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万見
- PDB-3hi2: Structure of the N-terminal domain of the E. coli antitoxin MqsA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hi2
タイトルStructure of the N-terminal domain of the E. coli antitoxin MqsA (YgiT/b3021) in complex with the E. coli toxin MqsR (YgiU/b3022)
要素
  • HTH-type transcriptional regulator mqsA(ygiT)
  • Motility quorum-sensing regulator mqsR
キーワードDNA BINDING PROTEIN/TOXIN / Toxin-Antitoxin system / Zn-binding protein / mqsR / mqsA / ygiU / ygiT / B3022 / B3021 / stress response / quorum sensing / DNA BINDING PROTEIN-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin-antitoxin complex / quorum sensing / single-species biofilm formation / regulation of cell motility / RNA endonuclease activity / regulation of mRNA stability / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / negative regulation of DNA-templated transcription ...toxin-antitoxin complex / quorum sensing / single-species biofilm formation / regulation of cell motility / RNA endonuclease activity / regulation of mRNA stability / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / protein homodimerization activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
YaeB-like fold - #40 / mRNA interferase toxin MqsR / Toxin MqsR superfamily / Motility quorum-sensing regulator, toxin of MqsA / Ubiquitin-like (UB roll) - #860 / Antitoxin MqsA / Zinc finger, MqsA-type / Antitoxin MqsA/HigA-2 / Antitoxin component of bacterial toxin-antitoxin system, MqsA / YaeB-like fold ...YaeB-like fold - #40 / mRNA interferase toxin MqsR / Toxin MqsR superfamily / Motility quorum-sensing regulator, toxin of MqsA / Ubiquitin-like (UB roll) - #860 / Antitoxin MqsA / Zinc finger, MqsA-type / Antitoxin MqsA/HigA-2 / Antitoxin component of bacterial toxin-antitoxin system, MqsA / YaeB-like fold / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antitoxin MqsA / mRNA interferase toxin MqsR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Grigoriu, S. / Brown, B.L. / Arruda, J.M. / Peti, W. / Page, R.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2009
タイトル: Three dimensional structure of the MqsR:MqsA complex: a novel TA pair comprised of a toxin homologous to RelE and an antitoxin with unique properties.
著者: Brown, B.L. / Grigoriu, S. / Kim, Y. / Arruda, J.M. / Davenport, A. / Wood, T.K. / Peti, W. / Page, R.
履歴
登録2009年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED
Remark 700SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator mqsA(ygiT)
B: Motility quorum-sensing regulator mqsR
C: HTH-type transcriptional regulator mqsA(ygiT)
D: Motility quorum-sensing regulator mqsR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4138
ポリマ－40,0984
非ポリマー3154
水3,513195
1
A: HTH-type transcriptional regulator mqsA(ygiT)
B: Motility quorum-sensing regulator mqsR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,2995
ポリマ－20,0492
非ポリマー2503
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area9420 Å2
手法PISA
2
C: HTH-type transcriptional regulator mqsA(ygiT)
D: Motility quorum-sensing regulator mqsR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1153
ポリマ－20,0492
非ポリマー651
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area8360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.234, 63.234, 194.886
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
211METMETTYRTYRCC1 - 201 - 20
121THRTHRASNASNAA27 - 6527 - 65
221THRTHRASNASNCC27 - 6527 - 65
112GLUGLUTHRTHRBB2 - 605 - 63
212GLUGLUTHRTHRDD2 - 605 - 63
122HISHISVALVALBB64 - 8667 - 89
222HISHISVALVALDD64 - 8667 - 89
132LEULEUPHEPHEBB91 - 9594 - 98
232LEULEUPHEPHEDD91 - 9594 - 98

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator mqsA(ygiT)


分子量: 8518.972 Da / 分子数: 2 / 断片: MqsA N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: Escherichia coli str. K12 / 遺伝子: b3021, JW2989, ygiT / プラスミド: pCA21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q46864
#2: タンパク質 Motility quorum-sensing regulator mqsR


分子量: 11530.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: Escherichia coli str. K12 / 遺伝子: b3022, JW2990, mqsR, ygiU / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q46865
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.37 %
結晶化温度: 277 K / pH: 5.6
詳細: 0.1M Bis Tris, 25% PEG 3350, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
1,2,31
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンNSLS X6A11
シンクロトロンNSLS X6A21.2815
シンクロトロンNSLS X6A31.283
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 2701CCD2009年4月10日TOROIDAL FOCUSING MIRROR
ADSC QUANTUM 2702CCD2009年4月10日TOROIDAL FOCUSING MIRROR
ADSC QUANTUM 2703CCD2009年4月10日TOROIDAL FOCUSING MIRROR
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SI (111) CHANNEL CUT MONOCHROMATORMADMx-ray1
2SI (111) CHANNEL CUT MONOCHROMATORMADMx-ray1
3SI (111) CHANNEL CUT MONOCHROMATORMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.28151
31.2831
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 26665 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 27.9 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 35.99
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 11.6 % / Mean I/σ(I) obs: 8.56 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→40.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 8.142 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.167 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1337 5 %RANDOM
Rwork0.205 ---
obs0.207 25311 96 %-
all-25311 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2468 0 14 195 2677
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222551
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021702
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3381.9523447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88434174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7965321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.35523.925107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.17115459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.451514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02499
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.60431583
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6113646
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.64652572
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3888968
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.36611870
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A709MEDIUM POSITIONAL0.330.5
1A709MEDIUM THERMAL1.1932
2B1088MEDIUM POSITIONAL0.5130.5
2B1088MEDIUM THERMAL1.0382
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 99 -
Rwork0.237 1864 -
obs--97.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0925-0.30190.07281.04230.72694.7085-0.0636-0.032-0.1150.14590.0776-0.06450.1830.1365-0.0140.03380.00620.01040.02460.00420.0614-0.1743-21.8311-5.7952
22.0346-1.3532-0.73181.82180.89251.92010.11310.34640.0331-0.0556-0.1434-0.1667-0.2134-0.05170.03030.03460.0017-0.01630.10550.00070.032-4.2087-12.0346-23.0474
30.83562.0166-0.54739.8836-1.51230.50920.4885-0.23580.1830.7175-0.19270.3874-0.383-0.015-0.29580.3772-0.06650.19010.34020.04040.3843-21.3112-43.4456-8.4609
41.71261.4525-0.38086.87861.70144.5686-0.07420.1924-0.2234-0.18230.20540.56330.2501-0.029-0.13120.1799-0.0063-0.02770.14180.00910.2975-16.5164-40.943-26.9381
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 70
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 97
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 65
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 95

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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