PDB-3ho7: Crystal structure of OxyR from Porphyromonas gingivalis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ho7

タイトル

Crystal structure of OxyR from Porphyromonas gingivalis

要素

OxyR

キーワード

TRANSCRIPTION / beta-alpha-barrels / DNA-binding / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Porphyromonas gingivalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

多重同系置換 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Svintradze, D.V. / Wright, H.T. / Lewis, J.P.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Structures of the Porphyromonas gingivalis OxyR regulatory domain explain differences in expression of the OxyR regulon in Escherichia coli and P. gingivalis.
著者: Svintradze, D.V. / Peterson, D.L. / Collazo-Santiago, E.A. / Lewis, J.P. / Wright, H.T.

履歴

登録	2009年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2013年1月16日	Group: Atomic model
改定 1.3	2013年10月2日	Group: Database references
改定 1.4	2014年1月8日	Group: Database references
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ho7.cif.gz	200.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ho7.ent.gz	161.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ho7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/3ho7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ho/3ho7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t22C 3ukiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ydo-1 3qz1-2 2pg6-3 1og5-1 6udm-3 5ydv-1 2pg5-4 6ooa-d 4uvr-d 3h5x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: OxyR

B: OxyR

53.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.819, 55.795, 56.711
Angle α, β, γ (deg.)	110.63, 102.82, 114.63
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

/ NCSドメイン領域: (Refine code: 1 )

#1: タンパク質	OxyR / Redox-sensitive transcriptional activator OxyR 分子量: 26691.725 Da / 分子数: 2 / 断片: REGULATORY DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア) 株: ATCC 33277 / DSM 20709 / JCM 12257 / 遺伝子: oxyR, PG_0270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MXD3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.54	51.51
2

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
291.15	1	蒸気拡散法, ハンギングドロップ法	7.5	12% PEG 8K, 8% EG, 0.1M HEPES BUFFER, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.15K
291.15	2	蒸気拡散法, シッティングドロップ法	7.5	12% PEG 8K, 8% EG, 0.1M HEPES BUFFER, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	93	1
2	93	1
3	93	1
1,2,3		1

放射光源

由来	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極	RIGAKU MICROMAX-007	1	1.5418
回転陽極	RIGAKU MICROMAX-007	2	1.5418
回転陽極	RIGAKU MICROMAX-007	3	1.5418

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
RIGAKU RAXIS IV++	1	IMAGE PLATE	2009年2月4日	MSC Varimax confocal optics
RIGAKU RAXIS IV++	2	IMAGE PLATE	2009年3月19日	MSC Varimax confocal optics
RIGAKU RAXIS IV++	3	IMAGE PLATE	2009年3月27日	MSC Varimax confocal optics

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	copper	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	copper	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
3	copper	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.513
1	1	K, H, -H-K-L	2	0.487

反射

解像度: 1.58→26.94 Å / Num. all: 127008 / Num. obs: 59646 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3.7 / 冗長度: 3.92 % / R_merge(I) obs: 0.032

反射シェル

最高解像度: 1.58 Å / 冗長度: 3.92 % / R_merge(I) obs: 0.032 / % possible all: 86.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHENIX		モデル構築
REFMAC	5.5.0066	精密化
d*TREK		データ削減
CrystalClear		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 1.58→26.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 4.295 / SU ML: 0.06 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24456	2033	3.4 %	RANDOM
R_work	0.2194	-	-	-
obs	0.22028	57380	83.56 %	-
all	-	59646	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.429 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.25 Å²	0.59 Å²	-6.77 Å²
2-	-	1.22 Å²	5.57 Å²
3-	-	-	-2.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→26.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3534	0	0	418	3952

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.022	3608
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.648	1.98	4876
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.283	5	438
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.562	22.824	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.367	15	658
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.566	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.043	0.2	542
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	2714
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.21	1.5	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.385	2	3548
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.538	3	1414
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.856	4.5	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
560	medium positional	0.17	0.5
562	loose positional	0.36	5
560	medium thermal	1.09	2
562	loose thermal	1.14	10

LS精密化シェル

解像度: 1.581→1.622 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.308	37	-
R_work	0.284	1164	-
obs	-	-	22.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.384	0.0208	0.7154	1.7369	0.4891	2.1981	0.0526	0.0074	-0.0457	-0.0748	0.0039	0.0719	0.0369	0.1889	-0.0566	0.0162	-0.0085	-0.0009	0.0526	-0.0076	0.0355	-9.497	21.382	18.314
2	1.543	0.3202	0.0517	0.7765	-0.5703	1.8743	0.0298	-0.0658	-0.1059	0.0078	0.028	0.049	-0.114	-0.12	-0.0578	0.0389	0.0142	0.012	0.015	0.0066	0.0376	-29.952	34.084	25.99

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	90 - 309
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	313 - 519
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	90 - 309
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 78
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	313 - 518

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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