PDB-3hhz: Complex of the vesicular stomatitis virus nucleocapsid and the nu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hhz

タイトル

Complex of the vesicular stomatitis virus nucleocapsid and the nucleocapsid-binding domain of the phosphoprotein

要素

Nucleoprotein
Phosphoprotein
RNA (45-MER)

キーワード

VIRAL PROTEIN/RNA / Protein / RNA / template / replication / negative strand RNA virus / Chaperone / Phosphoprotein / RNA replication / Virion / Ribonucleoprotein / RNA-binding / Viral nucleoprotein / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-RNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

helical viral capsid / virion component / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA-directed RNA polymerase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Green, T.J. / Luo, M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure of the vesicular stomatitis virus nucleocapsid in complex with the nucleocapsid-binding domain of the small polymerase cofactor, P.
著者: Green, T.J. / Luo, M.

履歴

登録	2009年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hhz.cif.gz	489.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hhz.ent.gz	404.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hhz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3hhz_validation.pdf.gz	545.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hhz_full_validation.pdf.gz	629.2 KB	表示
XML形式データ	3hhz_validation.xml.gz	87 KB	表示
CIF形式データ	3hhz_validation.cif.gz	120.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoprotein

B: Phosphoprotein

C: Phosphoprotein

D: Phosphoprotein

E: Phosphoprotein

K: Nucleoprotein

L: Nucleoprotein

M: Nucleoprotein

N: Nucleoprotein

O: Nucleoprotein

R: RNA (45-MER)

299 kDa, 11 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoprotein

B: Phosphoprotein

C: Phosphoprotein

D: Phosphoprotein

E: Phosphoprotein

K: Nucleoprotein

L: Nucleoprotein

M: Nucleoprotein

N: Nucleoprotein

O: Nucleoprotein

R: RNA (45-MER)

A: Phosphoprotein

B: Phosphoprotein

C: Phosphoprotein

D: Phosphoprotein

E: Phosphoprotein

K: Nucleoprotein

L: Nucleoprotein

M: Nucleoprotein

N: Nucleoprotein

O: Nucleoprotein

R: RNA (45-MER)

登録者が定義した集合体
599 kDa, 22 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	166.568, 235.248, 96.138
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphoprotein / Protein P / Protein M1 分子量: 9793.250 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 183-265,nucleocapsid-binding domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス) 遺伝子: nucleocapsid protein, P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04880
#2: タンパク質	Nucleoprotein / NP / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 47332.750 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス) 遺伝子: N, phosphoprotein / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q77E03
#3: RNA鎖	RNA (45-MER) 分子量: 13732.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然詳細: RNA is non-specific encapsidated during E. coli expression. 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 7% PEG 4000, 0.25 M NaCl, and 0.1M citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月25日
放射	モノクロメーター: single crystal Si(111) bent monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→30 Å / Num. all: 48185 / Num. obs: 48185 / % possible obs: 98.3 % / R_merge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 21.48
反射シェル	解像度: 3.5→3.63 Å / R_merge(I) obs: 0.434 / Mean I/σ(I) obs: 4.31 / % possible all: 88.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Ice	データ収集
COMO		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GIC

2gic

解像度: 3.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.869 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.82 / SU B: 85.634 / SU ML: 0.642 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.778 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.32333	2443	5.1 %	RANDOM
R_work	0.25425	-	-	-
all	0.25788	45229	-	-
obs	0.25788	45229	98.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.323 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19515	900	0	0	20415

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	20934
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.194	2.023	28501
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.328	5	2460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.325	23.908	870
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.401	15	3515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.227	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	3175
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	15405
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	9975
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	14239
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	613
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.197	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.225	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.183	1.5	12553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.327	2	19800
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.442	3	9646
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.741	4.5	8701
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	143	-
R_work	0.278	2928	-
obs	-	-	88.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6073	-0.8324	-3.1623	1.3	1.2379	2.557	0.2118	-1.145	-1.1997	-0.034	0.5769	0.747	2.0934	-0.735	-0.7888	1.1963	0.1482	-0.1148	0.6767	0.0538	0.4029	-14.5747	38.4988	76.5267
2	5.6903	-0.1027	-2.5077	3.1632	6.7773	15.4408	-0.6228	2.3457	2.3879	3.5492	2.9717	0.765	1.6287	1.2399	-2.3489	1.4153	0.4853	0.0319	1.47	0.4466	1.0356	-1.4864	34.2213	78.6327
3	41.4447	-8.8597	11.1478	79.2898	20.0788	9.5175	0.6622	3.464	-2.2829	-2.435	-0.8455	1.5194	0.4241	2.9714	0.1833	1.1225	0.4674	0.0417	0.7794	-0.3376	0.3459	-7.0886	38.3541	72.5085
4	17.8149	-8.008	-23.894	13.8114	19.9072	47.7312	-2.9993	-0.8596	0.1226	0.2084	2.5424	-0.0663	-1.1229	1.606	0.4569	0.5662	0.3025	-0.0093	0.2605	0.1163	0.1602	-13.0111	43.4307	65.6268
5	1.2382	-1.5927	-2.6769	2.0486	3.4432	5.7871	-1.5604	-0.7954	-1.2795	1.0903	2.127	1.1958	-0.7958	-0.191	-0.5666	1.3931	-0.2831	-0.2353	1.3291	0.4299	1.3524	9.7918	39.4071	76.3869
6	8.8671	20.5441	-6.3031	47.5981	-14.6036	4.4805	-2.3294	-0.8998	0.1555	0.9141	2.8672	0.6015	0.5141	-0.084	-0.5378	1.2996	0.2545	0.1542	1.6545	0.3121	1.0558	18.7365	27.9957	77.7525
7	17.3776	16.4746	-21.1961	49.1848	10.4927	53.7262	-4.5954	3.5571	1.2124	1.4326	5.4853	-0.3571	1.589	-1.1632	-0.8899	1.0969	-0.0512	0.1376	1.1989	0.0057	1.1027	15.8948	34.7671	71.118
8	42.9612	-19.0476	9.6807	31.4239	-1.7231	2.4686	-0.7844	-2.8795	3.2709	-2.7423	0.8598	-3.6412	2.4246	-1.7519	-0.0754	1.1107	-0.2097	0.295	1.3389	-0.1575	0.7429	14.5686	43.5439	65.6696
9	9.9921	3.0609	-4.3226	8.414	-5.9788	9.2473	-0.6633	-0.0364	0.2841	0.6329	0.9659	0.9385	-0.2351	-2.5472	-0.3026	0.5868	-0.2726	0.0363	0.752	-0.1914	0.1561	32.4498	26.3804	77.1643
10	28.9134	-27.0663	27.0579	64.4204	-34.2439	27.3549	-0.1986	-2.387	-0.3207	-1.3977	-1.7299	1.2432	2.5413	-1.4015	1.9285	0.8725	0.0249	0.023	0.8218	-0.074	0.7302	29.5205	12.2275	76.1811
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63	5.6978	-2.3616	-2.3099	8.4132	3.563	7.8154	-0.3461	1.4034	0.5032	-2.0434	-0.2828	0.529	-0.6503	-0.361	0.6289	0.4979	-0.1091	-0.1086	0.4702	0.2216	0.184	-46.7921	29.8113	-1.2791
64	9.7108	-1.693	2.1744	12.1049	-2.4763	5.4417	-0.0927	1.3925	-1.126	-0.6897	0.3997	-1.3646	1.7049	0.3131	-0.307	0.5537	-0.1023	0.1451	0.7521	0.0081	0.13	-39.544	21.915	2.8181
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70	6.0018	-0.7008	-2.5151	3.4359	-0.1023	10.5278	-0.0561	-0.2558	-0.3798	0.2291	0.0594	0.0188	-0.0638	0.4387	-0.0033	-0.4468	-0.0157	-0.0123	-0.6772	0.0619	-0.4377	-27.1235	21.5631	43.8122

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	193 - 225
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	226 - 242
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	243 - 253
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	254 - 265
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	193 - 225
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	226 - 242
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	243 - 254
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	255 - 265
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	193 - 222
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	223 - 237
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	238 - 253
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	254 - 265
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	193 - 217
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	218 - 237
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	238 - 254
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	255 - 265
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	193 - 203
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	204 - 238
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	239 - 253
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	254 - 265
21	X-RAY DIFFRACTION	21	K	2 - 33
22	X-RAY DIFFRACTION	22	K	34 - 65
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26	X-RAY DIFFRACTION	26	K	191 - 268
27	X-RAY DIFFRACTION	27	K	269 - 350
28	X-RAY DIFFRACTION	28	K	351 - 370
29	X-RAY DIFFRACTION	29	K	371 - 408
30	X-RAY DIFFRACTION	30	K	409 - 422
31	X-RAY DIFFRACTION	31	L	2 - 44
32	X-RAY DIFFRACTION	32	L	45 - 84
33	X-RAY DIFFRACTION	33	L	85 - 145
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36	X-RAY DIFFRACTION	36	L	191 - 231
37	X-RAY DIFFRACTION	37	L	232 - 288
38	X-RAY DIFFRACTION	38	L	289 - 348
39	X-RAY DIFFRACTION	39	L	349 - 370
40	X-RAY DIFFRACTION	40	L	371 - 422
41	X-RAY DIFFRACTION	41	M	2 - 40
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70	X-RAY DIFFRACTION	70	O	371 - 422

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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