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万見
- PDB-3hfx: Crystal structure of carnitine transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hfx
タイトルCrystal structure of carnitine transporter
要素L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / helix-turn-helix / Antiport / Cell inner membrane / Cell membrane / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


(R)-carnitine:4-(trimethylammonio)butanoate antiporter activity / 4-(trimethylammonio)butanoate transport / carnitine transport / carnitine transmembrane transporter activity / carnitine metabolic process / transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter CaiT / BCCT transporter family / BCCT transporter, conserved site / BCCT, betaine/carnitine/choline family transporter / BCCT family of transporters signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
CARNITINE / : / L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Tang, L. / Wang, W.-H. / Bai, L. / Jiang, T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the carnitine transporter and insights into the antiport mechanism
著者: Tang, L. / Bai, L. / Wang, W.-H. / Jiang, T.
履歴
登録2009年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,07714
ポリマ－56,6231
非ポリマー2,45413
水00
1
A: L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter
ヘテロ分子

A: L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter
ヘテロ分子

A: L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,23142
ポリマ－169,8693
非ポリマー7,36239
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area59460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.210, 134.210, 85.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 L-carnitine/gamma-butyrobetaine antiporter


分子量: 56622.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: caiT, yaaP, b0040, JW0039 / プラスミド: pet28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P31553
#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物
ChemComp-152 / CARNITINE / (3-CARBOXY-2-(R)-HYDROXY-PROPYL)-TRIMETHYL-AMMONIUM / カルニチン


分子量: 162.207 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16NO3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.54 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES-NAOH (PH7.5), 22-26% PEG 400, 0.1M NaCl, 18mM n-octyl-D-glucopyranoside (-OG), 5mM L-Carnitine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0039 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年6月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0039 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→39.042 Å / Num. obs: 29078 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 109568
反射 シェル解像度: 3.15→3.32 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.391 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
REFMAC5.4精密化
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.15→15 Å / SU ML: 0.73 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.59 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CNS 1.0 was also used in refinement.; THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR phasing.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 1457 5.01 %RANDOM
Rwork0.262 ---
obs-29078 97.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20.242 Å2 / ksol: 0.273 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3906 0 53 0 3959
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.47
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.26 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 151 -
Rwork0.3 2751 -
obs--98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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