PDB-3him: The Crystal Structure of a Bacterial Regulatory Protein in the te...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 3him

タイトル

The Crystal Structure of a Bacterial Regulatory Protein in the tetR Family from Rhodococcus RHA1 to 2.2A

要素

Probable transcriptional regulator

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / TetR / Bacterial / Rhodococcus / RHA1 / PSI-2 / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodococcus jostii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Stein, A.J. / Binkowski, T.A. / Evdokimova, E. / Kagan, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of a Bacterial Regulatory Protein in the tetR Family from Rhodococcus RHA1 to 2.2A
著者: Stein, A.J. / Binkowski, T.A. / Evdokimova, E. / Kagan, O. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	3br0-d 3br3-d 5daj-4 4iu9-1 4iu9-2 4gfl-d 7bvy-d 6azh-d 5mgy-4 5daj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC6038

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リンク

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登録構造単位

A: Probable transcriptional regulator

B: Probable transcriptional regulator

45.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.053, 63.042, 94.766
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Probable transcriptional regulator 分子量: 22678.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (バクテリア) / 株: RHA1 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q0SD48
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG 4000, 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate pH 5.6, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97935 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月26日

放射

モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97935 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 22502 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Χ²: 0.775 / Net I/σ(I): 5.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.18	4.2	0.346	1956	0.6	1	86.7
2.18-2.26	4.7	0.285	2235	0.551	1	100
2.26-2.37	4.7	0.226	2256	0.562	1	100
2.37-2.49	4.7	0.184	2252	0.521	1	99.9
2.49-2.65	4.7	0.153	2266	0.523	1	99.9
2.65-2.85	4.7	0.114	2264	0.555	1	99.8
2.85-3.14	4.7	0.089	2265	0.639	1	99.8
3.14-3.59	4.6	0.07	2307	0.82	1	100
3.59-4.52	4.5	0.057	2318	1.156	1	99.1
4.52-50	4.2	0.06	2383	1.881	1	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.5.0054	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定
SHELX		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
ARP/wARP		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 2.2→28.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / WR_factor R_free: 0.246 / WR_factor R_work: 0.195 / SU B: 12.64 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	998	5.2 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
obs	0.2	19271	99.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.379 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2831	0	0	132	2963

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	2915
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.182	1.938	3994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.727	5	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.197	21.636	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.049	15	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.299	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	475
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.477	1.5	1917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.858	2	3061
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.554	3	998
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.451	4.5	929

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.257	0.306	70	0.233	1319	1391	99.856
2.257-2.318	0.259	71	0.22	1306	1381	99.71
2.318-2.385	0.272	82	0.19	1234	1318	99.848
2.385-2.458	0.217	69	0.19	1244	1318	99.621
2.458-2.538	0.273	69	0.2	1172	1248	99.439
2.538-2.626	0.295	59	0.202	1168	1233	99.513
2.626-2.724	0.28	56	0.188	1110	1176	99.15
2.724-2.834	0.229	54	0.206	1071	1134	99.206
2.834-2.959	0.259	71	0.224	1017	1096	99.27
2.959-3.102	0.247	59	0.237	982	1051	99.049
3.102-3.267	0.25	49	0.219	958	1013	99.408
3.267-3.463	0.307	55	0.218	884	945	99.365
3.463-3.698	0.258	45	0.193	851	903	99.225
3.698-3.988	0.251	45	0.17	779	833	98.92
3.988-4.36	0.146	33	0.16	735	781	98.335
4.36-4.86	0.191	37	0.161	664	717	97.768
4.86-5.584	0.35	27	0.208	579	640	94.688
5.584-6.773	0.343	19	0.232	515	548	97.445
6.773-9.312	0.189	18	0.163	417	443	98.194
9.312-28.105	0.118	10	0.202	268	293	94.881

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.3645	2.0502	0.1176	2.0911	2.1569	7.564	0.1538	0.0185	-0.8044	-0.0814	-0.1767	-0.0825	0.652	0.4546	0.0229	0.2841	0.0562	-0.0522	0.2502	-0.0536	0.195	5.0987	-31.675	-18.3042
2	2.9671	-2.1772	-1.1682	6.3795	4.3721	4.6896	0.0052	0.1925	0.3449	-0.2195	-0.179	0.1246	-0.4238	-0.0463	0.1738	0.1852	-0.0337	0.0058	0.1592	0.0049	0.1721	2.5043	-20.3852	-17.0516
3	1.511	0.9555	-0.1867	3.6014	2.277	1.9769	0.1476	-0.074	0.1929	-0.0066	-0.223	0.1873	-0.1864	-0.1633	0.0754	0.271	0.0163	-0.0054	0.2116	-0.0237	0.2731	-3.0897	-15.8096	-12.1569
4	4.3298	-0.3096	0.0361	1.5148	1.9362	6.8753	0.026	-0.182	0.0932	-0.0405	-0.0206	0.1557	-0.0841	-0.5263	-0.0054	0.1644	0.0016	-0.0097	0.1967	-0.0158	0.1867	-6.5427	-26.9039	-16.7071
5	2.593	0.5432	-0.1552	1.1382	0.5653	2.9002	-0.0383	-0.1524	-0.0902	-0.0822	-0.068	-0.0187	-0.0772	-0.0574	0.1062	0.1704	-0.0107	0.0139	0.163	0.0145	0.1511	0.1194	-27.6764	-7.0662
6	7.4601	2.239	-1.6313	0.8333	-0.5224	0.3661	0.0152	-0.139	-0.1918	0.0248	-0.0625	-0.0954	0.0151	0.0402	0.0473	0.2027	-0.0007	-0.0114	0.1424	0.0004	0.1485	11.2262	-21.5365	-10.4545
7	2.5014	2.0984	-0.537	2.2223	-0.2268	1.7958	-0.0332	-0.1392	-0.1451	-0.0402	0.0448	-0.2853	0.1879	0.3461	-0.0116	0.1754	0.0491	0.012	0.1697	-0.0041	0.1722	32.3764	-16.32	-17.2907
8	5.5885	0.2698	-0.3486	0.9641	0.1791	1.399	0.0152	-0.0439	-0.136	-0.0769	0.0296	-0.0054	0.089	-0.0609	-0.0449	0.1624	0.0057	0.0105	0.0991	0.0067	0.1305	23.679	-11.7609	-19.9503
9	7.2767	0.9818	-3.8861	3.7804	3.4277	11.3953	0.0887	0.2354	0.3323	-0.0409	0.0593	0.1086	-0.5206	-0.2594	-0.148	0.1685	-0.0023	-0.0043	0.1623	-0.0048	0.1896	9.0496	-12.5463	-17.8499
10	0.5293	0.7226	-0.2575	6.6282	-3.4478	3.2695	-0.066	-0.1554	-0.1063	0.1156	-0.0184	-0.068	0.0492	0.0856	0.0844	0.2041	-0.0026	0.0048	0.2082	0.0011	0.1994	9.265	-11.2312	-9.2008
11	3.5079	-0.569	0.3663	0.4199	0.1844	0.672	0.2055	-0.4627	-0.0629	0.1137	-0.122	-0.0382	-0.0247	0.0211	-0.0834	0.3167	-0.1027	-0.002	0.3139	0.0116	0.1941	12.9282	-17.564	-1.8634
12	2.7123	0.3136	-1.3866	0.2359	0.8697	6.0759	0.1657	-0.2783	-0.1344	0.1133	-0.0977	-0.036	0.3898	0.003	-0.0681	0.2375	-0.042	0.0099	0.2155	-0.0006	0.1969	26.8121	-13.4722	-9.5456
13	3.5007	-3.2872	-0.1867	7.5374	2.5798	2.6236	-0.0274	-0.2517	-0.2391	0.2183	0.024	-0.1809	0.1222	0.5075	0.0033	0.2064	0.0112	-0.0156	0.3558	0.0542	0.2261	34.9166	-10.1918	-8.9233
14	2.5897	-3.6454	-2.4637	6.316	2.4626	3.3736	-0.157	-0.3194	0.1631	0.2612	0.1961	-0.585	0.1599	0.6628	-0.0391	0.221	0.0002	-0.0439	0.3881	-0.0746	0.3198	41.2214	-4.5384	-11.1559
15	7.5415	-1.8631	2.1326	0.4876	-0.9485	7.1649	-0.0389	0.2682	0.2936	0.0403	-0.0697	-0.0763	-0.3949	0.2195	0.1086	0.1642	-0.0202	-0.0015	0.1626	0.0032	0.1917	32.0365	-1.2737	-5.0819
16	0.8691	-0.0687	-0.5513	0.0059	0.0448	0.382	0.0308	-0.1397	0.214	0.0011	0.0287	-0.0115	-0.0424	0.0792	-0.0595	0.1676	0.012	-0.0109	0.1278	-0.018	0.2047	22.101	-5.646	-11.424
17	2.2713	-1.5284	0.9529	1.5146	-0.4199	4.8286	0.0511	0.2205	0.2425	-0.102	-0.0435	-0.0206	-0.1638	0.0086	-0.0076	0.142	0.0071	-0.0139	0.1456	0.0094	0.1648	13.518	-2.1073	-22.9617
18	6.957	4.0222	3.3217	3.2088	-0.4829	8.1321	-0.1978	0.347	-0.1771	-0.2134	0.2224	-0.1337	0.1869	0.0818	-0.0246	0.1746	0.0188	-0.001	0.1657	-0.0049	0.162	21.289	-5.4711	-28.0945
19	4.4638	0.7721	-0.1005	0.8795	0.9479	2.1242	-0.0044	-0.0393	0.0262	0.0134	-0.0149	-0.0289	-0.2242	0.229	0.0193	0.1403	-0.0177	0.0102	0.1169	-0.0052	0.1097	27.5035	-0.7615	-21.4179
20	6.6485	2.0685	-1.0055	3.825	-2.0534	6.3461	0.3134	0.2295	0.0361	-0.4976	-0.3036	-0.6009	-0.1134	0.925	-0.0097	0.2679	-0.024	0.0554	0.3018	-0.0105	0.2492	35.0258	1.5401	-16.4345
21	6.6888	-1.35	-0.8486	0.2789	0.3421	5.9704	-0.0023	0.1995	0.5118	-0.0381	-0.0225	-0.1198	-0.7191	0.5864	0.0249	0.3979	-0.0535	0.1205	0.2936	-0.065	0.3773	-8.0208	13.5809	-2.8419
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27	2.5119	-0.1052	-2.4142	3.1014	1.914	4.0635	-0.0542	0.0781	0.2459	0.2938	0.1715	0.3489	0.0065	-0.242	-0.1173	0.1928	0.0302	0.0077	0.2323	0.0152	0.2186	-13.0081	5.0281	-9.3165
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33	3.2358	-0.6766	-0.8314	2.1817	-1.4951	2.2749	-0.1147	-0.1448	-0.1612	-0.0139	0.0993	-0.1063	0.3844	-0.0023	0.0154	0.1957	0.0132	-0.0042	0.2099	-0.0176	0.1571	-2.7895	2.8317	-18.9961
34	6.3455	3.0285	0.0922	1.4685	0.0742	0.3449	-0.0676	0.176	0.122	0.0225	0.0593	0.0586	-0.0308	-0.03	0.0083	0.1849	-0.0001	0.0048	0.1653	-0.0011	0.1602	7.9288	10.8075	-18.4518
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36	2.2816	0.9218	-2.0251	1.8081	-2.069	2.8922	-0.0119	0.1627	0.0223	0.0101	0.012	-0.0394	-0.0263	-0.1064	-0.0002	0.1671	-0.0267	-0.0043	0.1287	-0.0231	0.1683	18.0658	3.6529	-15.4458
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39	1.1598	1.6846	-0.329	7.5639	-2.4338	5.0617	-0.193	0.0762	0.0515	0.0356	0.1094	0.1064	-0.0872	0.1486	0.0836	0.1623	-0.0149	-0.0119	0.1383	-0.0061	0.1518	26.5218	5.8108	-8.2941
40	1.5508	-1.3451	-2.3711	8.5328	-1.425	5.3519	-0.0758	-0.2473	0.2609	0.5605	0.0282	-0.8716	-0.1935	0.4211	0.0476	0.2285	0.0203	-0.127	0.2053	-0.0474	0.4118	32.2581	8.4133	-13.194

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	14 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	30 - 40
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	41 - 53
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	54 - 61
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	62 - 74
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	75 - 91
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	92 - 107
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	108 - 113
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	114 - 118
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	119 - 134
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	135 - 140
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	141 - 146
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	147 - 154
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	155 - 160
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	161 - 170
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	171 - 181
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	182 - 189
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	190 - 196
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	197 - 203
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	12 - 18
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	19 - 27
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	28 - 36
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	37 - 42
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	43 - 48
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	49 - 54
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	55 - 61
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	62 - 71
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	72 - 83
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	84 - 91
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	92 - 110
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	111 - 116
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	117 - 128
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	129 - 138
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36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	158 - 172
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	173 - 184
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	185 - 190
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	191 - 196
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	197 - 203

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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