PDB-3hp3: Crystal structure of CXCL12

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hp3

タイトル

Crystal structure of CXCL12

要素

CXCL12 protein

キーワード

CYTOKINE / Chemokine / CXCL12 / SDF

機能・相同性

機能・相同性情報

chemokine (C-X-C motif) ligand 12 signaling pathway / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / response to ultrasound / telencephalon cell migration / regulation of actin polymerization or depolymerization / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / chemokine receptor binding / positive regulation of vasculature development / CXCR chemokine receptor binding / positive regulation of axon extension involved in axon guidance ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Murphy, J.W. / Lolis, E. / Xiong, Y. / Yuan, H. / Crichlow, G.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Heterologous quaternary structure of CXCL12 and its relationship to the CC chemokine family
著者: Murphy, J.W. / Yuan, H. / Kong, Y. / Xiong, Y. / Lolis, E.J.

履歴

登録	2009年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2018年5月30日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hp3.cif.gz	143.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hp3.ent.gz	114 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hp3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hp3_validation.pdf.gz	491.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hp3_full_validation.pdf.gz	508.2 KB	表示
XML形式データ	3hp3_validation.xml.gz	31.1 KB	表示
CIF形式データ	3hp3_validation.cif.gz	42 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hp/3hp3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gv3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3oam-2 3jtj-1 4l5g-d 1vic-d 5fzr-d 1wxd-d 7ncc-d 3oam-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#202 - 2016年10月
ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4)
類似性 (6)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels)
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#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CXCL12 protein

B: CXCL12 protein

C: CXCL12 protein

D: CXCL12 protein

E: CXCL12 protein

F: CXCL12 protein

G: CXCL12 protein

H: CXCL12 protein

I: CXCL12 protein

J: CXCL12 protein

ヘテロ分子

82.2 kDa, 10 ポリマー
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1

A: CXCL12 protein

B: CXCL12 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: CXCL12 protein

H: CXCL12 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.6 kDa, 2 ポリマー
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3

D: CXCL12 protein

F: CXCL12 protein

ヘテロ分子

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16.2 kDa, 2 ポリマー
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4

E: CXCL12 protein

G: CXCL12 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.6 kDa, 2 ポリマー
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5

I: CXCL12 protein

ヘテロ分子

J: CXCL12 protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	41.834, 117.468, 134.501
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	J
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	C

#1: タンパク質	CXCL12 protein / Stromal cell-derived factor 1a / cDNA FLJ76575 / highly similar to Homo sapiens chemokine (C-X-C ...Stromal cell-derived factor 1a / cDNA FLJ76575 / highly similar to Homo sapiens chemokine (C-X-C motif) ligand 12 (stromalcell-derived factor 1) (CXCL12) / mRNA / Chemokine (C-X-C motif) ligand 12 (Stromal cell-derived factor 1) / isoform CRA_b 分子量: 7980.477 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 22-88 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL12, hCG_25667 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6ICW0, UniProt: P48061*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-AU / GOLD ION 分子量: 196.967 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.6 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 20% Jeffamine M-600, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.04 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→31 Å / Num. obs: 39406

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.5.0093	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→29.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 18.748 / SU ML: 0.211 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.245
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27995	709	2.1 %	RANDOM
R_work	0.22832	-	-	-
obs	0.2294	33679	99.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.569 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4979	0	12	231	5222

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	5094
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.229	1.947	6933
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.086	5	627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.218	23.965	227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.248	15	854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.225	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	802
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	3797
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.287	9	3201
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.245	9	5150
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.485	9	1893
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.726	9	1783
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 408 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	loose positional	0.78	5
B	loose positional	0.84	5
J	loose positional	0.69	5
D	loose positional	0.83	5
E	loose positional	0.69	5
F	loose positional	0.76	5
G	loose positional	1.08	5
H	loose positional	0.86	5
I	loose positional	0.77	5
C	loose positional	0.67	5
A	loose thermal	6.21	10
B	loose thermal	6.37	10
J	loose thermal	5.11	10
D	loose thermal	5.78	10
E	loose thermal	5.95	10
F	loose thermal	6.05	10
G	loose thermal	6.4	10
H	loose thermal	6.48	10
I	loose thermal	5.39	10
C	loose thermal	4.49	10

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	46	-
R_work	0.274	2351	-
obs	-	-	97.36 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.3145	4.0625	5.1679	2.9623	1.2394	5.8151	0.2836	-0.3749	-0.3619	0.0494	-0.2154	-0.4427	0.362	-0.0304	-0.0682	0.1774	0.0079	-0.0386	0.116	-0.0503	0.1937	6.615	4.432	-49.483
2	5.9629	-0.2609	1.5521	4.3101	1.7836	5.6951	0.057	0.1195	-0.0504	-0.1477	-0.0231	-0.4256	-0.2357	0.399	-0.0339	0.189	-0.0515	-0.0353	0.0581	0.0164	0.0622	7.484	11.954	-45.393
3	1.5186	-1.5408	-0.415	5.9316	-4.3373	5.5932	0.1117	0.0606	0.1246	-0.408	0.0213	-0.0163	0.2384	-0.2028	-0.133	0.1198	-0.0142	-0.0262	0.0456	0.0089	0.0214	-9.45	18.307	-39.946
4	32.693	-1.5693	7.6852	4.1619	-1.9079	3.3406	0.4257	1.0945	-0.0572	-0.362	-0.2671	0.105	-0.1253	0.406	-0.1586	0.2833	-0.075	0.0617	0.2213	-0.1076	0.0865	1.917	22.484	-48.613
5	5.7616	-2.7192	2.5494	7.4357	-4.8318	4.3724	-0.1596	-0.4797	-0.3342	0.4689	0.1894	0.0219	-0.1767	-0.2739	-0.0298	0.1506	-0.0226	0.017	0.0705	0.0223	0.0249	-7.501	7.713	-25.481
6	7.1101	-0.2449	1.7016	9.6293	-0.8863	6.6291	0.1324	-0.2384	-0.3143	0.7062	-0.249	-0.8639	-0.2487	-0.0777	0.1166	0.2012	-0.0485	-0.0613	0.1002	0.09	0.1407	-3.002	2.302	-20.236
7	6.9089	0.9715	-2.8538	1.1019	0.0775	3.9844	-0.4254	0.591	-0.3055	-0.1359	0.2082	-0.1017	0.2241	-0.2003	0.2172	0.2203	-0.0636	0.0339	0.1537	-0.0397	0.0229	2.159	22.835	-14.034
8	55.0431	44.529	-3.5024	31.7929	-1.4602	-3.2229	-0.3814	0.1015	-2.5564	-0.6251	0.1382	-1.9791	0.1493	-0.054	0.2432	1.8825	0.6181	-0.226	1.063	-0.2206	0.8121	8.14	10.946	-21.813
9	5.3965	1.8498	-4.8171	7.2779	-2.6501	8.0669	0.045	0.1113	0.1129	0.0446	0.2047	0.8364	0.2513	-0.3822	-0.2497	0.1046	-0.0007	-0.0099	0.1008	0.0201	0.0999	-11.393	19.487	1.374
10	5.1002	1.9818	-2.6786	7.232	-2.6347	8.8901	-0.3426	-0.3078	-0.5934	-0.0495	-0.1036	-0.1323	0.8515	-0.1017	0.4461	0.1943	0.0183	0.0699	0.0618	0.0281	0.0765	-9.283	13.662	5.261
11	7.2853	-2.813	-3.6257	4.7761	5.6245	6.7596	-0.2045	0.4029	-0.6729	-0.2054	0.3285	-0.2456	-0.1398	0.3852	-0.124	0.1866	-0.0579	0.1086	0.1381	-0.0679	0.2532	7.483	16.574	14.656
12	38.6428	-16.8818	-6.2871	9.1783	0.3157	-1.7021	-0.0782	-0.8584	-0.1092	-2.3812	0.8663	1.0668	1.5172	-0.1517	-0.7881	1.6118	-0.4959	-0.278	0.5571	-0.3696	1.3923	0.18	6.403	4.25
13	5.1957	-2.6813	-3.9012	3.2829	1.4663	8.1015	-0.2619	-0.1471	-0.2101	-0.0129	0.0381	0.0905	0.0311	0.031	0.2238	0.1655	0.0019	-0.0134	0.0093	0.0081	0.0135	-1.99	23.13	30.75
14	3.5358	-2.2758	0.7306	6.0234	-3.3012	6.7003	-0.1929	-0.3096	-0.1829	0.2543	0.2266	0.4434	-0.2435	-0.4003	-0.0337	0.1148	0.0296	0.0031	0.0837	-0.0025	0.0438	-7.137	22.235	37.871
15	4.4752	2.3348	1.5722	7.7943	2.7395	3.1832	-0.2179	0.2549	-0.3542	-0.1778	0.0531	-0.2813	0.026	0.3467	0.1648	0.1367	-0.0086	0.0052	0.0554	0.0281	0.0871	7.418	10.562	45.575
16	10.4202	-1.8798	4.7846	6.0915	-3.7496	7.42	0.1567	0.1869	-0.3178	-0.3014	-0.1347	-0.015	0.3078	0.4667	-0.022	0.1417	-0.0056	0.054	0.0447	-0.0318	0.1234	1.98	5.694	39.098
17	1.1315	-0.2555	-1.4669	7.5055	4.4409	4.3574	0.1579	-0.3426	-0.0923	0.5436	-0.143	-0.2829	-0.0033	0.353	-0.0149	0.228	-0.0838	-0.1128	0.214	0.0549	0.0922	11.46	19.843	60.219
18	5.0633	1.3678	-2.144	5.1315	0.237	3.9868	0.2874	-0.3701	0.0043	0.8057	-0.1373	0.4286	-0.4453	-0.0924	-0.1501	0.3903	-0.0175	0.0517	0.13	0.0488	0.0758	3.745	23.566	62.791
19	3.1619	2.2277	1.1966	2.4952	-2.322	15.664	0.2351	0.2592	0.3931	0.0656	0.1968	0.5949	-0.2978	-0.4137	-0.4319	0.2811	0.0048	-0.0481	0.1393	-0.0086	0.2511	-4.765	7.348	69.431
20	6.2615	-0.8306	-1.9562	5.2572	-2.2865	12.4523	0.1756	0.8198	0.6774	-0.2014	0.5995	0.5069	-0.2292	-1.6417	-0.7751	0.2214	0.0202	-0.0467	0.3898	0.1567	0.1825	-10.112	10.261	62.368

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	I	5 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	I	24 - 67
3	X-RAY DIFFRACTION	3	G	3 - 55
4	X-RAY DIFFRACTION	4	G	56 - 67
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	5 - 36
6	X-RAY DIFFRACTION	6	E	37 - 64
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	5 - 60
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	61 - 65
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	4 - 25
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	26 - 65
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	4 - 60
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	61 - 66
13	X-RAY DIFFRACTION	13	H	5 - 41
14	X-RAY DIFFRACTION	14	H	42 - 67
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	4 - 36
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	37 - 67
17	X-RAY DIFFRACTION	17	F	5 - 22
18	X-RAY DIFFRACTION	18	F	23 - 66
19	X-RAY DIFFRACTION	19	J	5 - 42
20	X-RAY DIFFRACTION	20	J	43 - 66

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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