[日本語] English
万見
- PDB-3ho8: Crystal Structure of S. aureus Pyruvate Carboxylase in complex wi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ho8
タイトルCrystal Structure of S. aureus Pyruvate Carboxylase in complex with Coenzyme A
要素Pyruvate carboxylase
キーワードLIGASE / TIM barrel / Pyruvate
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / pyruvate metabolic process / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
pyruvate carboxylase f1077a mutant fold / pyruvate carboxylase f1077a mutant domain / Conserved carboxylase domain / : / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. ...pyruvate carboxylase f1077a mutant fold / pyruvate carboxylase f1077a mutant domain / Conserved carboxylase domain / : / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Rossmann fold - #20 / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Cyclin A; domain 1 / Single hybrid motif / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Aldolase class I / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BTI / COENZYME A / : / Pyruvate carboxylase / Pyruvate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tong, L. / Yu, L.P.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: A Symmetrical Tetramer for S. aureus Pyruvate Carboxylase in Complex with Coenzyme A.
著者: Yu, L.P. / Xiang, S. / Lasso, G. / Gil, D. / Valle, M. / Tong, L.
履歴
登録2009年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyruvate carboxylase
D: Pyruvate carboxylase
C: Pyruvate carboxylase
B: Pyruvate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)518,57614
ポリマ－514,8304
非ポリマー3,74710
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23070 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area143840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.586, 164.466, 373.346
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Pyruvate carboxylase


分子量: 128707.414 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: pycA, Pyruvate Carboxylase, SAV1114 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star(DE3) / 参照: UniProt: Q99UY8, UniProt: A0A0H3JRU9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-BTI / 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL


分子量: 228.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O2S

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M ammonium tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 124420 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Χ2: 0.925 / Net I/σ(I): 8.65
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.9-34.70.478128490.97699.9
3-3.124.70.371128730.99199.9
3.12-3.274.60.297128790.99699.9
3.27-3.444.10.287116921.14190.7
3.44-3.6540.244114251.11188
3.65-3.933.70.204100001.07677.2
3.93-4.339.20.157129670.85299.7
4.33-4.95100.134130100.8999.8
4.95-6.2310.80.124131680.88399.9
6.23-3011.50.108135570.85699.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→29.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.876 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.817 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 48.823 / SU ML: 0.445 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.53 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.328 5969 5 %RANDOM
Rwork0.264 ---
obs0.268 118417 89.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 177.34 Å2 / Biso mean: 67.901 Å2 / Biso min: 23.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å20 Å20 Å2
2--0.49 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31007 0 226 0 31233
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02231838
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2781.97243100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0553901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.7124.6981522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.601155601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.70115188
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.24807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02124063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.311.519441
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.578231482
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.806312397
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3614.511618
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 375 -
Rwork0.286 7607 -
all-7982 -
obs--83.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8420.01760.45811.6420.18012.64310.14780.1374-0.1651-0.33520.0216-0.76720.06590.5652-0.16940.12420.06280.12380.3088-0.00030.492423.245-62.154955.3614
20.64720.6619-0.09493.3025-0.54812.66460.08240.0413-0.0554-0.7182-0.0348-0.24540.19450.4069-0.04750.40530.09360.03350.2077-0.00970.22063.244248.891438.0023
30.84430.65780.30953.24221.11751.55930.1059-0.02320.0104-0.5095-0.12950.3395-0.0995-0.24420.02360.35340.0789-0.08150.22620.01060.1752-6.3175-67.97838.4846
41.1178-0.26550.43362.7749-0.91923.07290.1487-0.16580.0095-0.360.16081.0782-0.0469-0.7525-0.30950.08870.0592-0.16810.40630.03480.7096-24.939743.563757.0993
51.1507-0.169-0.70471.8091-0.93123.3082-0.0440.14460.0912-0.49050.028-0.141-0.24440.22150.0160.8596-0.10270.10120.3608-0.04450.227613.5544-20.90495.4885
60.9612-0.07130.40112.3406-0.720.73170.01420.0217-0.0066-0.2694-0.0735-0.3062-0.02410.18440.05920.0657-0.02220.03620.1828-0.05670.091612.89436.5286.8131
70.86950.0368-0.67032.64420.94621.270.0011-0.05360.0622-0.3106-0.07310.5574-0.0503-0.08330.07190.0467-0.0081-0.07940.19770.02330.1429-13.4486-25.609887.2107
81.4418-0.32460.56111.70451.31143.5966-0.07710.1202-0.0919-0.399-0.09020.53380.0256-0.19670.16730.9662-0.0546-0.3520.30340.02080.4387-20.46134.22627.6091
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 167
2X-RAY DIFFRACTION1A239 - 494
3X-RAY DIFFRACTION2B36 - 167
4X-RAY DIFFRACTION2B239 - 494
5X-RAY DIFFRACTION3C36 - 167
6X-RAY DIFFRACTION3C239 - 494
7X-RAY DIFFRACTION4D36 - 167
8X-RAY DIFFRACTION4D239 - 494
9X-RAY DIFFRACTION5A495 - 1093
10X-RAY DIFFRACTION6B495 - 1093
11X-RAY DIFFRACTION7C495 - 1093
12X-RAY DIFFRACTION8D495 - 1093

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る