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- PDB-3hib: Crystal structure of the second Sec63 domain of yeast Brr2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hib
タイトルCrystal structure of the second Sec63 domain of yeast Brr2
要素Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
キーワードHYDROLASE / RNA helicase / ATP-binding / Helicase / mRNA processing / mRNA splicing / Nucleotide-binding / Nucleus / Spliceosome
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U5 snRNP / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / ATP hydrolysis activity / ATP binding ...spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U5 snRNP / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sec63 N-terminal domain-like domain / Sec63 N-terminal domain-like fold / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Sec63 Brl domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / DEAD/DEAH box helicase ...Sec63 N-terminal domain-like domain / Sec63 N-terminal domain-like fold / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Sec63 Brl domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / C2 domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Zhang, L. / Xu, T. / Zhao, R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural evidence for consecutive Hel308-like modules in the spliceosomal ATPase Brr2.
著者: Zhang, L. / Xu, T. / Maeder, C. / Bud, L.O. / Shanks, J. / Nix, J. / Guthrie, C. / Pleiss, J.A. / Zhao, R.
履歴
登録2009年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2791
ポリマ－36,2791
非ポリマー00
水3,459192
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.153, 75.678, 83.955
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Protein Snu246


分子量: 36278.668 Da / 分子数: 1 / 断片: Second Sec63 domain: UNP residues 1851-2163 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BRR2, RSS1, SNU246, SYGP-ORF66, YER172C / プラスミド: pGEX-6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XA90
参照: UniProt: P32639, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.64 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M Sodium citrate, 17% PEG 8000, 0.2M NaCl, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.9790, 0.9789, 0.9640
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月4日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.97891
30.9641
反射解像度: 2→40 Å / Num. all: 45853 / Num. obs: 45853 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 2377 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
CrystalClearデータ収集
SOLVE位相決定
CNS精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The Friedel pairs were used in phasing and refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 4375 -random
Rwork0.246 ---
obs0.246 45120 98.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2482 0 0 192 2674
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.674

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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