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- PDB-3hjw: Structure of a functional ribonucleoprotein pseudouridine synthas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hjw
タイトルStructure of a functional ribonucleoprotein pseudouridine synthase bound to a substrate RNA
要素
  • 5'-R(*GP*AP*GP*CP*GP*(FHU)P*GP*CP*GP*GP*UP*UP*U)-3'
  • 50S ribosomal protein L7Ae
  • Pseudouridine synthase Cbf5
  • RNA (58-MER)
  • Ribosome biogenesis protein Nop10
キーワードISOMERASE/RNA / protein-RNA complex / Box H/ACA / ribonucleoprotein particles / RNP / pseudouridine synthase / pseudouridylase / pseudouridylation / RNA editing / post-transcriptional modification / Isomerase / tRNA processing / Ribonucleoprotein / Ribosome biogenesis / rRNA processing / Ribosomal protein / RNA-binding / ISOMERASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA pseudouridine55 synthase / tRNA pseudouridine(55) synthase activity / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal ...tRNA pseudouridine55 synthase / tRNA pseudouridine(55) synthase activity / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / snoRNA binding / rRNA processing / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / Probable tRNA pseudouridine synthase B, archaeal / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit Nop10 , archaeal-type / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family ...H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / Probable tRNA pseudouridine synthase B, archaeal / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit Nop10 , archaeal-type / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family / Pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L30/S12 / Rubrerythrin, domain 2 / PUA-like superfamily / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Single Sheet / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / Probable tRNA pseudouridine synthase B / Large ribosomal subunit protein eL8 / Ribosome biogenesis protein Nop10
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Liang, B. / Zhou, J. / Kahen, E. / Terns, R.M. / Terns, M.P. / Li, H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure of a functional ribonucleoprotein pseudouridine synthase bound to a substrate RNA
著者: Liang, B. / Zhou, J. / Kahen, E. / Terns, R.M. / Terns, M.P. / Li, H.
履歴
登録2009年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22015年8月12日Group: Refinement description
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pseudouridine synthase Cbf5
B: Ribosome biogenesis protein Nop10
C: 50S ribosomal protein L7Ae
D: RNA (58-MER)
E: 5'-R(*GP*AP*GP*CP*GP*(FHU)P*GP*CP*GP*GP*UP*UP*U)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,4447
ポリマ－79,3405
非ポリマー1052
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12860 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area29860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.013, 63.026, 85.447
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Pseudouridine synthase Cbf5 / Cbf5 / tRNA pseudouridine 55 synthase / Psi55 synthase / tRNA-uridine isomerase / tRNA ...Cbf5 / tRNA pseudouridine 55 synthase / Psi55 synthase / tRNA-uridine isomerase / tRNA pseudouridylate synthase


分子量: 36990.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / 遺伝子: PF1785 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon plus
参照: UniProt: Q7LWY0, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#2: タンパク質 Ribosome biogenesis protein Nop10


分子量: 6352.509 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / 遺伝子: PF1141 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon plus / 参照: UniProt: Q8U1R4
#3: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae


分子量: 13083.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / 遺伝子: PF1367, rpl7ae / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon plus / 参照: UniProt: Q8U160

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#4: RNA鎖 RNA (58-MER)


分子量: 18687.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: RNA鎖 5'-R(*GP*AP*GP*CP*GP*(FHU)P*GP*CP*GP*GP*UP*UP*U)-3'


分子量: 4226.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 101分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.03 %
結晶化温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.8 M KCl, 0.15 M Mg Acetate, 8% (w/v) PEG 6000, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 303K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID
シンクロトロンAPS 22-ID1
シンクロトロンAPS 22-BM2
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2008年12月12日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2008年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 51141 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.613 / Net I/σ(I): 20.968
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.15-2.231.80.59228061.136151.1
2.23-2.322.30.6541681.128175.3
2.32-2.423.50.64450060.986190.3
2.42-2.555.40.54853320.937197
2.55-2.716.60.38755170.997199.3
2.71-2.9270.22455221.077199.5
2.92-3.217.40.10656051.315199.8
3.21-3.687.70.06456121.71199.9
3.68-4.637.80.05256662.509199.9
4.63-507.50.04159072.576199.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2HVY

2hvy


解像度: 2.35→46.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 16.099 / SU ML: 0.172 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1807 4.3 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.218 42200 98.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.03 Å2 / Biso mean: 37.351 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.18 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å20 Å2
3---1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3964 1515 2 99 5580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0225743
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3972.3168110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6065497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.18423.434166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.36415758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9431531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2965
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023723
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.22359
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.23725
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.2268
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3760.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.110.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0570.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4671.52498
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9424051
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.51633355
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4574.54059
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 50 -
Rwork0.299 2835 -
all-2885 -
obs--92.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6756-0.3122-0.33860.51390.18920.2299-0.0062-0.06580.0397-0.05240.04790.00780.00440.0131-0.04170.01130.02410.022-0.0671-0.0023-0.064431.66514.785212.7156
21.5331-0.6249-1.27361.12121.63755.3779-0.1219-0.3876-0.0847-0.03220.1668-0.23110.01970.272-0.0449-0.05610.0682-0.01970.02560.0069-0.053453.37776.744420.0789
34.5663-0.80410.48933.14170.69122.9337-0.1211-0.273-0.13820.08910.0066-0.3726-0.0140.56120.1145-0.16460.0887-0.0160.2520.1426-0.126168.2123-1.177132.962
40.8938-0.42620.07720.8352-0.19120.04440.0028-0.2397-0.21440.07490.03540.2809-0.06480.0564-0.0382-0.03910.08870.05550.06390.0826-0.014927.40285.752129.5657
59.20470.8398-0.96422.9819-2.65782.37420.1085-0.8499-0.5137-0.1383-0.13550.0782-0.3730.03850.0271-0.0086-0.00240.0479-0.0049-0.0003-0.007119.7789-2.807124.5779
62.80941.5741-0.20332.04921.57542.4596-0.048-0.0575-0.221-0.34430.210.6495-0.92370.0686-0.1620.00020.0009-0.00030.0002-0.0003043.06834.97097.6279
71.3678-0.5513-0.12190.89840.12540.66430.0031-0.16440.0066-0.05570.05660.0467-0.09890.0203-0.05970.07290.01870.0632-0.01740.0291-0.022433.175410.507518.2371
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A11 - 337
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 58
5X-RAY DIFFRACTION5E5 - 17
6X-RAY DIFFRACTION6B1
7X-RAY DIFFRACTION6E2
8X-RAY DIFFRACTION7A1 - 10
9X-RAY DIFFRACTION7A338 - 390
10X-RAY DIFFRACTION7B56 - 91
11X-RAY DIFFRACTION7C124 - 125
12X-RAY DIFFRACTION7D59 - 97
13X-RAY DIFFRACTION7E19 - 80

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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