PDB-3hm5: SANT domain of human DNA methyltransferase 1 associated protein 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hm5

タイトル

SANT domain of human DNA methyltransferase 1 associated protein 1

要素

DNA methyltransferase 1-associated protein 1

キーワード

TRANSCRIPTION / DNA methylation / chromatin / Structural Genomics Consortium / SGC / Activator / Chromatin regulator / Coiled coil / Growth regulation / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

Swr1 complex / regulation of double-strand break repair / NuA4 histone acetyltransferase complex / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / replication fork / positive regulation of protein import into nucleus / transcription corepressor activity / nucleosome / HATs acetylate histones / response to ethanol ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Dombrovski, L. / Tempel, W. / Amaya, M.F. / Tong, Y. / Ni, S. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: SANT domain of human DNA methyltransferase 1 associated protein 1
著者: Dombrovski, L. / Tempel, W. / Amaya, M.F. / Tong, Y. / Ni, S. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Park, H. / Wu, H.

履歴

登録	2009年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hm5.cif.gz	31.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hm5.ent.gz	19.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hm5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hm5_validation.pdf.gz	416.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hm5_full_validation.pdf.gz	416.6 KB	表示
XML形式データ	3hm5_validation.xml.gz	5.2 KB	表示
CIF形式データ	3hm5_validation.cif.gz	6.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/3hm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hm/3hm5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1in1-d 6l0v-4 1afh-d 2hgn-d 1fk3-d 3u8v-1 1fov-d 4mdq-d 6l0v-3 3lbl-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA methyltransferase 1-associated protein 1

ヘテロ分子

11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.523, 36.523, 230.506
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-4- UNX

#1: タンパク質	DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DNMT1-associated protein 1 / DNMAP1 分子量: 11216.549 Da / 分子数: 1 / 断片: SANT domain, UNP residues 121-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DMAP1, KIAA1425 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R / 参照: UniProt: Q9NPF5
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG3350, 0.2M calcium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	23-ID-B	1	0.91987
シンクロトロン	CLSI	08ID-1	2	1.07221
シンクロトロン	CLSI	08ID-1	3	1.00645

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MAR scanner 300 mm plate	1	IMAGE PLATE	2009年4月6日
MAR scanner 300 mm plate	2	IMAGE PLATE	2009年5月17日
MAR scanner 300 mm plate	3	IMAGE PLATE	2009年5月16日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
3	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91987	1
2	1.07221	1
3	1.00645	1

Reflection

Av σ(I) over netI: 44.47 / D res high: 2.8 Å / D res low: 30 Å

冗長度 (%)	ID	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
7.6	1	300995	0.058	1.66	39689	100
12.1	2	259196	0.061	1.76	21389	98.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
6.02	30	99.9	1	0.039	2.188	7.8
4.78	6.02	100	1	0.051	2.515	7.7
4.18	4.78	100	1	0.05	2.115	7.8
3.8	4.18	100	1	0.055	1.787	7.8
3.53	3.8	100	1	0.067	1.812	7.8
3.32	3.53	100	1	0.084	1.406	7.8
3.15	3.32	100	1	0.112	1.251	7.8
3.02	3.15	100	1	0.186	1.132	7.7
2.9	3.02	100	1	0.282	1.149	7.3
2.8	2.9	99.6	1	0.365	1.086	6.2
6.02	30	99.9	2	0.035	2.025	13.2
4.78	6.02	100	2	0.046	2.044	13.9
4.18	4.78	100	2	0.052	2.032	14.1
3.8	4.18	100	2	0.071	1.829	14
3.53	3.8	100	2	0.104	2.058	13.7
3.32	3.53	100	2	0.15	1.686	13.5
3.15	3.32	100	2	0.21	1.461	13.3
3.02	3.15	100	2	0.364	1.249	12.4
2.9	3.02	99.5	2	0.499	1.21	8
2.8	2.9	88.3	2	0.516	1.064	3.6

反射

解像度: 1.8→40 Å / Num. obs: 9198 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 17 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 1.434 / Net I/σ(I): 44.467

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.8-1.86	6.2	0.47	693	0.772	75.6
1.86-1.94	10.6	0.364	833	0.795	92.8
1.94-2.03	15.5	0.318	912	0.849	99.2
2.03-2.13	19.2	0.233	897	0.969	99.9
2.13-2.27	20	0.168	933	1.139	100
2.27-2.44	20.1	0.141	930	1.4	100
2.44-2.69	19.9	0.115	932	1.387	100
2.69-3.08	19.6	0.08	960	1.602	100
3.08-3.88	18.7	0.063	980	2.501	99.8
3.88-40	16.7	0.042	1128	1.884	99.3

-
位相決定

位相決定	手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
RESOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→19.905 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / WR_factor R_free: 0.254 / WR_factor R_work: 0.213 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 2.851 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY. Structure was solved in I4122 spacegroup using SIRAS, using a thimerosal-soaked sample as "native" and a ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.275	433	4.769 %	RANDOM
R_work	0.223	-	-	-
obs	0.225	9080	97.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso max: 53.98 Å² / B_iso mean: 17.685 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.121 Å²	0.06 Å²	0 Å²
2-	-	0.121 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.181 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.905 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	644	0	6	37	687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	665
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	441
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.455	1.905	905
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.96	3	1050
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.521	5	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.836	22.195	41
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.336	15	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.197	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	93
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	759
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	167
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.08	1.5	379
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.302	1.5	149
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.927	2	608
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.762	3	286
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.439	4.5	296

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.846	0.466	31	0.344	470	661	75.794
1.846-1.897	0.404	27	0.297	537	636	88.679
1.897-1.951	0.334	29	0.242	551	617	94.003
1.951-2.01	0.316	35	0.244	581	622	99.035
2.01-2.076	0.269	30	0.215	553	584	99.829
2.076-2.148	0.249	24	0.205	573	597	100
2.148-2.228	0.181	23	0.189	506	529	100
2.228-2.317	0.218	26	0.192	527	553	100
2.317-2.419	0.258	19	0.204	512	531	100
2.419-2.535	0.237	27	0.213	463	490	100
2.535-2.67	0.285	20	0.207	459	479	100
2.67-2.829	0.343	20	0.226	438	458	100
2.829-3.02	0.299	30	0.233	416	446	100
3.02-3.255	0.309	25	0.23	372	397	100
3.255-3.557	0.328	14	0.208	378	392	100
3.557-3.961	0.252	14	0.198	341	355	100
3.961-4.543	0.15	11	0.195	317	328	100
4.543-5.494	0.195	13	0.221	256	269	100
5.494-7.489	0.455	8	0.284	232	240	100
7.489-19.905	0.313	7	0.292	165	173	99.422

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関連情報:EMDBヘッダ

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