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Yorodumi- PDB-3hax: Crystal structure of a substrate-bound Gar1-minus H/ACA RNP from ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hax | ||||||
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Title | Crystal structure of a substrate-bound Gar1-minus H/ACA RNP from Pyrococcus furiosus | ||||||
Components |
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Keywords | ISOMERASE/BIOSYNTHETIC PROTEIN/RNA / H/ACA / guide RNA / RNA-protein complex / pseudouridine synthase / Isomerase / tRNA processing / Ribonucleoprotein / Ribosome biogenesis / rRNA processing / Ribosomal protein / RNA-binding / ISOMERASE-BIOSYNTHETIC PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
Function / homology | Function and homology information tRNA pseudouridine(55) synthase activity / tRNA pseudouridine55 synthase / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / snRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal ...tRNA pseudouridine(55) synthase activity / tRNA pseudouridine55 synthase / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / snRNA pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / telomerase RNA binding / snoRNA binding / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / RNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pyrococcus furiosus (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.11 Å | ||||||
Authors | Ye, K. | ||||||
Citation | Journal: Mol.Cell / Year: 2009 Title: Structural mechanism of substrate RNA recruitment in H/ACA RNA-guided pseudouridine synthase. Authors: Duan, J. / Li, L. / Lu, J. / Wang, W. / Ye, K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3hax.cif.gz | 168.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3hax.ent.gz | 125.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3hax.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3hax_validation.pdf.gz | 510.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3hax_full_validation.pdf.gz | 513.9 KB | Display | |
Data in XML | 3hax_validation.xml.gz | 26.5 KB | Display | |
Data in CIF | 3hax_validation.cif.gz | 39.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/3hax ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/3hax | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3hayC 2hvyS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 3 types, 3 molecules ACD
#1: Protein | Mass: 39453.898 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus furiosus (archaea) / Gene: truB, PF1785 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q7LWY0, Isomerases; Intramolecular transferases; Transferring other groups |
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#2: Protein | Mass: 7214.603 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus furiosus (archaea) / Gene: PF1141 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8U1R4 |
#3: Protein | Mass: 14314.623 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pyrococcus furiosus (archaea) / Gene: rpl7ae, PF1367 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q8U160 |
-RNA chain , 2 types, 2 molecules EF
#4: RNA chain | Mass: 20386.141 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: RNA WAS PREPARED BY IN VITRO TRANSCRIPTION |
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#5: RNA chain | Mass: 4452.682 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically |
-Non-polymers , 6 types, 394 molecules
#6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-ZN / | #9: Chemical | ChemComp-PG4 / | #10: Chemical | ChemComp-MG / #11: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.92 Å3/Da / Density % sol: 57.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 0.2M ammonium acetate, 0.15M magnesium acetate, 4% PEG 8000, 50mM cacodylate sodium, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å |
Detector | Date: May 29, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.09→50 Å / Num. obs: 57734 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 13.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.09→2.16 Å / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2HVY Resolution: 2.11→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 7.968 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.157 / Stereochemistry target values: Engh & Huber / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.912 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.11→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.11→2.164 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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