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- PDB-3hng: Crystal structure of VEGFR1 in complex with N-(4-Chlorophenyl)-2-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hng
タイトルCrystal structure of VEGFR1 in complex with N-(4-Chlorophenyl)-2-((pyridin-4-ylmethyl)amino)benzamide
要素Vascular endothelial growth factor receptor 1血管内皮細胞増殖因子受容体
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / RECEPTOR TYROSINE KINASE (受容体型チロシンキナーゼ) / VEGFR1 / FLT1 / KINASE DOMAIN (キナーゼ) / INHIBITOR (酵素阻害剤) / ACTIVATION LOOP (天然変性タンパク質) / VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR (血管内皮細胞増殖因子受容体) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / SGC STOCKHOLM / Angiogenesis (血管新生) / ATP-binding / Cell membrane (細胞膜) / Developmental protein (ヒトの発達) / Differentiation / Disulfide bond (ジスルフィド) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Immunoglobulin domain (免疫グロブリンフォールド) / Kinase (キナーゼ) / Membrane (生体膜) / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Receptor / Secreted (分泌) / Transmembrane (膜貫通型タンパク質) / Tyrosine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular endothelial growth factor receptor-1 signaling pathway / placental growth factor receptor activity / hyaloid vascular plexus regression / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / vascular endothelial growth factor receptor activity / embryonic morphogenesis / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / blood vessel morphogenesis / growth factor binding ...vascular endothelial growth factor receptor-1 signaling pathway / placental growth factor receptor activity / hyaloid vascular plexus regression / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / vascular endothelial growth factor receptor activity / embryonic morphogenesis / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / blood vessel morphogenesis / growth factor binding / monocyte chemotaxis / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / : / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of MAP kinase activity / 受容体型チロシンキナーゼ / peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of angiogenesis / 遊走 / マイクロフィラメント / 血管新生 / positive regulation of MAPK cascade / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 細胞分化 / receptor complex / エンドソーム / positive regulation of cell migration / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / ATP binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor receptor 1 (VEGFR1) / VEGFR-2, transmembrane domain / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set ...Vascular endothelial growth factor receptor 1 (VEGFR1) / VEGFR-2, transmembrane domain / VEGFR-2 Transmembrane domain / Vascular endothelial growth factor receptor 1-like, Ig-like domain / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / 免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8ST / Vascular endothelial growth factor receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tresaugues, L. / Roos, A. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. ...Tresaugues, L. / Roos, A. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Moche, M. / Nyman, T. / Persson, C. / Kragh-Nielsen, T. / Kotzch, A. / Sagemark, J. / Schueler, H. / Schutz, P. / Siponen, M.I. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Van der Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Nordlund, P. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of VEGFR1 in complex with N-(4-Chlorophenyl)-2-((pyridin-4-ylmethyl)amino)benzamide
著者: Tresaugues, L. / Roos, A. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, ...著者: Tresaugues, L. / Roos, A. / Arrowsmith, C.H. / Berglund, H. / Bountra, C. / Collins, R. / Edwards, A.M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Johansson, A. / Johansson, I. / Karlberg, T. / Kotenyova, T. / Moche, M. / Nyman, T. / Persson, C. / Kragh-Nielsen, T. / Kotzch, A. / Sagemark, J. / Schueler, H. / Schutz, P. / Siponen, M.I. / Svensson, L. / Thorsell, A.G. / Van der Berg, S. / Weigelt, J. / Welin, M. / Wisniewska, M. / Nordlund, P.
履歴
登録2009年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vascular endothelial growth factor receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4543
ポリマ－41,0811
非ポリマー3732
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.040, 71.150, 196.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Vascular endothelial growth factor receptor 1 / 血管内皮細胞増殖因子受容体 / VEGFR-1 / Vascular permeability factor receptor / Tyrosine-protein kinase receptor FLT / Flt-1 / ...VEGFR-1 / Vascular permeability factor receptor / Tyrosine-protein kinase receptor FLT / Flt-1 / Tyrosine-protein kinase FRT / Fms-like tyrosine kinase 1


分子量: 41081.125 Da / 分子数: 1 / 断片: KINASE DOMAIN, UNP residues 801-1158 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FLT1 / プラスミド: pNIC-BSA4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pRARE
参照: UniProt: P17948, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-8ST / N-(4-chlorophenyl)-2-[(pyridin-4-ylmethyl)amino]benzamide / N-(4-クロロフェニル)-2-(4-ピリジニルメチルアミノ)ベンズアミド


分子量: 337.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16ClN3O
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M potassium formate, 20% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月4日 / 詳細: TOROIDAL ZERODUR MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→44.99 Å / Num. all: 11982 / Num. obs: 11958 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 65.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.67→2.81 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1669 / Rsym value: 0.441 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0066精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QU5

2qu5


解像度: 2.7→44.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 23.981 / SU ML: 0.232 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.654 / ESU R Free: 0.331 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26018 551 4.8 %RANDOM
Rwork0.19431 ---
all0.19739 11021 --
obs0.19739 10998 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.129 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2--1.14 Å20 Å2
3----1.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2290 0 25 33 2348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222374
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022186
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.9883196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6435086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0775286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.97623.168101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.82515433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5081518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021495
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5471.51434
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0941.5584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08622304
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5843940
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7274.5891
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 33 -
Rwork0.335 798 -
obs-798 97.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.84345.1424-6.79945.9662-5.80468.29981.5017-0.13790.64331.5686-0.4986-0.7771-2.08990.6879-1.00310.9245-0.3877-0.08291.00440.19771.360212.25533.56134.956
23.1897-0.42020.70731.35920.27634.94520.1324-0.2282-0.00830.0456-0.10850.04120.2883-0.0291-0.02390.0397-0.00470.01040.0860.02770.05823.70416.48637.955
33.95220.28270.67573.7270.33885.74720.00150.57070.052-0.32070.0732-0.19650.22580.7144-0.07470.13640.0289-0.00570.1750.00010.01675.60217.93515.633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A803 - 818
2X-RAY DIFFRACTION2A819 - 925
3X-RAY DIFFRACTION3A992 - 1158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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