PDB-3hhw: Complex of a vesicular stomatitis virus empty capsid with the nuc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hhw

タイトル

Complex of a vesicular stomatitis virus empty capsid with the nucleocapsid-binding domain of the phosphoprotein

要素

Nucleoprotein
Phosphoprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN / protein complex / template / replication / negative strand RNA virus / Chaperone / Phosphoprotein / RNA replication / Virion / Ribonucleoprotein / RNA-binding / Viral nucleoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

helical viral capsid / virion component / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA-dependent RNA polymerase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Green, T.J. / Luo, M.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Structure of the vesicular stomatitis virus nucleocapsid in complex with the nucleocapsid-binding domain of the small polymerase cofactor, P.
著者: Green, T.J. / Luo, M.

履歴

登録	2009年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hhw.cif.gz	475.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hhw.ent.gz	396.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hhw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3hhw_validation.pdf.gz	547.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hhw_full_validation.pdf.gz	625.1 KB	表示
XML形式データ	3hhw_validation.xml.gz	83.3 KB	表示
CIF形式データ	3hhw_validation.cif.gz	112.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhw	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3hhzC 2qvjS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hhz-1 5530 2i2x-d 2588 4m9x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphoprotein

B: Phosphoprotein

C: Phosphoprotein

D: Phosphoprotein

E: Phosphoprotein

K: Nucleoprotein

L: Nucleoprotein

M: Nucleoprotein

N: Nucleoprotein

O: Nucleoprotein

ヘテロ分子

287 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphoprotein

B: Phosphoprotein

C: Phosphoprotein

D: Phosphoprotein

E: Phosphoprotein

K: Nucleoprotein

L: Nucleoprotein

M: Nucleoprotein

N: Nucleoprotein

O: Nucleoprotein

ヘテロ分子

A: Phosphoprotein

B: Phosphoprotein

C: Phosphoprotein

D: Phosphoprotein

E: Phosphoprotein

K: Nucleoprotein

L: Nucleoprotein

M: Nucleoprotein

N: Nucleoprotein

O: Nucleoprotein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
575 kDa, 20 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.602, 234.520, 95.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphoprotein / Protein P / Protein M1 分子量: 9887.040 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 183-265 / 変異: S290W / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス) 遺伝子: nucleocapsid protein, P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04880
#2: タンパク質	Nucleoprotein / NP / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 47431.883 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vesicular stomatitis Indiana virus (水疱性口内炎インディアナウイルス) 遺伝子: N, phosphoprotein / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q77E03
#3: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.92 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.8 M K/Na tartrate, 0.2 M NaCl, 0.1 M imidazole, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.94 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月8日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.94 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 77814 / Num. obs: 77814 / % possible obs: 73.1 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 20.79
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / R_merge(I) obs: 0.419 / % possible all: 44.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
COMO		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QVJ

2qvj

解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.897 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.862 / SU B: 32.446 / SU ML: 0.302 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.464 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29573	3840	4.9 %	RANDOM
R_work	0.26286	-	-	-
all	0.26447	73762	-	-
obs	0.26447	73762	73.67 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.58 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.36 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19555	0	60	0	19615

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	20049
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.957	1.969	27122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.387	5	2460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.89	23.886	875
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.028	15	3515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.875	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	2962
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	15098
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	8478
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	13784
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	386
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.121	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.078	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.305	1.5	12592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.554	2	19800
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.409	3	8573
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.696	4.5	7322

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.423	173	-
R_work	0.389	3306	-
obs	-	-	45.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3884	-0.7986	7.638	3.8451	-2.102	24.9603	-0.7217	-0.1358	0.1296	0.3047	0.4377	-1.153	-0.3053	1.2859	0.2839	-0.0341	0.27	0.2284	-0.1221	0.1344	0.031	-12.0825	38.3515	79.4777
2	6.796	-1.4465	-2.491	8.0926	-1.2444	7.1513	-1.2098	-1.0267	-0.5319	0.9759	0.9355	0.0423	0.8847	0.6653	0.2742	0.0333	0.3146	-0.0269	-0.0025	0.0357	0.019	-9.7164	35.8174	74.1791
3	8.0101	-3.0296	1.9512	12.1346	-17.6966	26.647	-0.3155	0.566	-0.6113	0.1729	1.4021	-1.4192	1.2512	0.5411	-1.0867	0.0029	0.2296	0.2609	0.0004	-0.059	-0.0156	-7.0543	38.2334	71.9792
4	27.6388	5.969	-19.8477	1.8238	-8.3303	44.8357	-0.6974	-0.3034	1.0567	0.5617	0.4546	1.7426	0.0003	2.3119	0.2428	-0.0643	0.1874	-0.0484	-0.0271	-0.0109	-0.0537	-13.3055	44.2772	64.8154
5	7.0392	5.5867	-1.3927	22.4538	-14.3814	19.4778	-0.3267	-0.3228	-0.6887	2.1893	-0.0018	-0.3015	-1.33	0.4507	0.3285	0.0011	0.001	-0.0002	0.0006	0.0003	0.0003	11.9402	36.1334	75.7533
6	124.5119	-35.3132	61.6705	58.216	-49.6547	107.4174	0.2472	5.402	-7.4298	-3.153	0.4686	2.6741	-1.3767	2.7894	-0.7158	0.0048	0.0028	0.0006	0.0055	-0.0032	-0.0033	22.7218	33.2417	81.0185
7	33.7808	55.2742	20.2536	91.4088	28.716	32.4074	1.5754	3.0733	-2.455	4.0251	2.3447	-0.9875	2.2807	-0.5171	-3.9201	-0.0023	0.0016	-0.002	0.0002	-0.0005	0.0023	16.9549	34.5928	71.4481
8	43.5038	-78.9615	-37.4199	143.5911	67.116	34.5557	1.1631	-4.3576	3.6554	4.5535	1.2848	1.3572	0.7871	1.3018	-2.4479	0	-0.0011	0.0017	0.0003	-0.002	0.0007	15.162	42.2169	64.7592
9	7.744	0.2285	-4.2013	6.2161	-8.2182	32.4101	1.2803	-1.9674	-1.2731	-0.0543	-1.0005	0.5859	0.349	0.6911	-0.2798	-0.0298	-0.1635	-0.0191	-0.055	0.087	-0.0105	32.6647	22.6768	80.4144
10	5.7654	5.1827	4.4869	5.7577	6.2649	9.5697	1.2364	-0.8891	-0.1334	0.2696	-1.1805	0.0296	1.2958	-0.7806	-0.0559	0.0018	-0.2168	0.0959	-0.0051	0.0412	-0.0137	32.3998	20.722	73.8789
11	10.56	12.5682	-6.1526	15.2284	-5.1666	20.7993	0.542	0.7659	-2.6109	-0.6348	1.1079	-0.594	-0.4702	-0.9924	-1.6499	-0.009	-0.0478	-0.0749	-0.0093	-0.105	-0.0274	35.7278	18.8635	73.3716
12	1.3345	-1.8114	0.4904	35.9155	13.8804	28.6425	-0.3609	-0.1592	-0.4575	1.8265	-0.5347	0.1283	0.0376	0.6917	0.8956	-0.0464	0.0347	0.1819	-0.151	0.0942	-0.1647	37.4058	25.1731	64.6046
13	4.2839	-3.4971	-0.9863	3.0995	2.826	16.9203	0.9121	-1.7104	-0.7074	0.9595	-0.7575	0.6602	-0.0342	-0.0896	-0.1547	0.0008	-0.0014	0.0013	0.0009	0.0017	-0.0003	39.0164	-0.229	75.8116
14	42.8132	69.6938	-37.3535	137.2361	-36.2996	57.8406	1.4119	3.2916	-0.1895	-0.3116	0.2444	0.7454	1.7947	-2.0431	-1.6563	0.0005	0.0024	-0.0016	0.0027	0.0014	0.0001	40.4081	-10.5666	79.9609
15	13.2446	-17.7438	-16.7211	55.1026	8.424	27.3456	3.1001	3.083	-3.5073	0.2047	-1.4698	5.2443	-4.7944	2.537	-1.6304	0.0012	-0.0014	-0.0011	0.0019	-0.0004	-0.0004	38.0936	-5.1235	70.6554
16	1.2076	-5.2443	-1.7632	28.7632	0.2922	11.6341	-1.1929	-0.4187	-0.504	0.2417	-0.1843	-3.109	-0.7013	-0.8808	1.3772	0.0009	-0.004	0.0003	-0.0013	-0.0004	0.0005	46.1789	-1.5242	64.7281
17	10.9319	-11.5793	16.8682	21.412	-10.4489	34.4304	-2.6084	-2.644	1.7228	2.7481	0.8672	-2.9449	-3.2378	-2.4237	1.7412	0.0033	0.0053	0.0005	0.0052	-0.0037	0.0015	-34.1509	23.8546	78.6623
18	29.6811	-10.1827	7.4322	3.5082	-2.972	13.9087	1.1847	-1.1985	-0.1534	0.8971	-0.7923	-0.1492	1.3922	1.1078	-0.3924	0.0021	-0.0008	-0.0007	0.0007	0.0022	0.0015	-28.3538	22.7683	74.4261
19	33.197	-9.2736	-13.473	3.2391	4.6559	38.1075	0.1606	-2.157	0.33	0.0347	1.7306	-2.3692	2.1401	0.3248	-1.8912	0.0002	-0.0011	-0.0014	-0.0005	-0.0018	0.0004	-28.9714	26.8506	72.669
20	2.9589	4.2831	0.64	6.3137	-0.8669	28.4433	-0.3835	-2.3195	-0.2723	-0.0159	-0.316	3.1171	-1.798	3.2942	0.6995	0.0019	0.0005	0.0002	-0.0012	0.0003	-0.0001	-37.6208	27.9552	65.1535
21	1.64	-0.393	0.6375	0.0942	-0.1528	0.2478	0.0006	0.3472	0.3953	-0.102	-0.0496	-0.2003	-0.1028	0.3564	0.0489	0.2927	0.01	0.1617	-0.0602	0.0936	-0.0091	-4.7735	58.6449	15.8893
22	2.9043	-1.5247	0.5388	2.5565	1.2825	5.8484	-0.0409	0.3183	0.3338	-0.206	-0.1887	0.2399	-0.2642	-0.5686	0.2297	0.1444	0.0735	0.0497	-0.1912	0.1088	-0.0786	-28.3742	62.437	8.1157
23	4.7419	-0.7833	-0.9723	7.3678	3.7645	7.6171	0.032	0.6515	0.0895	-0.2602	-0.1044	-0.3025	-0.0132	0.5614	0.0724	0.0494	0.1419	0.0974	-0.1297	0.1681	-0.2984	-21.7132	53.1755	-1.1806
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66	1.4241	-0.1866	1.1213	2.0344	0.4815	6.0384	0.2122	-0.0239	0.1213	-0.1715	-0.082	0.1325	0.0533	-0.2841	-0.1301	-0.0252	0.1309	0.0687	-0.0398	0.0779	-0.0834	-42.9048	29.4446	32.8288
67	2.6539	-1.0844	0.7725	1.2506	-0.8207	1.6934	0.2241	0.2028	0.2453	-0.1655	0.0288	0.0236	-0.0528	-0.059	-0.253	0.034	0.0977	0.0583	-0.0204	0.1222	-0.0437	-43.1409	33.9955	28.1595
68	4.3088	2.6026	-1.3688	2.2385	-0.3317	0.8025	0.115	-0.0945	-0.0699	0.1869	-0.1851	-0.0247	-0.1849	-0.0632	0.0701	-0.0415	0.1066	0.0333	-0.0627	0.031	-0.0667	-35.5627	21.9756	40.0965
69	18.2429	25.0278	2.6304	36.3765	8.6597	12.883	1.4238	-3.6982	0.8853	1.7236	-2.5597	1.7095	0.0261	-0.0798	1.1359	0.1103	0.2301	0.2143	0.0707	0.1245	0.0137	-43.6675	12.3838	60.8284
70	3.2814	0.107	-2.2516	3.2057	-0.04	6.0192	0.003	-0.1763	-0.1833	0.398	0.014	-0.4287	0.1723	0.2178	-0.0169	-0.0532	0	-0.0319	-0.1393	0.0328	-0.0906	-27.1385	21.7018	43.2846

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	193 - 210
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	211 - 240
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	241 - 254
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	255 - 265
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	193 - 234
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	235 - 242
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	243 - 253
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	254 - 265
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	193 - 209
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	210 - 240
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	241 - 252
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	253 - 265
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	193 - 234
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	235 - 243
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	244 - 253
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	254 - 265
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	193 - 211
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	212 - 239
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	240 - 254
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	255 - 265
21	X-RAY DIFFRACTION	21	K	2 - 64
22	X-RAY DIFFRACTION	22	K	65 - 100
23	X-RAY DIFFRACTION	23	K	101 - 147
24	X-RAY DIFFRACTION	24	K	148 - 176
25	X-RAY DIFFRACTION	25	K	177 - 187
26	X-RAY DIFFRACTION	26	K	188 - 206
27	X-RAY DIFFRACTION	27	K	207 - 308
28	X-RAY DIFFRACTION	28	K	309 - 349
29	X-RAY DIFFRACTION	29	K	350 - 370
30	X-RAY DIFFRACTION	30	K	371 - 422
31	X-RAY DIFFRACTION	31	L	2 - 59
32	X-RAY DIFFRACTION	32	L	60 - 112
33	X-RAY DIFFRACTION	33	L	113 - 148
34	X-RAY DIFFRACTION	34	L	149 - 175
35	X-RAY DIFFRACTION	35	L	176 - 190
36	X-RAY DIFFRACTION	36	L	191 - 224
37	X-RAY DIFFRACTION	37	L	225 - 311
38	X-RAY DIFFRACTION	38	L	312 - 350
39	X-RAY DIFFRACTION	39	L	351 - 370
40	X-RAY DIFFRACTION	40	L	371 - 422
41	X-RAY DIFFRACTION	41	M	2 - 61
42	X-RAY DIFFRACTION	42	M	62 - 107
43	X-RAY DIFFRACTION	43	M	108 - 147
44	X-RAY DIFFRACTION	44	M	148 - 176
45	X-RAY DIFFRACTION	45	M	177 - 190
46	X-RAY DIFFRACTION	46	M	191 - 253
47	X-RAY DIFFRACTION	47	M	254 - 291
48	X-RAY DIFFRACTION	48	M	292 - 348
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50	X-RAY DIFFRACTION	50	M	371 - 422
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69	X-RAY DIFFRACTION	69	O	352 - 370
70	X-RAY DIFFRACTION	70	O	371 - 422

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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