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- PDB-3hp1: Crystal structure of human dCK R104M/D133A in complex with L-dT a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hp1
タイトルCrystal structure of human dCK R104M/D133A in complex with L-dT and ADP
要素Deoxycytidine kinase
キーワードTRANSFERASE / dCK / L-dT / DM-dCK / dCK Structure Function Studies / Nucleoside Kinase / Protein-NA complex / dCK drug designing / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity ...deoxycytidine kinase / 2'-deoxyadenosine kinase / deoxyguanosine kinase / dAMP salvage / deoxycytidine kinase activity / nucleoside phosphate biosynthetic process / deoxyguanosine kinase activity / deoxyadenosine kinase activity / Pyrimidine salvage / cytidine kinase activity / pyrimidine nucleotide metabolic process / Purine salvage / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxynucleoside kinase / : / Deoxynucleoside kinase domain / Deoxynucleoside kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / L-deoxythymidine / Deoxycytidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Hazra, S. / Lavie, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Extending Thymidine Kinase Activity to the Catalytic Repertoire of Human Deoxycytidine Kinase.
著者: Hazra, S. / Sabini, E. / Ort, S. / Konrad, M. / Lavie, A.
履歴
登録2009年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2009年6月16日ID: 3EXK
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,3073
ポリマ－32,6381
非ポリマー6692
水1,63991
1
A: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子

A: Deoxycytidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,6146
ポリマ－65,2762
非ポリマー1,3394
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area2330 Å2
ΔGint-17.9 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.780, 79.780, 93.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Deoxycytidine kinase / dCK


分子量: 32637.775 Da / 分子数: 1 / 変異: R104M, D133A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCK / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27707, deoxycytidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-LLT / L-deoxythymidine / L-thymidine / beta-L-thymidine / L-dT / 2'-deoxy-L-thymidine / 1-(2-deoxy-beta-L-erythro-pentofuranosyl)-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione / テルビブジン


分子量: 242.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N2O5 / コメント: 抗ウイルス剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 microliter of protein-nucleoside-nucleotide mix and 1 microliter reservoir solution containing 0.9-1.5 M Trisodium citrate dihydrate and 100 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 13710 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 14.42
反射 シェル解像度: 2.3→2.45 Å / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 6.93 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1P5Z

1p5z


解像度: 2.31→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 7.55 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26108 1310 10 %RANDOM
Rwork0.2049 ---
obs0.21041 11826 95.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.265 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.31 Å20 Å20 Å2
2--1.31 Å20 Å2
3----2.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1838 0 44 91 1973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221931
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4021.9692630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2615224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.04424.62493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.25615317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.173158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2285
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021459
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2863
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.21316
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2170.2131
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.851.51157
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47521811
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9833920
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0554.5819
LS精密化 シェル解像度: 2.31→2.37 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 109 -
Rwork0.283 848 -
obs--96.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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