0.71011.74560.03920.209-0.0215-0.1156-0.0971-0.1179-0.05630.21610.05790.073-0.00040.00660.12530.00770.072956.789936.3115-4.6665
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 12
2X-RAY DIFFRACTION2A13 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3A39 - 114
4X-RAY DIFFRACTION4A115 - 137
5X-RAY DIFFRACTION5A138 - 185

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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