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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3hi9 | ||||||
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タイトル | The x-ray crystal structure of the first RNA recognition motif (RRM1) of the AU-rich element (ARE) binding protein HuR at 2.0 angstrom resolution | ||||||
![]() | ELAV-like protein 1 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / beta1-alpha1-beta2-beta3-alpha2-beta4 topology / Methylation / Phosphoprotein / RNA-binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of autophagosome size / lncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / regulation of stem cell population maintenance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA stabilization / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / lncRNA binding ...positive regulation of autophagosome size / lncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / regulation of stem cell population maintenance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA stabilization / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / lncRNA binding / mRNA destabilization / sarcoplasm / response to glucose / positive regulation of autophagy / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of translation / mRNA 3'-UTR binding / P-body / protein homooligomerization / protein import into nucleus / cytoplasmic stress granule / double-stranded RNA binding / cytoplasmic vesicle / cell population proliferation / postsynapse / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Benoit, R.M. / Kallen, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The X-ray Crystal Structure of the First RNA Recognition Motif and Site-Directed Mutagenesis Suggest a Possible HuR Redox Sensing Mechanism. 著者: Benoit, R.M. / Meisner, N.C. / Kallen, J. / Graff, P. / Hemmig, R. / Cebe, R. / Ostermeier, C. / Widmer, H. / Auer, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 76.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 448.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1fxlS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9252.491 Da / 分子数: 4 / 断片: RRM1 domain: UNP residues 18-99 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M Di-ammonium citrate, 20% w/v PEG 3350, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00778 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 32767 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 33.895 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.08 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. measured obs: 11167 / Num. unique all: 3709 / Num. unique obs: 3709 / % possible all: 99.5 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1FXL 解像度: 2→29.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.237 / WRfactor Rwork: 0.2 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.847 / SU B: 3.764 / SU ML: 0.104 / SU R Cruickshank DPI: 0.147 / SU Rfree: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.53 Å2 / Biso mean: 32.295 Å2 / Biso min: 16.13 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→29.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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