[日本語] English
万見
- PDB-3hje: Crystal structure of sulfolobus tokodaii hypothetical maltooligos... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hje
タイトルCrystal structure of sulfolobus tokodaii hypothetical maltooligosyl trehalose synthase
要素704aa long hypothetical glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / trehalose biosynthesis / maltooligoside trehalose synthase (MTSase) / family 13 glycoside hydrolases / Sulfolobus tokodaii / tyrosine cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


(1->4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase / (1,4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase activity / alpha-glucan catabolic process / trehalose biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Malto-oligosyltrehalose synthase, C-terminal / Domain of unknown function (DUF1953) / Maltooligosyl trehalose synthase; domain 3 / Maltooligosyl trehalose synthase; domain 4 / Maltooligosyl trehalose synthase, domain 2 / Maltooligosyl trehalose synthase, domain 2 / Maltooligosyl trehalose synthase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain ...Malto-oligosyltrehalose synthase, C-terminal / Domain of unknown function (DUF1953) / Maltooligosyl trehalose synthase; domain 3 / Maltooligosyl trehalose synthase; domain 4 / Maltooligosyl trehalose synthase, domain 2 / Maltooligosyl trehalose synthase, domain 2 / Maltooligosyl trehalose synthase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / DNA polymerase; domain 1 / Glycosidases / Arc Repressor Mutant, subunit A / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltooligosyltrehalose synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii str. 7 (古細菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cielo, C.B.C. / Okazaki, S. / Suzuki, A. / Mizushima, T. / Masui, R. / Kuramitsu, S. / Yamane, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of ST0929, a putative glycosyl transferase from Sulfolobus tokodaii
著者: Cielo, C.B.C. / Okazaki, S. / Suzuki, A. / Mizushima, T. / Masui, R. / Kuramitsu, S. / Yamane, T.
履歴
登録2009年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年5月2日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 704aa long hypothetical glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,0985
ポリマ－83,7301
非ポリマー3684
水15,457858
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.992, 86.100, 70.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 704aa long hypothetical glycosyltransferase / Hypothetical maltooligosyl trehalose synthase


分子量: 83729.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii str. 7 (古細菌)
株: strain 7 / 遺伝子: ST0929 / プラスミド: PET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-gami(DE3) / 参照: UniProt: Q973H2
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 858 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.89
詳細: 0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20%(w/v) PEG3350, pH 5.89, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年5月11日
放射モノクロメーター: CONFOCAL MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→69.843 Å / Num. obs: 59664 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IV8

1iv8


解像度: 1.9→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.08 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The flagged residues in REMARK 500 all fit very well within the observed electron densities. ASP 49, PHE 188, THR 393 are found in ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. The flagged residues in REMARK 500 all fit very well within the observed electron densities. ASP 49, PHE 188, THR 393 are found in approximately the same position as in corresponding residues observed in the molecular replacement search model, 1IV8 (Sulfolobus acidocaldarius Maltooligosyl trehalose synthase). On the other hand, the remaining residues do not match residues in the molecular replacement search model although, except for LYS 635, the corresponding residues in the molecular replacement search model are located in the proximity of these residues albeit in a different conformation.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20606 3014 5.1 %RANDOM
Rwork0.17065 ---
obs0.17245 56580 --
all-59664 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.399 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5902 0 24 858 6784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226213
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0791.9638394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5965741
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.61324.316329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.702151179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5281540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2892
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1820.23110
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.24294
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1120.2774
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1650.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0990.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5421.53719
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.925860
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.41332856
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1574.52523
LS精密化 シェル解像度: 1.897→1.945 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 228 -
Rwork0.252 4056 -
obs--96.81 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る