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- PDB-3hix: Crystal Structure of the Rhodanese_3 like domain from Anabaena sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hix
タイトルCrystal Structure of the Rhodanese_3 like domain from Anabaena sp Alr3790 protein. Northeast Structural Genomics Consortium Target NsR437i
要素Alr3790 protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Alr3790 / rhodanese / rhodanese_3 / Q8YQN0 / Q8YQN0_ANASP / NSR437I / NESG / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Rhodanese-like domain / Oxidized Rhodanese; domain 1 / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Alr3790 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Anabaena sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Vorobiev, S. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Maglaqui, M. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. ...Vorobiev, S. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Maglaqui, M. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Rhodanese_3 like domain from Anabaena sp Alr3790 protein.
著者: Vorobiev, S. / Chen, Y. / Forouhar, F. / Maglaqui, M. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2009年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alr3790 protein
B: Alr3790 protein
C: Alr3790 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1458
ポリマ－35,8703
非ポリマー2755
水3,711206
1
A: Alr3790 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1224
ポリマ－11,9571
非ポリマー1653
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Alr3790 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0673
ポリマ－11,9571
非ポリマー1102
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Alr3790 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9571
ポリマ－11,9571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: Alr3790 protein
ヘテロ分子

B: Alr3790 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1887
ポリマ－23,9132
非ポリマー2755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area1830 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area10060 Å2
手法PISA
5
C: Alr3790 protein

C: Alr3790 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9132
ポリマ－23,9132
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
Buried area1260 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.306, 105.479, 41.615
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Alr3790 protein


分子量: 11956.730 Da / 分子数: 3 / 断片: sequence database residues 24-120 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. (バクテリア) / 株: PCC 7120 / 遺伝子: alr3790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q8YQN0
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.47 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6
詳細: 20% PEG 4000, 0.1M manganese chloride, 0.1M MES, pH 6.0, Microbatch under paraffin oil, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9786
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→500 Å / Num. obs: 21563 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 37.6
反射 シェル最高解像度: 1.92 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SHELXDE位相決定
RESOLVEモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.92→34.61 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.91 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: TLS DETAILS. NUMBER OF TLS GROUPS: 3 ORIGIN: CENTER OF MASS TLS GROUP : 1 SELECTION: chain A ORIGIN FOR THE GROUP (A): 21.6286 35.3809 -3.2102 T TENSOR T11: 0.0624 T22: 0.1527 T33: 0.1155 T12: ...詳細: TLS DETAILS. NUMBER OF TLS GROUPS: 3 ORIGIN: CENTER OF MASS TLS GROUP : 1 SELECTION: chain A ORIGIN FOR THE GROUP (A): 21.6286 35.3809 -3.2102 T TENSOR T11: 0.0624 T22: 0.1527 T33: 0.1155 T12: 0.0177 T13: 0.0028 T23: 0.0021 L TENSOR L11: 1.3258 L22: 0.9000 L33: 1.2612 L12: -0.1670 L13: 1.0507 L23: -0.3704 S TENSOR S11: -0.1360 S12: 0.0069 S13: 0.0464 S21: 0.0477 S22: 0.0383 S23: 0.0000 S31: -0.2015 S32: -0.0132 S33: -0.2878 TLS GROUP : 2 SELECTION: chain B ORIGIN FOR THE GROUP (A): 42.5423 32.7700 24.7352 T TENSOR T11: 0.3628 T22: 0.1203 T33: 0.1251 T12: -0.0085 T13: -0.0376 T23: 0.0201 L TENSOR L11: 1.4097 L22: 0.3349 L33: 0.8316 L12: 0.6542 L13: -0.3603 L23: -0.3371 S TENSOR S11: 0.1203 S12: 0.0108 S13: 0.0659 S21: 0.3051 S22: -0.1410 S23: 0.0289 S31: -0.5626 S32: -0.0803 S33: -0.1710 TLS GROUP : 3 SELECTION: chain C ORIGIN FOR THE GROUP (A): 50.2033 53.9437 13.5016 T TENSOR T11: 0.1434 T22: 0.1161 T33: 0.1814 T12: 0.0063 T13: -0.0092 T23: -0.0202 L TENSOR L11: 0.6296 L22: 0.8678 L33: 0.3256 L12: -0.1594 L13: 0.2343 L23: -0.2656 S TENSOR S11: -0.0424 S12: 0.1661 S13: -0.0522 S21: -0.2500 S22: 0.0465 S23: -0.0200 S31: 0.1290 S32: 0.0377 S33: -0.0000
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 2045 5.08 %
Rwork0.214 --
obs0.215 21517 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.73 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.1846 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.4771 Å2-0 Å2
3----6.7075 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→34.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2098 0 5 206 2309
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062139
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3322890
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.211758
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006383
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.96410.2531440.24982309X-RAY DIFFRACTION91
1.9641-2.01330.27631810.25992492X-RAY DIFFRACTION99
2.0133-2.06770.28791180.25952599X-RAY DIFFRACTION100
2.0677-2.12850.28941020.24322577X-RAY DIFFRACTION100
2.1285-2.19720.25171450.24382567X-RAY DIFFRACTION100
2.1972-2.27570.27321570.21982536X-RAY DIFFRACTION100
2.2757-2.36680.23611450.23062543X-RAY DIFFRACTION100
2.3668-2.47450.22481610.20542546X-RAY DIFFRACTION100
2.4745-2.60490.25251210.22112591X-RAY DIFFRACTION100
2.6049-2.76810.23651400.222555X-RAY DIFFRACTION100
2.7681-2.98170.2391460.23382578X-RAY DIFFRACTION100
2.9817-3.28150.20021400.21282520X-RAY DIFFRACTION100
3.2815-3.75590.19691080.19052601X-RAY DIFFRACTION100
3.7559-4.73010.17851190.17062582X-RAY DIFFRACTION100
4.7301-34.61150.23041180.20032583X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3258-0.1671.05070.9-0.37041.2612-0.1360.00690.04640.04770.03830-0.2015-0.0132-0.28780.06240.01770.00280.15270.00210.115521.628635.3809-3.2102
21.40970.6542-0.36030.3349-0.33710.83160.12030.01080.06590.3051-0.1410.0289-0.5626-0.0803-0.1710.3628-0.0085-0.03760.12030.02010.125142.542332.7724.7352
30.6296-0.15940.23430.8678-0.26560.3256-0.04240.1661-0.0522-0.250.0465-0.020.1290.0377-00.14340.0063-0.00920.1161-0.02020.181450.203353.943713.5016
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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