PDB-3hg6: Crystal Structure of the Recombinant Onconase from Rana pipiens

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hg6

タイトル

Crystal Structure of the Recombinant Onconase from Rana pipiens

要素

Onconase

キーワード

HYDROLASE / alpha and beta protein / Endonuclease / Nuclease

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / endonuclease activity / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rana pipiens (カエル)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Camara-Artigas, A. / Gavira, J.A. / Casares-Atienza, S. / Weininger, U. / Balbach, J. / Garcia-Mira, M.M.

引用

ジャーナル: Biophys.Chem. / 年: 2011
タイトル: Three-state thermal unfolding of onconase.
著者: Casares-Atienza, S. / Weininger, U. / Camara-Artigas, A. / Balbach, J. / Garcia-Mira, M.M.

履歴

登録	2009年5月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id ..._entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.2	2023年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hg6.cif.gz	38.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hg6.ent.gz	25.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hg6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hg6_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hg6_full_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示
XML形式データ	3hg6_validation.xml.gz	7.6 KB	表示
CIF形式データ	3hg6_validation.cif.gz	9.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/3hg6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hg/3hg6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1oncS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3u00-d 3d1b-2 3phn-d 1yjm-1 3bia-d 3e7y-7 5tpx-d 6nsx-d 3o6u-1 3j6l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (7) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Onconase

ヘテロ分子

12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.516, 39.799, 68.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Onconase 分子量: 11845.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rana pipiens (カエル) / 遺伝子: rpr / プラスミド: pET-26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8UVX5, UniProt: P22069*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.29 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: capillary contradiffusion / pH: 4 詳細: 4 M Ammonium sulphate and 0.1 M sodium acetate, capillary contradiffusion, temperature 288K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.9075 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→14.7 Å / Num. obs: 9807 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.879 Å² / R_merge(I) obs: 0.128 / R_sym value: 0.128 / Χ²: 1.033 / Net I/σ(I): 15.403
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 10.8 % / R_merge(I) obs: 0.498 / Mean I/σ(I) obs: 3.84 / Num. unique all: 838 / R_sym value: 0.498 / Χ²: 1.077 / % possible all: 83.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.88 Å	19.82 Å
Translation	1.88 Å	19.82 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.5.0072	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ONC

1onc

解像度: 1.7→14.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 7.641 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	472	4.8 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.187	9772	95.41 %	-
all	-	10286	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.54 Å² / B_iso mean: 14.796 Å² / B_iso min: 3.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.8 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→14.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	826	0	26	84	936

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	869
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.221	1.975	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.348	5	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.03	24.571	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.383	15	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.598	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.144	0.2	130
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.579	1.5	522
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.253	2	858
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.698	3	347
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.218	4.5	320

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.746 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.418	23	-
R_work	0.294	581	-
all	-	604	-
obs	-	-	81.4 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9254	0.148	-2.0274	1.5149	-0.3021	9.2235	0.0305	-0.0586	0.012	0.1564	-0.0539	0.0047	-0.3726	-0.1773	0.0233	0.0786	-0.0126	-0.0055	0.0335	0.0093	0.0967	10.34	3.676	-9.181
2	3.6457	-2.1669	0.1746	6.2447	2.5	5.4423	0.0003	-0.2803	0.178	0.1472	0.072	-0.1024	-0.0162	0.0711	-0.0723	0.0922	-0.0288	-0.0146	0.0762	0.0289	0.1035	22.509	3.39	-11.459
3	9.2794	-2.3296	1.0049	4.0197	-0.8403	1.5598	0.1012	0.5673	-0.2704	0.0075	-0.11	0.1062	0.2269	-0.0572	0.0087	0.0958	-0.0012	0.003	0.0887	0.0231	0.0542	13.011	-1.649	-13.208
4	3.206	2.6046	-4.1612	2.8408	-2.3818	9.43	0.0757	0.3446	0.4437	-0.0067	0.1571	0.3133	-0.6251	-0.4454	-0.2328	0.1122	0.0045	-0.0384	0.145	0.0301	0.1762	-0.772	1.138	-4.838
5	3.7753	-1.8549	-2.7335	3.3808	-1.1161	6.2766	0.0217	0.0368	-0.1958	0.12	-0.0942	0.014	0.3388	0.0427	0.0724	0.1329	-0.0061	-0.0412	0.0658	0.0059	0.0432	2.99	-8.981	4.03
6	5.7369	3.3875	-1.6859	5.2952	-3.4375	4.351	-0.285	0.3976	0.0751	-0.2872	0.3702	0.3693	0.2723	-0.5804	-0.0852	0.0843	-0.0172	-0.0122	0.1106	-0.0107	0.0568	1.983	-5.92	-13.193
7	15.7232	-2.5961	-1.3245	3.0985	2.1388	3.9496	-0.0248	0.2253	-0.0579	-0.0986	0.041	-0.1468	0.003	0.0448	-0.0162	0.1316	-0.0019	-0.0198	0.0895	0.0189	0.0848	23.69	-4.294	-19.472
8	9.0195	3.0122	-2.5842	1.1485	-0.5119	5.0546	-0.139	0.7414	-0.2934	-0.1366	0.2003	-0.193	0.1008	-0.2072	-0.0612	0.1168	0.0326	0.0351	0.0815	0.0061	0.1146	13.247	-4.482	-18.198
9	2.8712	-1.0469	-2.3453	1.627	1.7635	5.9229	0.0032	0.0542	-0.0576	0.0627	-0.0216	0.0238	0.205	0.0576	0.0185	0.0641	0.0056	-0.004	0.0265	0.0156	0.0344	7.062	-6.55	-1.869

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	19 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	32 - 38
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	39 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	51 - 57
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	58 - 66
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	67 - 74
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	75 - 86
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	87 - 104

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