PDB-3hhf: Structure of CrgA regulatory domain, a LysR-type transcriptional ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hhf

タイトル

Structure of CrgA regulatory domain, a LysR-type transcriptional regulator from Neisseria meningitidis.

要素

Transcriptional regulator, LysR family

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATOR / Neisseria meningitidis / transcription factor / LysR / Structural Genomics / Oxford Protein Production Facility / OPPF / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Sainsbury, S. / Ren, J. / Owens, R.J. / Stuart, D.I. / Oxford Protein Production Facility (OPPF)

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: The structure of CrgA from Neisseria meningitidis reveals a new octameric assembly state for LysR transcriptional regulators
著者: Sainsbury, S. / Lane, L.A. / Ren, J. / Gilbert, R.J. / Saunders, N.J. / Robinson, C.V. / Stuart, D.I. / Owens, R.J.

履歴

登録	2009年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年7月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hhf.cif.gz	90.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hhf.ent.gz	73.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hhf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hhf_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hhf_full_validation.pdf.gz	445.1 KB	表示
XML形式データ	3hhf_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	3hhf_validation.cif.gz	26.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hh/3hhf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hhgC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ted-d 1j6u-d 4msp-d 1tue-3 4i2i-d 4i2f-d 1tue-5 3mz1-2 2zcw-1 3gij-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: OPTIC231

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Transcriptional regulator, LysR family

A: Transcriptional regulator, LysR family

ヘテロ分子

46.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.600, 65.600, 63.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	95 - 146
2	1	1	5	B	95 - 146
1	1	2	4	A	155 - 293
2	1	2	4	B	155 - 293

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, LysR family 分子量: 23439.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌) 株: MC58 / 遺伝子: CrgA, NMB1856 / プラスミド: OPPF2152 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9JXW7
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 200 mM ammonium acetate, 25% PEG 3350, 0.1M bis-Tris pH5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM14 / 波長: 0.9780, 0.9065, 0.9785, 0.9795

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月10日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.978	1
2	0.9065	1
3	0.9785	1
4	0.9795	1

反射

解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 15951 / % possible obs: 85.8 % / Observed criterion σ(I): -1.5 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 34 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 18

反射シェル

解像度: 2.29→2.37 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.299 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 636 / % possible all: 34.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 15.972 / SU ML: 0.2 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.768 / ESU R Free: 0.304 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25819	770	5 %	RANDOM
R_work	0.20146	-	-	-
obs	0.20417	14781	84.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.523 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.78 Å²	0 Å²	0.57 Å²
2-	-	1.16 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3139	0	2	203	3344

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	3206
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1	1.977	4350
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.947	3	5301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.595	5	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.606	23.617	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.077	15	530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.728	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	497
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	3569
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	647
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	621
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	2218
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.117	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.224	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.109	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.68	2	2505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.085	2	822
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.87	3	3243
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.532	4	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.299	6	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	308	medium positional	0.1	2
2	1831	medium positional	0.38	2
1	389	loose positional	0.58	10
1	308	medium thermal	1.65	8
2	1831	medium thermal	1	8
1	389	loose thermal	1.9	20

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.329	24	-
R_work	0.278	389	-
obs	-	-	29.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5788	0.4182	0.0752	2.5932	0.1814	2.284	0.011	-0.1676	0.1095	0.2299	-0.0598	-0.1361	-0.0948	0.0492	0.0488	-0.0447	-0.0034	0.0042	-0.0314	0.0114	-0.0653	24.3987	35.4239	48.6081
2	2.8325	0.7502	-0.8588	2.2118	0.2341	1.7965	-0.0202	0.0272	0.0106	-0.1393	0.0516	-0.0783	0.0572	0.1308	-0.0313	-0.1131	0.0014	0.0236	-0.1498	0.0186	-0.1617	17.0169	30.9308	22.1654
3	4.0486	-0.2243	-0.7369	1.9017	-0.714	2.0803	-0.0194	-0.0931	0.2381	-0.0542	0.0416	0.0618	-0.2514	-0.1092	-0.0222	-0.0287	0.0137	0.0138	-0.0658	-0.0043	-0.0166	-4.6251	39.5146	31.0215
4	2.1528	0.4196	-0.5902	1.7016	-0.1081	1.7357	-0.0089	-0.1086	-0.0749	0.08	0.0036	0.0047	0.0833	0.007	0.0053	-0.0429	0.0049	0.0004	-0.0181	0.0272	-0.0661	2.4617	23.4452	52.7737

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	91 - 161
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	267 - 294
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	162 - 266
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	90 - 161
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	267 - 294
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	162 - 266

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)