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万見
- PDB-3hgl: crystal of AvrPtoB 121-205 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hgl
タイトルcrystal of AvrPtoB 121-205
要素Effector protein hopAB2
キーワードLIGASE (リガーゼ) / five helices / Hypersensitive response elicitation / Secreted (分泌) / Ubl conjugation / Ubl conjugation pathway / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


effector-mediated suppression of host pattern-triggered immunity / symbiont-mediated perturbation of host defense-related programmed cell death / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / transferase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase - #110 / Effector protein HopAB, E3 ubiquitin ligase domain / Effector protein HopAB, E3 ubiquitin ligase domain superfamily / AvrPtoB E3 ubiquitin ligase / Effector protein HopAB, BAK1-binding domain / Effector protein HopAB, BAK1-binding domain superfamily / Avirulence AvrPtoB, BAK1-binding domain / Effector protein HopAB, Pto-binding domain / Monooxygenase / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Effector protein HopAB2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. tomato (シュードモナス・シリンガエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Dong, J. / Xiao, F. / Fan, F. / Gu, L. / Cang, H. / Martin, G.B. / Chai, J.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of the Complex between Pseudomonas Effector AvrPtoB and the Tomato Pto Kinase Reveals Both a Shared and a Unique Interface Compared with AvrPto-Pto
著者: Dong, J. / Xiao, F. / Fan, F. / Gu, L. / Cang, H. / Martin, G.B. / Chai, J.
履歴
登録2009年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Effector protein hopAB2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,6161
ポリマ－9,6161
非ポリマー00
水1,09961
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.220, 77.220, 46.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Effector protein hopAB2 / AvrPtoB / Avirulence protein avrPtoB / E3 ubiquitin-protein ligase


分子量: 9616.225 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 121-205 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (シュードモナス・シリンガエ)
遺伝子: hopAB2, avrPtoB, PSPTO_3087 / プラスミド: PGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8RSY1, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 60% (v/v) Tacsimate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.9789, 0.9794, 0.9764
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月7日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
20.97941
30.97641
反射解像度: 1.9→99 Å / Num. all: 12921 / Num. obs: 12921 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 22.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 624 5 %RANDOM
Rwork0.235 ---
all-12921 --
obs-12921 99.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数605 0 0 61 666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.119
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.96 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 48 -
Rwork0.28 1004 -
obs--99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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