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万見
- PDB-3hjh: A rigid N-terminal clamp restrains the motor domains of the bacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hjh
タイトルA rigid N-terminal clamp restrains the motor domains of the bacterial transcription-repair coupling factor
要素Transcription-repair-coupling factor
キーワードHYDROLASE / MFD / MUTATION FREQUENCY DECLINE / TRANSCRIPTION-COUPLED DNA REPAIR / TRANSCRIPTION-REPAIR COUPLING FACTOR / ATP-binding / DNA damage / DNA repair / DNA-binding / Helicase / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase core enzyme binding / DNA translocase activity / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA repair complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / damaged DNA binding / hydrolase activity / DNA repair ...transcription-coupled nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / RNA polymerase core enzyme binding / DNA translocase activity / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA repair complex / transcription-coupled nucleotide-excision repair / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / damaged DNA binding / hydrolase activity / DNA repair / DNA damage response / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #11140 / Rossmann fold - #11180 / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / : / MFD, D3 domain / Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain ...Rossmann fold - #11140 / Rossmann fold - #11180 / Penicillin-binding protein 1b fold / Penicillin-binding protein 1b domain / : / MFD, D3 domain / Transcription-repair coupling factor / Transcription-repair-coupling factor, C-terminal domain / TRCF-like, C-terminal D7 domain / TRCF domain / TRCF / : / UvrB, interaction domain / UvrB interaction domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain / CarD-like/TRCF, RNAP-interacting domain superfamily / CarD-like/TRCF RID domain / CarD-like/TRCF domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Transcription-repair-coupling factor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Murphy, M. / Gong, P. / Ralto, K. / Manelyte, L. / Savery, N. / Theis, K.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: An N-terminal clamp restrains the motor domains of the bacterial transcription-repair coupling factor Mfd.
著者: Murphy, M.N. / Gong, P. / Ralto, K. / Manelyte, L. / Savery, N.J. / Theis, K.
履歴
登録2009年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription-repair-coupling factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1472
ポリマ－55,0891
非ポリマー591
水5,729318
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.062, 157.650, 35.964
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Transcription-repair-coupling factor / TRCF / ATP-dependent helicase mfd


分子量: 55088.551 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-470 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b1114, JW1100, mfd / プラスミド: pET23d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P30958, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.13 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 8% PEG 4000, 0.01 M CO(II)CL2, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.072 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月14日 / 詳細: doubly focusing toroidal mirror
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→79.06 Å / Num. obs: 36838 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 27.9
反射 シェル解像度: 1.93→1.99 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2EYQ

2eyq


解像度: 1.95→42.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 4.7 / SU ML: 0.134 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25731 1788 5 %RANDOM
Rwork0.21047 ---
obs0.21282 34090 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.156 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.71 Å20 Å20 Å2
2---2.07 Å20 Å2
3---3.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3569 0 1 318 3888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0213652
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.211.9654961
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.79437786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4185445
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024065
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02751
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.2819
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2260.23984
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.22221
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2630.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1860.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.14422236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.84933613
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.37821416
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.45731348
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.332 128
Rwork0.28 2503
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22370.65660.15052.03050.33990.512-0.04490.00360.03640.03730.02730.10580.01850.02070.01750.26750.0010.01990.2928-0.00260.001568.25649.49815.534
22.2034-0.36020.97021.7782-0.06442.70930.09990.0726-0.052-0.21210.04980.0689-0.0431-0.2195-0.14970.3574-0.02790.02080.36380.00650.213345.10743.728-3.197
32.6793-0.1128-0.02361.4120.38221.1275-0.0559-0.01110.01470.0589-0.03580.5735-0.1403-0.25920.09170.41830.03010.04450.36740.01860.44757.0283.91324.066
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 126
2X-RAY DIFFRACTION1A216 - 353
3X-RAY DIFFRACTION2A127 - 215
4X-RAY DIFFRACTION3A354 - 450

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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