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万見
- PDB-3hb9: Crystal Structure of S. aureus Pyruvate Carboxylase A610T Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hb9
タイトルCrystal Structure of S. aureus Pyruvate Carboxylase A610T Mutant
要素Pyruvate carboxylase
キーワードLIGASE / TIM barrel / Pyruvate
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate carboxylase / pyruvate carboxylase activity / pyruvate metabolic process / gluconeogenesis / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2790 / pyruvate carboxylase f1077a mutant fold / pyruvate carboxylase f1077a mutant domain / Conserved carboxylase domain / : / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2790 / pyruvate carboxylase f1077a mutant fold / pyruvate carboxylase f1077a mutant domain / Conserved carboxylase domain / : / Pyruvate carboxylase / Carboxylase, conserved domain / Conserved carboxylase domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Rossmann fold - #20 / Biotin carboxylase-like, N-terminal domain / Biotin carboxylase, C-terminal / Biotin carboxylation domain / Biotin carboxylase, N-terminal domain / Biotin carboxylase C-terminal domain / Biotin carboxylation domain profile. / Biotin carboxylase C-terminal domain / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 1. / Carbamoyl-phosphate synthetase large subunit-like, ATP-binding domain / Carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP binding domain / ATP-grasp fold, A domain / Biotin-requiring enzyme / Rudiment single hybrid motif / Biotinyl/lipoyl domain profile. / Biotin/lipoyl attachment / Cyclin A; domain 1 / Single hybrid motif / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Aldolase class I / Carbamoyl-phosphate synthase subdomain signature 2. / Aldolase-type TIM barrel / Arc Repressor Mutant, subunit A / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-BTI / : / Pyruvate carboxylase / Pyruvate carboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Tong, L. / Yu, L.P.C.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: A Symmetrical Tetramer for S. aureus Pyruvate Carboxylase in Complex with Coenzyme A.
著者: Yu, L.P. / Xiang, S. / Lasso, G. / Gil, D. / Valle, M. / Tong, L.
履歴
登録2009年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvate carboxylase
B: Pyruvate carboxylase
C: Pyruvate carboxylase
D: Pyruvate carboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)516,93714
ポリマ－514,9504
非ポリマー1,98710
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24210 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area158620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.566, 256.763, 126.485
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.650, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Pyruvate carboxylase


分子量: 128737.430 Da / 分子数: 4 / 変異: A610T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: pycA, Pyruvate Carboxylase, SAV1114 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star(DE3) / 参照: UniProt: Q99UY8, UniProt: A0A0H3JRU9*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-BTI / 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL


分子量: 228.311 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O2S
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M ammonium tartrate, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月19日 / 詳細: On Huber Eulerian cradle
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 124542 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 0.981 / Net I/σ(I): 12.217
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.9-32.50.422112391.1284
3-3.122.50.318113761.11784.5
3.12-3.272.50.214116221.0886.5
3.27-3.442.50.16119461.07489
3.44-3.652.50.112123631.04391.7
3.65-3.932.50.082127470.99795
3.93-4.332.60.063130870.9597.3
4.33-4.952.70.052132770.91198.6
4.95-6.232.80.053134120.91599.4
6.23-302.90.045134730.75499

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 35.5 / Cor.coef. Fo:Fc: 51.6 /
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å10 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
COMO1.2位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 39.051 / SU ML: 0.344 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.441 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 5983 5 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.222 118525 92.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 211.92 Å2 / Biso mean: 62.163 Å2 / Biso min: 16.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.16 Å20 Å20.96 Å2
2--1.22 Å20 Å2
3---0.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33726 0 118 0 33844
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02234492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9561.96946671
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.53154257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.4624.8231640
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.915156116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.67715196
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.25215
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0226053
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.216294
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.223812
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2911
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1780.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1090.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2061.521771
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.375234348
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.415314177
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.7274.512323
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 402 -
Rwork0.305 7456 -
all-7858 -
obs--83.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0649-0.8812-1.01166.6531-0.37084.81850.0984-0.02920.3318-0.35360.0057-1.4697-0.93470.43-0.1041-0.2049-0.11850.0598-0.38130.0025-0.013775.266451.65030.668
22.61290.80150.36885.386-2.68964.8786-0.2235-0.08380.14980.1553-0.09020.4267-0.6909-0.34240.3138-0.0702-0.0104-0.3151-0.3534-0.0536-0.105148.61164.2735-16.7876
32.3563-0.2555-0.98976.4495-4.18818.90740.0695-0.03080.34840.3379-0.09640.3097-1.0801-0.62580.02690.19990.07250.1693-0.1254-0.1954-0.033562.8075153.618559.9226
43.84260.6971.89812.7045-1.86057.00250.0277-0.66680.0422-0.29190.0932-0.50420.3628-0.0331-0.12080.1855-0.28990.06560.2162-0.23510.155590.7053157.361540.625
51.27990.2271-0.05881.4836-0.12470.8629-0.01580.0866-0.1962-0.06110.0248-0.18630.17140.0967-0.0091-0.5027-0.00260.0561-0.403-0.0798-0.389782.191115.0155-20.2786
60.96020.16610.20781.8692-0.46061.70770.0527-0.1315-0.02490.03810.0784-0.2535-0.03220.3259-0.1311-0.37260.0964-0.0243-0.1309-0.0387-0.408780.950695.276862.5666
72.03690.3727-0.30680.89610.1092.6376-0.0922-0.17160.0751-0.05250.03080.2959-0.0107-0.42620.0614-0.31360.0015-0.049-0.29830.0422-0.296945.899577.341348.0729
81.5578-0.46770.17240.9080.09331.1627-0.0092-0.0052-0.0940.11280.03710.19720.0297-0.0272-0.028-0.5119-0.00950.0383-0.5540.0327-0.361753.0378140.5672-5.2422
95.27440.13670.59355.0422.50536.3682-0.16040.0883-0.0718-0.33170.3232-0.5114-0.10450.6495-0.1627-0.11320.04690.0606-0.0105-0.0209-0.122485.535687.551728.8671
108.0142-0.4377-1.0248.67891.52833.9996-0.1863-0.3957-0.12380.25550.1722-0.12250.17890.34980.0141-0.27630.0146-0.0708-0.14010.0776-0.349689.3993121.068213.2063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 167
2X-RAY DIFFRACTION1A239 - 494
3X-RAY DIFFRACTION2C36 - 167
4X-RAY DIFFRACTION2C239 - 494
5X-RAY DIFFRACTION3D36 - 167
6X-RAY DIFFRACTION3D239 - 494
7X-RAY DIFFRACTION4B36 - 167
8X-RAY DIFFRACTION4B239 - 494
9X-RAY DIFFRACTION5A495 - 1093
10X-RAY DIFFRACTION6B495 - 1093
11X-RAY DIFFRACTION7C495 - 1093
12X-RAY DIFFRACTION8D495 - 1093
13X-RAY DIFFRACTION9A1094 - 1178
14X-RAY DIFFRACTION10B1094 - 1178

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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