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万見
- PDB-3hht: A mutant of the nitrile hydratase from Geobacillus pallidus havin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hht
タイトルA mutant of the nitrile hydratase from Geobacillus pallidus having enhanced thermostability
要素
  • Nitrile hydratase alpha subunit
  • Nitrile hydratase beta subunit
キーワードLYASE / Alpha and beta proteins (a+b)
機能・相同性
機能・相同性情報


indole-3-acetonitrile nitrile hydratase activity / nitrile hydratase / nitrile hydratase activity / transition metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal ...Nitrile Hydratase; Chain A / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase, alpha subunit / Nitrile hydratase, beta subunit / Nitrile hydratase beta subunit domain / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / : / Nitrile hydratase beta subunit, C-terminal / Nitrile hydratase beta subunit, N-terminal / Nitrile hydratase alpha subunit /Thiocyanate hydrolase gamma subunit / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma / Nitrile hydratase, alpha chain / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma superfamily / SH3 type barrels. - #50 / Electron transport accessory-like domain superfamily / Cyclin A; domain 1 / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT (III) ION / nitrile hydratase / Nitrile hydratase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus pallidus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Van Wyk, J.C. / Sewell, B.T. / Cowan, D.A. / Sayed, M.F. / Tsekoa, T.L. / Tastan Bishop, A.O.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: The high-resolution structure of a Cobalt containing nitrile hydratase
著者: Van Wyk, J.C. / Tastan Bishop, A.O. / Cowan, D.A. / Sayed, M.F. / Tsekoa, T.L. / Sewell, B.T.
履歴
登録2009年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrile hydratase alpha subunit
B: Nitrile hydratase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2595
ポリマ－51,1292
非ポリマー1303
水9,350519
1
A: Nitrile hydratase alpha subunit
B: Nitrile hydratase beta subunit
ヘテロ分子

A: Nitrile hydratase alpha subunit
B: Nitrile hydratase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,51810
ポリマ－102,2584
非ポリマー2606
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_777-y+2,-x+2,-z+5/21
Buried area22080 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area33190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.832, 105.832, 83.723
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Nitrile hydratase alpha subunit


分子量: 24674.207 Da / 分子数: 1 / 変異: D4G / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The details of pNH14k are described in Cameron, DA et al (2005) Biochim. Biophys Acta 1725:35-46
由来: (組換発現) Geobacillus pallidus (バクテリア)
株: RAPc8 / プラスミド: pNH14k / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q84FS5, nitrile hydratase
#2: タンパク質 Nitrile hydratase beta subunit


分子量: 26454.971 Da / 分子数: 1 / 変異: F36L, L103S, Y127N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus pallidus (バクテリア)
株: RAPc8 / プラスミド: pNH14k / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q84FS6, nitrile hydratase
#3: 化合物 ChemComp-3CO / COBALT (III) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30% PEG400, 100mM magnesium chloride, 100mM MES (2[N-Morpholino]ethanesulfonic acid), 10-40mg/ml protein, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月18日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→26.99 Å / Num. obs: 162627 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.58 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 0.94 / Scaling rejects: 6861
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.16-1.25.410.34.188510161391.33100
1.2-1.255.50.2584.489572161831.2100
1.25-1.315.540.2115.390078161581.11100
1.31-1.385.590.1676.490970161771.01100
1.38-1.465.630.129891746161820.95100
1.46-1.575.660.09210.792876162740.83100
1.57-1.735.670.07513.293072162830.79100
1.73-1.985.680.07313.493674163850.76100
1.98-2.55.710.04521.594650164830.71100
2.5-26.995.430.0254289532163630.7596.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK9.7Lデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MxCuBEデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2dpp

2dpp


解像度: 1.16→26.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.978 / WRfactor Rfree: 0.145 / WRfactor Rwork: 0.128 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.07 / FOM work R set: 0.923 / SU B: 0.727 / SU ML: 0.016 / SU R Cruickshank DPI: 0.028 / SU Rfree: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.028 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.144 8144 5 %RANDOM
Rwork0.127 ---
obs0.128 162458 99.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.41 Å2 / Biso mean: 15.944 Å2 / Biso min: 7.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.16→26.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3506 0 3 522 4031
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223608
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7261.9684895
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98636126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1485435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.79723.371175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.9415625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.361529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213995
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02745
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5361.52159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3241.5864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.46723503
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.03231449
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8064.51390
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.68636133
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free15.3063559
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded5.94636036
LS精密化 シェル解像度: 1.16→1.19 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.219 631 -
Rwork0.197 11308 -
all-11939 -
obs--99.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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