PDB-3hjb: 1.5 Angstrom Crystal Structure of Glucose-6-phosphate Isomerase f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hjb

タイトル

1.5 Angstrom Crystal Structure of Glucose-6-phosphate Isomerase from Vibrio cholerae.

要素

Glucose-6-phosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / glucose-6-phosphate isomerase / pgi / idp01329 / Gluconeogenesis / Glycolysis / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / monosaccharide binding / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.5 Angstrom Crystal Structure of Glucose-6-phosphate Isomerase from Vibrio cholerae.
著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2009年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software / Item: _software.name
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Advisory / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hjb.cif.gz	563.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hjb.ent.gz	456.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hjb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3hjb_validation.pdf.gz	475.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hjb_full_validation.pdf.gz	484.6 KB	表示
XML形式データ	3hjb_validation.xml.gz	118.3 KB	表示
CIF形式データ	3hjb_validation.cif.gz	192.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/3hjb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hj/3hjb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1gzdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gzd-1 1t10-1 6bzb-d 1dqr-d 6bzc-d 1gzv-1 1jlh-2 3nbu-3 3nbu-2 1agx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp01329

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (10) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Glucose-6-phosphate isomerase

B: Glucose-6-phosphate isomerase

C: Glucose-6-phosphate isomerase

D: Glucose-6-phosphate isomerase

ヘテロ分子

256 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glucose-6-phosphate isomerase

B: Glucose-6-phosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glucose-6-phosphate isomerase

D: Glucose-6-phosphate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
128 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.661, 75.094, 127.456
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Glucose-6-phosphate isomerase / GPI / Phosphoglucose isomerase / PGI / Phosphohexose isomerase / PHI 分子量: 63392.148 Da / 分子数: 4 / 変異: M179V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O1 biovar El Tor str. N16961 / 遺伝子: pgi, VC_0374 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9KUY4, glucose-6-phosphate isomerase

#1: タンパク質

Glucose-6-phosphate isomerase / GPI / Phosphoglucose isomerase / PGI / Phosphohexose isomerase / PHI

分子量: 63392.148 Da / 分子数: 4 / 変異: M179V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O1 biovar El Tor str. N16961 / 遺伝子: pgi, VC_0374 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9KUY4, glucose-6-phosphate isomerase

-
非ポリマー , 6種, 4115分子

#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 4071 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Protein solution: 7.7 mg/mL protein, 0.01M Tris-HCl, 0.25M Sodium Cloride, Screen solution (PACT II, drop B11): 0.2M Calcium chloride, 0.1M MES pH 6.0, 25% w/v PEG 6000., VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Protein solution: 7.7 mg/mL protein, 0.01M Tris-HCl, 0.25M Sodium Cloride, Screen solution (PACT II, drop B11): 0.2M Calcium chloride, 0.1M MES pH 6.0, 25% w/v PEG 6000., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.1 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein solution: 7.7 mg/mL protein, 0.01M Tris-HCl, 0.25M Sodium Cloride, Screen solution (PACT II, drop B11): 0.2M Calcium chloride, 0.1M MES pH 6.0, 25% w/v PEG 6000., VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月16日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 370201 / Num. obs: 370201 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 11.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.335 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 16052 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0044	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GZD

1gzd

解像度: 1.5→29.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.967 / SU B: 1.905 / SU ML: 0.033 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1507	18596	5 %	RANDOM
R_work	0.12653	-	-	-
all	0.12774	351339	-	-
obs	0.12774	351339	97.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 6.347 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.13 Å²	-0 Å²	-0.04 Å²
2-	-	0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→29.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17164	0	92	4071	21327

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	18786
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	12238
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.37	1.927	25663
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.909	3	30059
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.761	5	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.605	25.276	906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.827	15	3063
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.701	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	2781
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	21834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3851
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.954	1.5	11654
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.321	1.5	4725
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.62	2	18856
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.623	3	7132
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.277	4.5	6794

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	1306	-
R_work	0.184	23057	-
obs	-	23057	87.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.475	0.248	-0.1822	0.5824	-0.1386	0.7499	-0.0377	0.0298	-0.0629	-0.0516	0.0166	-0.0666	0.096	0.0702	0.0211	0.032	0.0236	0.0021	0.0276	-0.0058	0.0446	51.0965	-32.97	36.03
2	0.3867	-0.0901	-0.0199	0.5766	0.0843	0.5983	0.0094	-0.0525	0.0714	0.0668	0.001	-0.0323	-0.1046	0.0656	-0.0105	0.0472	-0.0185	-0.0042	0.0207	-0.0108	0.0178	49.9832	-4.8202	56.3448
3	1.4958	-0.478	2.2988	0.4413	-1.584	7.4197	0.0359	0.0123	-0.084	0.074	0.0587	0.1025	0.0432	-0.3269	-0.0946	0.1138	-0.0163	0.027	0.0498	-0.0101	0.1029	35.3132	-2.8978	54.7387
4	0.9804	0.1472	0.7045	0.6154	0.1408	1.5445	-0.0242	-0.0041	0.1672	0.0216	-0.0037	0.0361	-0.1597	-0.052	0.0279	0.0785	0.0113	0.0084	0.0067	-0.0063	0.0616	36.3287	7.7687	49.4766
5	1.3357	-0.9978	-0.3754	1.8843	0.3516	0.5528	0.0293	0.0264	0.2581	-0.0383	0.0211	-0.2339	-0.1346	0.0891	-0.0504	0.0966	-0.0291	0.0021	0.0317	-0.0109	0.0928	50.4645	8.4098	50.5372
6	0.325	0.0577	-0.0336	0.2788	-0.005	0.4027	0.0106	-0.0045	-0.0105	0.0112	0.0064	-0.0059	0.0182	0.0071	-0.017	0.0082	0.0038	-0.0023	0.002	-0.0007	0.0014	40.3599	-23.9648	44.285
7	10.4189	0.89	-1.6433	3.3941	0.0402	2.8911	0.2177	-0.3424	-0.6345	0.1603	-0.1644	-0.0822	0.1906	-0.1646	-0.0533	0.1035	-0.0625	-0.038	0.0491	0.031	0.0899	13.816	-49.7705	42.3251
8	0.4833	0.0915	-0.0138	0.2631	-0.0496	0.316	0.0046	0.0079	-0.0287	-0.0024	0.0104	0.0242	0.0459	-0.012	-0.0149	0.0125	0.0007	-0.001	0.0017	0.0012	0.0066	38.1665	-27.9264	40.633
9	3.8177	-4.8345	-0.603	8.2721	1.423	1.9281	0.0155	0.0294	0.4681	-0.0974	0.0827	-0.4853	-0.2289	0.1235	-0.0982	0.0476	-0.0072	0.0207	0.0163	0.0142	0.0791	37.7664	4.9282	25.9851
10	1.6553	0.4644	-0.1444	1.8609	0.0937	2.1675	0.0767	0.0715	0.2405	-0.0221	-0.0074	0.0027	-0.3502	-0.1371	-0.0693	0.0903	0.0429	0.0244	0.0293	0.0285	0.0579	23.6423	7.2467	23.1585
11	0.3522	0.0226	-0.2815	0.4989	0.0147	0.5232	-0.0145	0.0979	-0.0208	-0.0773	0.0173	0.0186	0.0259	-0.1154	-0.0028	0.0287	0.004	-0.016	0.0829	0.0069	0.0232	14.9018	-18.8217	20.103
12	1.3698	0.1904	0.4868	1.2029	0.7529	2.4118	-0.0002	-0.0493	-0.0648	0.0539	-0.0573	0.1431	0.0826	-0.2829	0.0575	0.0153	0.0143	0.0137	0.0819	0.0138	0.0567	-3.4222	-14.1108	47.9464
13	0.5647	-0.0987	-0.1609	0.4643	-0.2084	1.3142	0.0227	-0.057	0.0603	0.081	0.0058	-0.0051	-0.1272	-0.0407	-0.0285	0.0276	0.0118	0.0064	0.0316	-0.0034	0.0149	13.8032	-8.5187	57.514
14	2.8872	-2.9014	-1.4253	5.6903	3.2321	2.2418	0.141	0.056	-0.0115	-0.1205	-0.0138	-0.1793	-0.1617	-0.0134	-0.1272	0.0554	0.0051	0.0082	0.0535	0.0124	0.0522	19.5126	-13.8819	56.2289
15	2.279	-1.5371	-0.364	1.412	-0.0218	0.6424	-0.0005	-0.0879	-0.0745	0.0197	0.046	0.053	0.0157	-0.0169	-0.0454	0.0248	0.0019	-0.0011	0.0299	0.0095	0.0106	17.8799	-20.5923	63.138
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26	2.3161	1.3664	0.0566	2.2383	0.0108	1.2738	0.0106	0.0844	0.1559	-0.0359	0.0321	0.0524	-0.0706	0.0106	-0.0427	0.0174	-0.0044	-0.0011	0.0392	0.0133	0.0168	79.3182	16.5179	0.1528
27	1.1654	0.2609	-1.0128	0.6942	0.1642	4.1649	0.0502	0.1688	0.1687	-0.0676	0.0263	0.0892	-0.2302	-0.284	-0.0765	0.0295	0.0078	-0.0091	0.0761	0.0284	0.0351	69.2424	17.1943	-1.7634
28	0.322	0.0879	0.2115	0.2315	0.1246	0.4229	0.0071	-0.0504	-0.0094	0.0088	0.0075	0.0188	0.0158	-0.0815	-0.0146	0.0037	-0.0072	-0.0005	0.0317	0.0093	0.0046	77.203	10.0402	28.2792
29	0.5148	-0.1247	0.0882	0.2007	-0.0657	0.3457	0.0039	-0.0481	-0.0214	-0.0001	0.0106	-0.0335	0.0316	-0.0145	-0.0145	0.014	-0.0086	-0.0005	0.0129	0.0027	0.012	92.2746	7.2683	34.9904
30	0.9925	0.119	-0.0716	1.119	-0.131	1.5954	-0.0196	0.0962	0.0822	-0.0885	0.0277	0.0353	-0.1554	-0.0973	-0.0081	0.0718	0.0019	-0.0008	0.0154	0.0105	0.0205	95.4375	36.7636	6.9523
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33	0.4745	-0.0667	-0.2107	1.1755	0.0118	0.7632	0.0071	0.0716	-0.0779	-0.1575	-0.0121	0.0468	0.1115	-0.0047	0.005	0.0507	0.0018	-0.0106	0.0165	-0.0157	0.0173	103.9529	-2.3054	3.8542
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35	1.4503	1.0515	0.3991	2.1844	0.6043	1.034	0.0426	-0.0115	-0.2726	0.0364	0.0028	-0.1883	0.216	0.0752	-0.0455	0.0986	0.0249	0.0003	0.0124	-0.0058	0.0778	111.0481	-14.6487	12.2858
36	0.3107	-0.0697	0.0294	0.2489	-0.0051	0.3604	0.0134	0.0094	0.0082	-0.0172	0.0075	-0.0104	-0.015	0.0143	-0.0209	0.0073	-0.0031	0.0033	0.0022	-0.0015	0.0022	103.958	19.1785	19.3628
37	10.0983	-3.1914	0.5246	2.9001	0.0167	2.6166	0.2909	0.4612	0.5182	-0.1999	-0.2129	-0.0853	-0.1761	-0.1328	-0.078	0.0806	0.0481	0.036	0.04	0.0341	0.0712	77.497	44.9152	21.3374
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39	4.5322	6.0432	0.8915	9.9961	1.0031	1.3724	-0.0056	-0.0267	-0.4971	0.0768	0.0922	-0.5959	0.2061	0.114	-0.0866	0.0536	0.0235	-0.0049	0.0268	0.016	0.0698	100.9079	-8.6202	37.3452
40	2.7843	-0.2171	0.6503	2.761	0.4165	2.6763	0.082	-0.0241	-0.3329	0.0211	0.0269	-0.0218	0.36	-0.0714	-0.1089	0.0941	-0.0402	-0.0221	0.033	0.022	0.0591	86.6277	-11.999	40.5582

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 97
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	98 - 177
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	178 - 182
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	183 - 234
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	235 - 266
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	267 - 436
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	437 - 450
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	451 - 511
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	512 - 524
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	525 - 550
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	0 - 103
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	104 - 137
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	138 - 178
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	179 - 183
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	184 - 227
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	228 - 266
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	267 - 354
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	355 - 509
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	510 - 524
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	525 - 550
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	0 - 23
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	24 - 100
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	101 - 137
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	138 - 178
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	179 - 192
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	193 - 226
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	227 - 264
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	265 - 354
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	355 - 511
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	512 - 550
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	0 - 45
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	46 - 132
33	X-RAY DIFFRACTION	33	D	133 - 178
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	179 - 227
35	X-RAY DIFFRACTION	35	D	228 - 266
36	X-RAY DIFFRACTION	36	D	267 - 435
37	X-RAY DIFFRACTION	37	D	436 - 450
38	X-RAY DIFFRACTION	38	D	451 - 509
39	X-RAY DIFFRACTION	39	D	510 - 524
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	525 - 550

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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