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- PDB-3hot: Crystal structure of the Mos1 mariner paired end complex with Mn -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hot
タイトルCrystal structure of the Mos1 mariner paired end complex with Mn
要素
  • Mos1 NTS inverted repeat DNA
  • Mos1 TS inverted repeat DNA
  • Transposable element mariner, complete cds
キーワードTRANSFERASE / DNA BINDING PROTEIN/DNA / protein-DNA complex / synaptic complex / transposase / inverted repeat DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic DNA integrity checkpoint signaling / DNA topoisomerase binding / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / histone H3K36 methyltransferase activity / DNA double-strand break processing / histone H3K4 methyltransferase activity / replication fork processing / condensed chromosome / DNA integration / double-strand break repair via nonhomologous end joining ...mitotic DNA integrity checkpoint signaling / DNA topoisomerase binding / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / histone H3K36 methyltransferase activity / DNA double-strand break processing / histone H3K4 methyltransferase activity / replication fork processing / condensed chromosome / DNA integration / double-strand break repair via nonhomologous end joining / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA recombination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #1450 / Transposase, type 1 / Mos1 transposase, HTH domain / : / Transposase (partial DDE domain) / HTH domain in Mos1 transposase / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #1450 / Transposase, type 1 / Mos1 transposase, HTH domain / : / Transposase (partial DDE domain) / HTH domain in Mos1 transposase / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribonuclease H superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Mariner Mos1 transposase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila mauritiana (ハエ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å
データ登録者Richardson, J.M. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2009
タイトル: Molecular architecture of the Mos1 paired-end complex: the structural basis of DNA transposition in a eukaryote
著者: Richardson, J.M. / Colloms, S.D. / Finnegan, D.J. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2009年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年10月16日Group: Derived calculations
改定 1.32019年12月25日Group: Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair ...ndb_struct_conf_na / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_conn_angle / reflns / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.42021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transposable element mariner, complete cds
B: Transposable element mariner, complete cds
C: Mos1 NTS inverted repeat DNA
D: Mos1 TS inverted repeat DNA
E: Mos1 NTS inverted repeat DNA
F: Mos1 TS inverted repeat DNA
G: Mos1 NTS inverted repeat DNA
H: Mos1 TS inverted repeat DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,21511
ポリマ－130,9688
非ポリマー2473
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28690 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area54560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.294, 84.989, 132.116
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Transposable element mariner, complete cds / Mos1 transposase


分子量: 40865.316 Da / 分子数: 2 / 変異: T216A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Drosophila mauritiana (ハエ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7JQ07, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

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DNA鎖 , 2種, 6分子 CEGDFH

#2: DNA鎖 Mos1 NTS inverted repeat DNA


分子量: 7879.900 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 Mos1 TS inverted repeat DNA


分子量: 8532.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 6分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THESE RESIDUES WERE BASED ON THE NUCLEOTIDE SEQUENCE EMBL:X78906.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.0901 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.8355 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→40 Å / Num. all: 38972 / Num. obs: 38972 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 3.25→3.43 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2F7T

2f7t


解像度: 3.25→38.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.87 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.814 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 66.747 / SU ML: 0.47 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.175 / ESU R Free: 0.506 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30413 1970 5.1 %RANDOM
Rwork0.24781 ---
obs0.25062 36970 93.17 %-
all-38940 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.926 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.14 Å20 Å2-3.87 Å2
2--3.95 Å20 Å2
3----5.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25→38.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5643 3258 11 3 8915
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0219447
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7042.38213455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8075672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.39223.365312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.923151037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.31554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0216158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5221.53384
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.00325457
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.14236063
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9954.57998
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.25→3.334 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 145 -
Rwork0.338 2790 -
obs--97.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.71020.13480.10990.6919-0.07170.74810.14550.0266-0.0283-0.0014-0.0923-0.0284-0.06-0.0282-0.05320.04450.0236-0.00210.0416-0.00450.0129.4765-10.9686-3.0177
20.7752-1.10912.48231.9972-3.90728.81440.22310.5534-0.120.073-0.24490.103-0.20811.88890.02180.90810.0209-0.2951.57260.12450.224942.9149-29.802164.7664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 345
2X-RAY DIFFRACTION1B5 - 345
3X-RAY DIFFRACTION1C4 - 28
4X-RAY DIFFRACTION1D29 - 56
5X-RAY DIFFRACTION1E4 - 28
6X-RAY DIFFRACTION1F29 - 56
7X-RAY DIFFRACTION2G4 - 28
8X-RAY DIFFRACTION2H29 - 56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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