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- PDB-3hnm: Crystal Structure of Protein BT_411 (putative chitobiase, fragmen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hnm
タイトルCrystal Structure of Protein BT_411 (putative chitobiase, fragment 298-461) from Bacteroides thetaiotaomicron, Northeast Structural Genomics Consortium Target BtR319D
要素Putative chitobiase
キーワードStructural Genomics / unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / BtR319D.BT_411
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF1735 / BT_3987-like, N-terminal domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. ...Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target BtR319D
著者: Kuzin, A. / Abashidze, M. / Seetharaman, J. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Foote, E.L. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2009年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative chitobiase
B: Putative chitobiase
C: Putative chitobiase
D: Putative chitobiase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9738
ポリマ－79,8764
非ポリマー974
水00
1
A: Putative chitobiase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9932
ポリマ－19,9691
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative chitobiase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9932
ポリマ－19,9691
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Putative chitobiase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9932
ポリマ－19,9691
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Putative chitobiase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9932
ポリマ－19,9691
非ポリマー241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.520, 141.520, 232.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質
Putative chitobiase


分子量: 19968.914 Da / 分子数: 4 / 断片: sequence database residues 298-461 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BT_0441 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q8AAM3
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.22 %
結晶化pH: 7.5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97909, 0.97922, 0.96790
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月16日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979091
20.979221
30.96791
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 90200 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.423 / Net I/σ(I): 15.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
SnB位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→20 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2808 7664 8.5 %
Rwork0.2347 --
obs-45070 86.9 %
溶媒の処理Bsol: 5.72 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 46.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.899 Å20 Å20 Å2
2---11.899 Å20 Å2
3---23.798 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5444 0 4 0 5448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.71
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2951.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.2692
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.6092
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5932.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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