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万見
- PDB-3hk2: Crystal structure of T. thermophilus Argonaute N478 mutant protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hk2
タイトルCrystal structure of T. thermophilus Argonaute N478 mutant protein complexed with DNA guide strand and 19-nt RNA target strand
要素
  • 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
  • 5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3'
  • Argonaute
キーワードNUCLEIC ACID BINDING PROTEIN/DNA/RNA / argonaute / protein-DNA-RNA complex / NUCLEIC ACID BINDING PROTEIN-DNA-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Hydrolases; Acting on ester bonds; Site specific endodeoxyribonucleases: cleavage is not sequence specific (deleted sub-subclass) / clearance of foreign intracellular DNA / DNA endonuclease activity / manganese ion binding / DNA replication / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
paz domain - #50 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / paz domain ...paz domain - #50 / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 - #60 / Alpha-Beta Plaits - #2620 / Argonaute, PAZ domain / : / : / Argonaute PAZ domain / Argonaute, N-terminal domain / Argonaute, middle domain / paz domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain profile. / PAZ domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / Response regulator / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Beta Complex / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / Protein argonaute
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wang, Y. / Li, H. / Sheng, G. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Nucleation, propagation and cleavage of target RNAs in Ago silencing complexes.
著者: Wang, Y. / Juranek, S. / Li, H. / Sheng, G. / Wardle, G.S. / Tuschl, T. / Patel, D.J.
履歴
登録2009年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Argonaute
B: Argonaute
C: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
E: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
F: 5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3'
D: 5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,61410
ポリマ－178,5176
非ポリマー974
水25214
1
A: Argonaute
C: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
D: 5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3075
ポリマ－89,2593
非ポリマー492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6270 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area31880 Å2
手法PISA
2
B: Argonaute
E: 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'
F: 5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,3075
ポリマ－89,2593
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area31990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.193, 110.884, 174.339
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUGLUGLUchain A and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...AA4 - 404 - 40
12VALVALGLYGLYchain A and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...AA42 - 8342 - 83
13THRTHRLEULEUchain A and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...AA85 - 21585 - 215
14SERSERALAALAchain A and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...AA222 - 242222 - 242
15VALVALGLUGLUchain A and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...AA244 - 268244 - 268
16LEULEULEULEUchain A and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...AA281 - 366281 - 366
17ALAALALEULEUchain A and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...AA368 - 465368 - 465
18GLYGLYTHRTHRchain A and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...AA467 - 605467 - 605
19ARGARGVALVALchain A and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...AA611 - 685611 - 685
21LEULEUGLUGLUchain B and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...BB4 - 404 - 40
22VALVALGLYGLYchain B and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...BB42 - 8342 - 83
23THRTHRLEULEUchain B and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...BB85 - 21585 - 215
24SERSERALAALAchain B and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...BB222 - 242222 - 242
25VALVALGLUGLUchain B and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...BB244 - 268244 - 268
26LEULEULEULEUchain B and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...BB281 - 366281 - 366
27ALAALALEULEUchain B and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...BB368 - 465368 - 465
28GLYGLYTHRTHRchain B and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...BB467 - 605467 - 605
29ARGARGVALVALchain B and (resseq 4:40 or resseq 42:83 or resseq...BB611 - 685611 - 685

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要素

#1: タンパク質 Argonaute


分子量: 76727.750 Da / 分子数: 2 / 変異: D478N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / 遺伝子: TT_P0026 / プラスミド: PET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 (DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q746M7
#2: DNA鎖 5'-D(P*TP*GP*AP*GP*GP*TP*AP*GP*TP*AP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*TP*AP*GP*T)-3'


分子量: 6588.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: RNA鎖 5'-R(*UP*AP*UP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*UP*AP*CP*UP*AP*CP*CP*UP*CP*G)-3'


分子量: 5942.584 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.14 %
結晶化温度: 308 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.0 M succinic acid, 0.1 M Hepes, pH 7.0, 1% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 308 K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 53789 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -1 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 71.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 30.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 5282 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DLH

3dlh


解像度: 2.8→46.781 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.82 / SU ML: 0.36 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 2548 5.08 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.207 50206 93.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.808 Å2 / ksol: 0.305 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 189.5 Å2 / Biso mean: 79.639 Å2 / Biso min: 25.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.788 Å20 Å2-0 Å2
2--6.359 Å20 Å2
3----12.147 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→46.781 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9770 1304 4 14 11092
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00711465
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.24215880
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751817
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061861
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.2854246
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A4818X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
12B4818X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.8520.3291240.2922211233579
2.852-2.9110.3191180.292286240482
2.911-2.9740.2781250.2712354247985
2.974-3.0430.3151060.2892431253786
3.043-3.1190.3051300.2632519264990
3.119-3.2040.3111480.2482537268591
3.204-3.2980.3041540.2352620277493
3.298-3.4040.291510.2352670282195
3.404-3.5260.2511310.2122673280495
3.526-3.6670.2631360.2072730286696
3.667-3.8340.241550.1972720287596
3.834-4.0360.2151450.1772730287597
4.036-4.2880.1881530.1592790294398
4.288-4.6190.1741360.1462828296498
4.619-5.0840.1831500.1572829297999
5.084-5.8180.2291520.1812848300099
5.818-7.3260.2371530.20529003053100
7.326-46.7880.2251810.2072982316399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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