PDB-3hft: Crystal structure of a putative polysaccharide deacetylase involv...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hft

タイトル

Crystal structure of a putative polysaccharide deacetylase involved in o-antigen biosynthesis (wbms, bb0128) from bordetella bronchiseptica at 1.90 A resolution

要素

WbmS, polysaccharide deacetylase involved in O-antigen biosynthesis

キーワード

HYDROLASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of WbmS, polysaccharide deacetylase involved in O-antigen biosynthesis (NP_886680.1) from BORDETELLA BRONCHISEPTICA at 1.90 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月27日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hft.cif.gz	71.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hft.ent.gz	51.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hft.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/3hft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hf/3hft	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ewy-1 3dbp-d 2p1f-1 4hib-d 2qcd-d 3mil-d 2qcc-d 3ex3-d 6nju-2 6w14-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 392657

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WbmS, polysaccharide deacetylase involved in O-antigen biosynthesis

ヘテロ分子

30.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WbmS, polysaccharide deacetylase involved in O-antigen biosynthesis

ヘテロ分子

A: WbmS, polysaccharide deacetylase involved in O-antigen biosynthesis

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.724, 74.724, 142.692
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	WbmS, polysaccharide deacetylase involved in O-antigen biosynthesis 分子量: 30181.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌) 遺伝子: BB0128, NP_886680.1, wbmS / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q7WR29, UniProt: A0A0H3LGE5*PLUS

#1: タンパク質

WbmS, polysaccharide deacetylase involved in O-antigen biosynthesis

分子量: 30181.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
遺伝子: BB0128, NP_886680.1, wbmS / プラスミド: SpeedET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q7WR29, UniProt: A0A0H3LGE5*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 164分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.73 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20.0000% MPD, 0.1M HEPES pH 7.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91162,0.97985,0.97968

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月7日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91162	1
2	0.97985	1
3	0.97968	1

反射

解像度: 1.9→29.566 Å / Num. obs: 32707 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 29.568 Å² / R_merge(I) obs: 0.085 / R_rim(I) all: 0.091 / R_sym value: 0.085 / Net I/av σ(I): 5.93 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 236428

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.9-1.95	7.3	0.902	2.1	17369	2365	0.971	0.902	2.1	100
1.95-2	7.3	0.699	2.7	16846	2300	0.753	0.699	2.7	100
2-2.06	7.3	0.51	3.8	16514	2255	0.549	0.51	3.8	100
2.06-2.12	7.3	0.388	4.9	16032	2192	0.418	0.388	4.9	100
2.12-2.19	7.3	0.318	6	15639	2129	0.342	0.318	6	100
2.19-2.27	7.3	0.261	7.3	15109	2064	0.281	0.261	7.3	100
2.27-2.36	7.3	0.204	9.4	14396	1966	0.219	0.204	9.4	100
2.36-2.45	7.3	0.172	11.1	14049	1922	0.186	0.172	11.1	100
2.45-2.56	7.3	0.152	12.5	13509	1848	0.164	0.152	12.5	100
2.56-2.69	7.3	0.126	14.7	12970	1781	0.136	0.126	14.7	100
2.69-2.83	7.3	0.102	17.8	12153	1672	0.109	0.102	17.8	100
2.83-3	7.3	0.088	22	11774	1618	0.095	0.088	22	100
3-3.21	7.2	0.08	25.5	10826	1502	0.086	0.08	25.5	100
3.21-3.47	7.1	0.069	30.8	10059	1408	0.075	0.069	30.8	100
3.47-3.8	7.1	0.057	35.7	9402	1326	0.062	0.057	35.7	100
3.8-4.25	7.1	0.049	38.5	8486	1196	0.053	0.049	38.5	100
4.25-4.91	7	0.045	40.7	7497	1068	0.048	0.045	40.7	100
4.91-6.01	6.9	0.046	37.6	6344	920	0.05	0.046	37.6	100
6.01-8.5	6.6	0.048	35.4	4927	741	0.052	0.048	35.4	99.8
8.5-29.57	5.8	0.042	36.6	2527	434	0.046	0.042	36.6	97.1

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.9→29.566 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU B: 4.639 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.095
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FUNLORS ONLY. 3.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.184	1654	5.1 %	RANDOM
R_work	0.162	30985	-	-
obs	0.163	32639	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.84 Å² / B_iso mean: 38.386 Å² / B_iso min: 23.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.6 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.566 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1971	0	33	156	2160

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.021	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1413
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.437	1.932	2894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.918	3	3398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.564	5	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.329	23.056	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.131	15	317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.965	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.3	464
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.3	1588
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.5	1060
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.091	0.5	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.266	0.3	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.296	0.3	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.217	0.5	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.791	3	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.455	3	497
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.584	5	2041
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.458	8	969
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.929	11	853

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	117	-
R_work	0.216	2237	-
all	-	2354	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 5.502 Å / Origin y: 1.355 Å / Origin z: 15.413 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0764 Å²	0.0382 Å²	0.0198 Å²	-	-0.0751 Å²	0.0459 Å²	-	-	-0.0838 Å²
L	1.1136 °²	-0.4288 °²	0.731 °²	-	1.8193 °²	-1.199 °²	-	-	2.0699 °²
S	-0.0128 Å °	-0.2073 Å °	-0.1344 Å °	0.2659 Å °	0.2332 Å °	0.1583 Å °	-0.1494 Å °	-0.2808 Å °	-0.2204 Å °

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関連情報:EMDBヘッダ

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