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- PDB-3ho4: Crystal structure of Hedgehog-interacting protein (HHIP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ho4
タイトルCrystal structure of Hedgehog-interacting protein (HHIP)
要素Hedgehog-interacting protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / receptor ectodomain / six-bladed-propeller domain / EGF domain / disulfide bond / Cell membrane / EGF-like domain / Glycoprotein / Membrane / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / hedgehog family protein binding / Ligand-receptor interactions / dorsal/ventral pattern formation / skeletal system morphogenesis / ciliary membrane / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / neuroblast proliferation / negative regulation of signal transduction / negative regulation of smoothened signaling pathway ...regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / hedgehog family protein binding / Ligand-receptor interactions / dorsal/ventral pattern formation / skeletal system morphogenesis / ciliary membrane / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / neuroblast proliferation / negative regulation of signal transduction / negative regulation of smoothened signaling pathway / negative regulation of apoptotic process / cell surface / signal transduction / zinc ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Folate receptor-like / Folate receptor family / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin / Laminin ...Glucose/Sorbosone dehydrogenase / Glucose / Sorbosone dehydrogenase / Folate receptor-like / Folate receptor family / Soluble quinoprotein glucose/sorbosone dehydrogenase / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Laminin / Laminin / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hedgehog-interacting protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hymowitz, S.G. / Bosanac, I.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The structure of SHH in complex with HHIP reveals a recognition role for the Shh pseudo active site in signaling.
著者: Bosanac, I. / Maun, H.R. / Scales, S.J. / Wen, X. / Lingel, A. / Bazan, J.F. / de Sauvage, F.J. / Hymowitz, S.G. / Lazarus, R.A.
履歴
登録2009年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hedgehog-interacting protein
B: Hedgehog-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,8312
ポリマ－108,8312
非ポリマー00
水00
1
A: Hedgehog-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4161
ポリマ－54,4161
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hedgehog-interacting protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4161
ポリマ－54,4161
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.042, 101.042, 304.923
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Hedgehog-interacting protein / HHIP / HIP


分子量: 54415.508 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 193-667 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Expression of selenomethionine labeled Hhip (Se-Met Hhip) was carried out using ESF921 methionine-free medium (Expression Systems). The medium was supplemented with 100 mg/L selenomethionine ...詳細: Expression of selenomethionine labeled Hhip (Se-Met Hhip) was carried out using ESF921 methionine-free medium (Expression Systems). The medium was supplemented with 100 mg/L selenomethionine (Sigma Aldrich) 12 and 36 h after virus infection.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HHIP, HHIP ORFNames: UNQ5825/PRO19644, HIP, UNQ5825/PRO19644
プラスミド: pENTR/D-TOPO with honeybee melittin secretion signal
細胞株 (発現宿主): insect cells / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96QV1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.39 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: Protein samples (0.3-2 ul) were dehydrated over 500 ul of reservoir solution of 20 mM Hepes pH 7.2 and 3 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97940, 0.97955, 0.91176
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月13日
詳細: Flat collimating mirror, double crystal monochromator, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator Si(111). A second set of Si(220) crystals is also available.
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.979551
30.911761
反射解像度: 3.1→30 Å / Num. all: 33725 / Num. obs: 33657 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.568 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.1→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 35.622 / SU ML: 0.29 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.842 / ESU R Free: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25237 1709 5.1 %RANDOM
Rwork0.21748 ---
obs0.21926 31970 99.94 %-
all-31990 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.938 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.03 Å21.01 Å20 Å2
2--2.03 Å20 Å2
3----3.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6868 0 0 0 6868
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0217036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2031.9669511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9065872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.31523.488324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.045151191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5211550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21003
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.025384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.22882
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.24552
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1690.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3312.54441
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.91356989
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1782.52860
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.53152522
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.101→3.164 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 105 -
Rwork0.297 1858 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8249-0.3983-0.37071.83360.01674.16330.00070.87550.1177-0.26250.05620.00340.01160.2507-0.0569-0.3548-0.1444-0.0226-0.0409-0.0466-0.1698-89.207730.764848.6769
218.67263.7166-7.0222.4116-1.25012.6537-0.14870.9052-0.4648-0.4848-0.7128-0.26960.6866-0.0480.8616-0.24910.20070.14520.7166-0.169-0.0718-61.873720.280338.3951
322.4648-2.6355-4.65789.05090.808313.72570.35510.97482.1283-0.3953-0.1893-0.2305-1.3561-0.8369-0.1658-0.27640.03790.1047-0.19820.0823-0.0381-39.212925.904330.3958
43.0675-0.6101-0.51753.29341.69216.9591-0.2244-0.682-0.23140.91870.19420.0581.32680.28020.03020.04560.06660.0588-0.27180.1195-0.2398-93.826825.724898.4159
56.619-6.5176-4.158811.78238.09945.602-0.2671-0.75370.03290.8364-0.73440.69560.5133-1.73161.0016-0.26550.01120.26220.3347-0.2546-0.0139-115.698244.2967110.5126
617.3274-12.4133-3.08317.88945.962814.4959-0.5721-0.66731.4019-0.07510.953-1.5982-0.40951.9245-0.3809-0.2171-0.29630.11240.2653-0.26250.098-121.15963.552125.1252
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A215 - 603
2X-RAY DIFFRACTION2A604 - 637
3X-RAY DIFFRACTION3A638 - 669
4X-RAY DIFFRACTION4B215 - 603
5X-RAY DIFFRACTION5B604 - 637
6X-RAY DIFFRACTION6B638 - 669

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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