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- PDB-6w14: Crystal structure of tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6w14
タイトルCrystal structure of tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase from Mycobacterium smegmatis
要素tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA N1-guanine methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase from Mycobacterium smegmatis
著者: Dranow, D.M. / Bolejack, M.J. / Abendroth, J.A. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2020年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0571
ポリマ－26,0571
非ポリマー00
水95553
1
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1152
ポリマ－52,1152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area6760 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.460, 58.460, 114.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase


分子量: 26057.330 Da / 分子数: 1 / 断片: MysmA.00937.a.AE1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: trmD, MSMEI_2377 / プラスミド: MysmA.00937.a.AE1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: I7FBD0, UniProt: A0QV40*PLUS, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.44 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: MysmA.00937.a.AE1.PW38670 at 19.05 mg/ml mixed 1:1 with MCSG1(d3): 30% (v/v) PEG-400, 0.1 M Tris-HCl. pH = 8.5, 0.2 M MgCl2. Tray: 311556d3. Puck: wdc6-11.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2019年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 13969 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.771 % / Biso Wilson estimate: 44.124 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 0.965 / Net I/σ(I): 18.41
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.057.060.6172.810180.9710.66899.7
2.05-2.119.2870.4664.269980.9640.49499.9
2.11-2.1712.7240.4665.559590.9770.486100
2.17-2.2413.8560.3517.549230.9930.36599.2
2.24-2.3113.8160.3128.218960.9930.32498.5
2.31-2.3913.8590.2469.858640.9960.25698.7
2.39-2.4813.8050.19612.028370.9990.20397.8
2.48-2.5813.8450.18313.018150.9970.1999.3
2.58-2.713.9690.15714.977710.9970.16398.6
2.7-2.8313.8950.1317.147620.9970.13598.8
2.83-2.9813.8460.09721.57070.9980.10198.6
2.98-3.1613.920.084266840.9990.08799.6
3.16-3.3813.8190.07230.026630.9990.07599.7
3.38-3.6513.6460.06336.436050.9990.06599.5
3.65-413.4250.05739.915580.9990.05999.6
4-4.4713.1030.05840.975220.9990.0699.4
4.47-5.1613.0280.05342.614650.9990.05599.8
5.16-6.3212.9520.05441.863950.9980.05699.7
6.32-8.9412.3870.05441.483230.9980.056100
8.94-5010.6570.05440.652040.9980.05699

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17.1-3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZHI

5zhi


解像度: 2→40.89 Å / SU ML: 0.2539 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.2146
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2793 1406 10.09 %
Rwork0.2114 --
obs0.2181 13934 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 48.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1549 0 0 53 1602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00631584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78772162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0505244
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0055284
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8671572
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.070.3041400.26971242X-RAY DIFFRACTION98.93
2.07-2.150.35891300.27441217X-RAY DIFFRACTION99.85
2.15-2.250.32851270.25741238X-RAY DIFFRACTION98.48
2.25-2.370.34661480.26471199X-RAY DIFFRACTION98.61
2.37-2.520.30161450.24911216X-RAY DIFFRACTION97.91
2.52-2.710.33661460.25151217X-RAY DIFFRACTION98.63
2.71-2.990.31211550.24991231X-RAY DIFFRACTION98.72
2.99-3.420.30561270.23961283X-RAY DIFFRACTION99.58
3.42-4.310.24491510.17321281X-RAY DIFFRACTION99.58
4.31-40.890.23771370.17941404X-RAY DIFFRACTION99.81
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.37950670601-0.18706980139-2.439642441194.757958450283.602705694427.915250750530.1255983625520.09488927914490.072013321843-0.4382293681610.05228217263090.209981727669-1.406700100180.68144311914-0.1958259730960.565641428849-0.0495019352703-0.08024233461670.352923392358-0.04830016128680.3853258861113.35150935078.272438302659.50602517403
23.25276420985-4.01356951174-1.571571351836.278067830740.2167379909733.17230984109-0.307636039782-0.2943864085370.114618433250.2882417407560.0644031693849-0.474354238848-0.06222021327271.043401173810.05859890671360.383630927122-0.0972766059052-0.053879719090.53048769328-0.103065465180.44934346914724.84988047911.775430094849.42703152546
32.72921833067-1.5024500844-1.564171768795.167044633712.580488208874.39181032292-0.102683039743-0.3232015386510.2710734730730.3680883597470.531447943027-0.790470294340.165436026250.878665820954-0.2711145155190.3587720605960.0772924623013-0.0974056858210.3682928289090.002776239608930.35897033660719.0862122551-7.7968599748810.1310667529
42.6093779578-0.815262448845-0.7913439313384.153868973671.80792177153.78288000709-0.208309047995-0.05898948608450.01269195227420.3658292877990.01816890486740.6830649068830.25667843407-0.1590271061130.2284426287520.36249079254-0.05468639008020.02985773598390.2804593947450.01310720764440.353980363337-0.366994712599-1.8587360752810.8291596969
55.01529505015-2.231583897210.2815002848676.958227521861.430893411153.02723986739-0.302135956145-0.214314951338-0.3330274253750.3048993597510.558392349221-0.1880730811150.4057320847190.575952339734-0.1945601764010.4652822952330.0361847317842-0.1138997654140.313062205802-0.02459495429320.33037879767914.0403752794-6.8231003018211.5404012202
62.97904299299-0.7588686091-0.6532942636433.475389858222.098817023663.863742995380.033399471119-0.1938493517850.001788662750740.2575049718380.1320445095560.08233215948490.1731828090330.0633328782516-0.1307152045270.30380560094-0.037907731319-0.028745216450.2345468465760.006943085768560.2735143183365.73904190350.1119716603787.15485971244
74.993784995180.3612354096722.261596631040.2917161662920.7612756187072.246693771260.420984592289-0.429419607808-0.3211031087770.574259591291-0.1596423782630.224811140273-0.236748187989-0.1963371843-0.1275772979580.653419334172-0.02151163746330.05133154158050.481414070270.008071454988750.419622350821-13.58134619737.342746390715.07613615505
89.325537027368.18244899696-4.112118106529.71320165505-6.72698199885.603897588890.8645585308770.5970770286030.988729935186-0.35054007472-0.531947749610.638054386842-0.264108478749-0.0857316990542-0.3669736673590.4920107914930.249665733224-0.04388940103740.6471546181610.03812213315660.452946781942-21.289958344921.3013370333-8.99732741051
99.61754101576-8.08365859753-0.8150953916348.927750870981.427964131092.924031425740.254104956950.48382995366-0.772864729374-0.19317512566-0.4800330758520.9535771481420.475022721931-0.5148062051240.267322640660.477930523757-0.127724536691-0.02819765924070.561214363909-0.08868696835620.447560178666-21.26865468424.35678626585-2.23080853015
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 48 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 49 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 100 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 101 through 124 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 125 through 155 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 156 through 179 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 180 through 200 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 201 through 225 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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