PDB-3hiy: Minor Editosome-Associated TUTase 1 with bound UTP and Mg

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hiy

タイトル

Minor Editosome-Associated TUTase 1 with bound UTP and Mg

要素

Minor Editosome-Associated TUTase

キーワード

TRANSFERASE / TUTase / nucleotidyltransferase / trypanosoma / editosome / RNA editing / UTP-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

: / RNA uridylyltransferase / RNA 3'-end processing / RNA uridylyltransferase activity / ciliary plasm / nuclear lumen / nucleotidyltransferase activity / DNA-templated transcription / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Stagno, J. / Luecke, H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the Mitochondrial Editosome-Like Complex Associated TUTase 1 Reveals Divergent Mechanisms of UTP Selection and Domain Organization.
著者: Stagno, J. / Aphasizheva, I. / Bruystens, J. / Luecke, H. / Aphasizhev, R.

履歴

登録	2009年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hiy.cif.gz	171.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hiy.ent.gz	134.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hiy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/3hiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hi/3hiy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hj1C 3hj4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xr2-d 3hj4-2 5zve-1 5er9-3 2i06-d 6jld-1 2b10-2 6p42-1 2b11-1 3b9n-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Minor Editosome-Associated TUTase

B: Minor Editosome-Associated TUTase

ヘテロ分子

90.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Minor Editosome-Associated TUTase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Minor Editosome-Associated TUTase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.093, 103.024, 63.041
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 111.010, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 3 - 384 / Label seq-ID: 2 - 383

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Minor Editosome-Associated TUTase 分子量: 44821.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: Tb927.1.1330 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q4GZ86
#2: 化合物	ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP 分子量: 484.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₂O₁₅P₃ / コメント: UTP*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: 0.2M lithium acetate, 25% PEG 3350, 0.5mM UTP, 10mM MgCl2, pH 8.0, vapor diffusion, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837, 0.97876, 0.97935

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月4日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97876	1
3	0.97935	1

Reflection

冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 21.66 / 数: 251137 / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 2.05 / D res high: 2.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 67371 / % possible obs: 99.1

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.95	50	99.8	1	0.045	2.363	3.9
3.93	4.95	100	1	0.057	2.834	3.9
3.44	3.93	99.9	1	0.081	2.795	3.8
3.12	3.44	100	1	0.111	2.254	3.9
2.9	3.12	100	1	0.153	1.897	3.9
2.73	2.9	100	1	0.212	1.69	3.9
2.59	2.73	99.5	1	0.289	1.763	3.7
2.48	2.59	98.5	1	0.331	1.585	3.6
2.38	2.48	96.4	1	0.376	1.534	3.4
2.3	2.38	97	1	0.479	1.532	3.4

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 67571 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 2.028 / Net I/σ(I): 21.66

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.38	3.5	0.48	6724	1.583	1	98.7
2.38-2.48	3.5	0.38	6625	1.55	1	98.6
2.48-2.59	3.7	0.32	6764	1.581	1	99.7
2.59-2.73	3.8	0.283	6781	1.736	1	99.9
2.73-2.9	3.9	0.207	6811	1.693	1	100
2.9-3.12	3.9	0.149	6741	1.874	1	100
3.12-3.44	3.9	0.107	6777	2.223	1	100
3.44-3.93	3.8	0.079	6793	2.766	1	99.9
3.93-4.95	3.9	0.057	6775	2.801	1	100
4.95-50	3.9	0.045	6780	2.325	1	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
3 wavelength	1	1	0.979	6.2	-6.84
3 wavelength	1	2	0.9184	4.18	-2.72
3 wavelength	1	3	0.9795	3.74	-9.19

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	24.753	0.913	1	0.093	0.752
2	Se	34.812	0.495	0.657	0.484	0.872
3	Se	41.799	0.323	0.956	0.498	0.942
4	Se	45.731	0.665	0.959	0.341	0.803
5	Se	23.664	0.592	0.518	0.414	0.66
6	Se	40.444	0.844	0.56	0.168	0.807
7	Se	36.783	0.017	0.361	0.006	0.875
8	Se	50.577	0.802	0.389	0.289	0.894
9	Se	60	0.796	0.658	0.264	0.718
10	Se	53.985	0.003	0.061	0.178	1.079
11	Se	46.838	0.584	0.753	0.386	0.633
12	Se	40.067	0.725	0.364	0.22	0.741
13	Se	43.857	0.725	0.154	0.231	0.761
14	Se	33.846	0.794	0.128	0.305	0.704
15	Se	60	0.982	0.902	0.1	0.931
16	Se	57.467	0.598	0.614	0.482	0.718
17	Se	60	0.762	0.86	0.296	0.669
18	Se	44.151	0.888	0.765	0.087	0.664
19	Se	60	0.07	0.855	0.237	0.64
20	Se	60	0.965	0.101	0.451	1.057

Phasing dm

FOM : 0.63 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.65 / 反射: 32383 / Reflection acentric: 31424 / Reflection centric: 959

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.6-33.748	0.95	0.95	0.9	1465	1335	130
4.1-6.6	0.93	0.93	0.89	4487	4275	212
3.3-4.1	0.87	0.87	0.79	5577	5392	185
2.9-3.3	0.71	0.71	0.55	5558	5408	150
2.5-2.9	0.47	0.47	0.39	9642	9457	185
2.3-2.5	0.24	0.24	0.17	5654	5557	97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
Blu-Ice	Ice	データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→33.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / WR_factor R_free: 0.238 / WR_factor R_work: 0.193 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.84 / SU B: 17.474 / SU ML: 0.193 / SU R Cruickshank DPI: 0.519 / SU R_free: 0.266 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.519 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	1651	5.1 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
obs	0.2	34964	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 71.03 Å² / B_iso mean: 29.177 Å² / B_iso min: 5.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.27 Å²	0 Å²	2.92 Å²
2-	-	-2.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6182	0	60	170	6412

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6382
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.493	1.958	8630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.636	5	762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.813	23.049	328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.965	15	1104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.105	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4892
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.812	1.5	3806
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.622	2	6158
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.494	3	2576
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.201	4.5	2472

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3091 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
B	TIGHT THERMAL	0.07	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	118	-
R_work	0.3	2111	-
all	-	2229	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2005	0.9764	-0.5156	1.4975	-0.657	0.3245	0.1458	-0.0313	0.0266	0.1979	-0.121	0.0145	-0.0848	0.0237	-0.0249	0.0819	-0.0119	-0.023	0.0654	-0.0064	0.0271	59.8194	14.0187	2.4874
2	0.7882	1.0088	-0.6621	1.5208	-0.681	0.7312	0.0226	-0.051	-0.1315	0.0571	-0.1197	-0.1932	-0.0264	0.0235	0.0971	0.0562	0.008	-0.0376	0.0621	0.0136	0.051	23.7029	39.1934	27.3383

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 384
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 501
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 471
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 384
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	402 - 502
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	386 - 470

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)