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- PDB-3hi9: The x-ray crystal structure of the first RNA recognition motif (R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hi9
タイトルThe x-ray crystal structure of the first RNA recognition motif (RRM1) of the AU-rich element (ARE) binding protein HuR at 2.0 angstrom resolution
要素ELAV-like protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / beta1-alpha1-beta2-beta3-alpha2-beta4 topology / Methylation / Phosphoprotein / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of autophagosome size / lncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / regulation of stem cell population maintenance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA stabilization / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / lncRNA binding ...positive regulation of autophagosome size / lncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / regulation of stem cell population maintenance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA stabilization / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / lncRNA binding / mRNA destabilization / sarcoplasm / response to glucose / positive regulation of autophagy / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / P-body / protein homooligomerization / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / double-stranded RNA binding / cytoplasmic vesicle / cell population proliferation / postsynapse / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HuR, RNA recognition motif 2 / Splicing factor ELAV/Hu / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily ...HuR, RNA recognition motif 2 / Splicing factor ELAV/Hu / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ELAV-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Benoit, R.M. / Kallen, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: The X-ray Crystal Structure of the First RNA Recognition Motif and Site-Directed Mutagenesis Suggest a Possible HuR Redox Sensing Mechanism.
著者: Benoit, R.M. / Meisner, N.C. / Kallen, J. / Graff, P. / Hemmig, R. / Cebe, R. / Ostermeier, C. / Widmer, H. / Auer, M.
履歴
登録2009年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ELAV-like protein 1
B: ELAV-like protein 1
C: ELAV-like protein 1
D: ELAV-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0104
ポリマ－37,0104
非ポリマー00
水3,549197
1
A: ELAV-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2521
ポリマ－9,2521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ELAV-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2521
ポリマ－9,2521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: ELAV-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2521
ポリマ－9,2521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: ELAV-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2521
ポリマ－9,2521
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.804, 74.804, 147.361
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
ELAV-like protein 1 / Hu-antigen R / HuR


分子量: 9252.491 Da / 分子数: 4 / 断片: RRM1 domain: UNP residues 18-99 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELAVL1, HUR / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: Q15717
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 M Di-ammonium citrate, 20% w/v PEG 3350, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00778 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 32767 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 33.895 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2→2.08 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. measured obs: 11167 / Num. unique all: 3709 / Num. unique obs: 3709 / % possible all: 99.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FXL

1fxl


解像度: 2→29.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.237 / WRfactor Rwork: 0.2 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.847 / SU B: 3.764 / SU ML: 0.104 / SU R Cruickshank DPI: 0.147 / SU Rfree: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 1639 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.199 32762 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.53 Å2 / Biso mean: 32.295 Å2 / Biso min: 16.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2504 0 0 197 2701
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.9693430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2765324
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59123.529119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.22515470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7981525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9421.51574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81822536
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7693965
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8154.5887
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 118 -
Rwork0.291 2239 -
all-2357 -
obs--99.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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