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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hnk | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the dimeric assembly of the cyt cb562 variant RIDC-1 | ||||||
要素 | Soluble cytochrome b562 | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / Electron transport | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Salgado, E.N. / Lewis, R.A. / Brodin, J. / Tezcan, F.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010 タイトル: Metal templated design of protein interfaces. 著者: Salgado, E.N. / Ambroggio, X.I. / Brodin, J.D. / Lewis, R.A. / Kuhlman, B. / Tezcan, F.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3hnk.cif.gz | 59.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3hnk.ent.gz | 42.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3hnk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3hnk_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3hnk_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3hnk_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3hnk_validation.cif.gz | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/3hnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hn/3hnk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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3 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 1 - 106 / Label seq-ID: 1 - 106
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11699.084 Da / 分子数: 2 / 変異: R34A, L38A, Q41W, K42S, D66W, V69I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.87 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 26% PEG 2000, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→36.86 Å / Num. all: 12150 / Num. obs: 12085 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 1558 / Rsym value: 0.249 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→27.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.824 / SU B: 5.404 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 48.74 Å2 / Biso mean: 11.957 Å2 / Biso min: 2.19 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→27.75 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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