[日本語] English
万見
- PDB-3hol: The Structure of Intact Ap-TbpB (N and C lobes) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hol
タイトルThe Structure of Intact Ap-TbpB (N and C lobes)
要素TbpB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transferrin Receptor / Iron Acquisition / vaccine / Lipoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / cell surface
類似検索 - 分子機能
Lipocalin - #240 / Lipocalin - #250 / N-Lobe handle Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, C-lobe handle domain / TbpB, C-lobe handle domain superfamily / C-lobe handle domain of Tf-binding protein B / TbpB, N-lobe handle domain superfamily / Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B / Porin - #90 ...Lipocalin - #240 / Lipocalin - #250 / N-Lobe handle Tf-binding protein B / Transferrin-binding protein B, C-lobe handle domain / TbpB, C-lobe handle domain superfamily / C-lobe handle domain of Tf-binding protein B / TbpB, N-lobe handle domain superfamily / Transferrin-binding protein B, C-lobe/N-lobe beta barrel domain / C-lobe and N-lobe beta barrels of Tf-binding protein B / Porin - #90 / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Lipocalin / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transferrin binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Actinobacillus pleuropneumoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Moraes, T.F. / Yu, R.H. / Schryvers, A.B. / Strynadka, N.C.J.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Insights into the bacterial transferrin receptor: the structure of transferrin-binding protein B from Actinobacillus pleuropneumoniae.
著者: Moraes, T.F. / Yu, R.H. / Strynadka, N.C. / Schryvers, A.B.
履歴
登録2009年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TbpB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7321
ポリマ－55,7321
非ポリマー00
水7,873437
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.360, 96.807, 143.298
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 TbpB / Transferrin binding protein 2


分子量: 55731.574 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 39-547 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinobacillus pleuropneumoniae (バクテリア)
遺伝子: tbpB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q44124
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG3350, 0.1M Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月13日
詳細: White beam slits, cryo-cooled first and sagittally bent second crystal of doubl e crystal monochromator (DCM), vertically focusing mirror (VFM)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→33.6 Å / Num. all: 35130 / Num. obs: 33311 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique all: 3016 / % possible all: 86.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MacromolecularCrystallography Data Collection (MXDC) GUIデータ収集
MOLREPCCP4位相決定
REFMAC5.5.0044精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HOE

3hoe


解像度: 1.98→33.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 3.542 / SU ML: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.168 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23142 1759 5 %RANDOM
Rwork0.18517 ---
all0.18744 35130 --
obs0.18744 33311 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.054 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3----0.22 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.168 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→33.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3895 0 0 437 4332
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4621.9455354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.585504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.63725.842190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84515684
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.421159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213054
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9561.52486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72323966
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.57231488
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1464.51388
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 109 -
Rwork0.207 2265 -
obs--93.28 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る